[R-br] Não reconhecimento do data.frame como numérico

[Daniel Guimarães Tiezzi]

Se existirem mais de uma linha referente ao mesmo gene é preciso agregar os valores de alguma forma. Usar a média ou o valor máximo. Precisa ver o que foi utilizado para a contagem. Geralmente os algoritmos de contagem utilizam a nomenclatura do Ensembl que vem dos arguis GTF. Neste caos, foi feito a conversão para o HUGO symbol. Isso acontece mesmo.

Daniel



> On 4 Aug 2022, at 21:55, Cesar Rabak por (R-br) <r-br em listas.c3sl.ufpr.br> wrote:
> 
> Algumas sugestões dadas aqui são interessantes, mas a importação dos seus dados indica que tens as linhas 10 e 162 com mesmo nome de gene "AR".
> 
> Isso perturba a importação da 1ª coluna como nome de linhas (rownames), tanto se fosse usada o parâmetro row.names=1 na chamada a read.csv() ou se a vírgula inicial da primeira linha do arq CSV fosse retirada...
> 
> HTH
> 
> On Thu, Aug 4, 2022 at 10:52 AM Michele Claire Breton por (R-br) <r-br em listas.c3sl.ufpr.br <mailto:r-br em listas.c3sl.ufpr.br>> wrote:
> Caríssimos(as) utilizadores(as) do R,
> 
> Estou em outro nível de problema.
> Quero converter FPKM em log2CPM. Para tanto, fiz o seguinte: 
> 
> dados<-read.csv("/home/Genes interesse NePCa.csv")
> head(dados)
> class(dados)
> 
> [1] "data.frame"
> 
> geneLength <- rowMeans(dados)
> Error in rowMeans(dados) : 'x' must be numeric
> 
> dadoslog2cpm <- convertCounts(dados,
>                         unit = "cpm",
>                         log = TRUE,
>                         normalize = "tmm")
> Error: countsMatrix must be a numeric matrix or dataframe of N genes x M Samples. All columns must be numeric.
> 
> Não entendo o que possa estar errado. A tabela de dados está em anexo. Vocês podem me ajudar, por favor?
> 
> Obrigada,
> 
> Michele
> -- 
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> Dra. Michele Claire Breton
> Researcher in Bioinformatics
> PhD in Cellular and Molecular Biology
> CICS - Health Sciences Research Center
> Faculty of Health Sciences
> University of Beira Interior
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