[R-br] Ajuda para plotar IC para modelo glm com junção de níveis
ASANTOS
alexandre.santos em cas.ifmt.edu.br
Ter Jan 29 16:45:08 -02 2019
Prezados Membros do R-br,
Estou tentando plotar um modelo glmcom stat_smooth() no ggplot2 sem
sucesso. Minha ideia é representar o intervalo de confiança para um
modelo onde realizei a junção de dois níveis para o fator Feature. Ou
seja, modelos iguais são representados por uma única curva, porém a
função stat_smooth() não "enxerga" os níveis que foram juntados. Segundo
exemplo fictício do meu problema:
#Simulação de um banco de dados, onde a variável resposta Production tem
distribuição Gamma
set.seed(123)
d<-NULL
N<-50
d$Production <- rgamma(N,10)
d$Feature <- ifelse(d$Production >7 & d$Production<10,
c("green"),ifelse(d$Production>11,
c("red"), c("blue")))
d$Temp<-rnorm(N,20,5)
d<-as.data.frame(d)
#
# Ajusto um modelo de Gamma completo
mG<- glm(Production~ Feature + Temp, family= Gamma, data = d)
summary(mG)
anova(mG,test="Chi")
# Comparo os níveis do fator Feature
library(multcomp)
PW<-summary(glht(mG, linfct = mcp(Feature= "Tukey")))
PW
cld(PW)
# Faço de conta que os níveis green = blue e realizo um novo ajuste
Feature2<-d$Feature
levels(Feature2)
levels(Feature2)[1]<-"blue&green"
levels(Feature2)[2]<-"blue&green"
levels(Feature2)
d$Feature2<-Feature2
mG2<- glm(Production~ Feature2 + Temp, family= Gamma, data = d)
# Crio os valores de predição
pred.data = data.frame(
Feature2<-d$Feature2,
Temp<-d$Temp
)
pred.data$Production = predict(mG2, newdata=pred.data, type="response")
#Realizo o plot
library("ggplot2")
ggplot(d, aes(Temp, Production, colour = Feature2)) +
geom_point() +
geom_line(data=pred.data) +
stat_smooth(method = "glm", formula = y ~ x, family = Gamma)
#
E tenho uma representação errada do intervalo de confiança do meu
modelo mG2 porque não consigo fazer a função stat_smooth() considerar o
ajuste mG2. Como posso resolver isso?
Obrigado
--
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Alexandre dos Santos
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