[R-br] Teste de Pairwise para PERMANOVA

Cesar Rabak cesar.rabak em gmail.com
Qui Abr 15 21:19:28 -03 2021


Carolina,

Sem saber mais detalhes sobre os dados é difícil escapar do campo dos
"palpites", mas a mensagem parece indicar que o número de casos para as
permutações não tem nenhum grau de liberdade, você por acaso tem apenas 72
caso no total?


On Thu, Apr 15, 2021 at 1:43 PM Carolina Lopes por (R-br) <
r-br em listas.c3sl.ufpr.br> wrote:

> Prezados.
>
> Estou fazendo algumas analises mas estou insegura.
> Coletei moluscos por 12 meses em 6 profundidades diferentes.
> Rodei uma PERMANOVA e a interação entre meses e profundidade foi
> significativa.
> Agora gostaria de verificar as diferenças entre profundidades dentro de
> cada mês.
> Quando rodo a pairwise da PERMANOVA  aparece a seguinte mensagem:
> Set of permutations < 'minperm'. Generating entire set.'nperm' >= set of
> all permutations: complete enumeration.
>
> Li algumas coisas que talvez eu deveria definir um design de permutação.
>
> Alguém poderia me ajudar?
>
> Atenciosamente
> __________________________________________________________________________
> Dra. Carolina A. Lopes
> Pesquisadora - Pós-doutorado
> Universidade Federal de Santa Catarina - UFSC
> ------------------------------
> *De:* R-br <r-br-bounces em listas.c3sl.ufpr.br> em nome de Cesar Rabak por
> (R-br) <r-br em listas.c3sl.ufpr.br>
> *Enviado:* quarta-feira, 14 de abril de 2021 14:48
> *Para:* a lista Brasileira oficial de discussão do programa R. <
> r-br em listas.c3sl.ufpr.br>
> *Cc:* Cesar Rabak <cesar.rabak em gmail.com>; Chiara Lubich <
> lubichchiara em gmail.com>
> *Assunto:* Re: [R-br] Regressão não linear
>
> Chiara,
>
> Você menciona « … esse tipo de distribuição … ».
>
> Qual tipo você acha que é?
>
> Pelos nomes que deste aos eixos, parece que a variável dependente é
> inteira¹ ("Qtde. de artigos [N]"), por outro lado, a variável independente
> é um ano calendário, que por definição é uma variável ordinal arbitrária (a
> faixa 1994 -- 2021 poderia ser noutros calendários diferente, por exemplo
> no Bahá'i de 157 a 178, etc.).
>
> Para decidir por uma regressão (de qualquer tipo) antes de mais nada
> deve-se refletir sobre o fenômeno e a modelagem que o *processo* que gera
> esses  dados.
>
> As regressões são abordagens que nos permitem fazer ajustes dos dados
> experimentais à essas hipóteses modeladas e enfrenta os dois problemas dos
> dados obtidos por meio de observação: a) amostragem; b) perturbações que
> geram erros nas observações, modeladas como "ruído" ou "erros" com
> distribuição gaussiana de média zero e variância em função da dispersão dos
> dados vis-à-vis à abstração matemática (equação da regressão).
>
> Daí a sua confusão sobre « … como são feitas as escolhas para valores de
> a=?, b=? e c=? » ser esperada.
>
> A equação da regressão ("não linear") propõe uma complexa equação
> exponencia multiplicada pela variável independente, etc.
>
> O quê você precisa responder é: essa curva descreve um processo que
> explica a geração dos dados que está em análise?
>
> OBS.: Faz sentido incluir um ano que ainda não acabou numa regressão que
> conta eventos por unidade de ano calendário?
>
> HTH
> --
> Cesar Rabak
>
> [1] Mais importante, parece ser o tipo de dados "de contagem" que tem
> outras restrições, como não poder ser menor que zero, etc.
>
> On Wed, Apr 14, 2021 at 12:01 PM Chiara Lubich por (R-br) <
> r-br em listas.c3sl.ufpr.br> wrote:
>
> Bom dia,
> Pessoal, fiz a plotagem dos meu dados:
> ano n
> 1994 1
> 1996 1
> 2001 1
> 2002 1
> 2004 1
> 2005 3
> 2006 3
> 2007 2
> 2008 4
> 2009 1
> 2010 3
> 2011 2
> 2012 5
> 2013 4
> 2014 5
> 2015 3
> 2016 8
> 2017 2
> 2018 4
> 2019 3
> 2020 12
> 2021 2
> [image: image.png]
> E vi na internet alguns vídeos em que gráficos que tinham esse tipo de
> distribuição, era feito o uso de Regressão Não Linear, por meio da função
> "nls". No entanto, tentei começar a digitar os comandos, mas não entendi
> como são feitas as escolhas para valores de a=?, b=? e c=?.
> Segue o script abaixo:
> plot(n ~ ano, data = chiara, xlab = "Ano da publicação", ylab =
> "Quantidade de artigos (N)")
> a_maximovalor=max(n)
> modelo<-nls(y~x*(1-exp(-b*x))^c, data=chiara, start = list(a=
> a_maximovalor, b=?, c=?))
>
> Agradeço desde já pela colaboração
>
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> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
> código mínimo reproduzível.
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