[R-br] - Pacote bipartite

Elvira De Bastiani elviradebastianii em gmail.com
Quinta Abril 6 09:00:35 BRT 2017


Bom dia pessoal!

Estou utilizando o windows.

Segue o script:


library(bipartite)
namostras=1000

exemplo=matrix(1/100,10,10)
exemplo<-mgen(exemplo, n = 10, rep.cell=F)

for (n in 1:namostras){
  NODF=nested(exemplo,method="NODF2",rescale=F)
  NODFarr=round(NODF,digits=3)
  Modular=computeModules(exemplo)
  Modularidade=slot(Modular,"likelihood")
  }



ERRO:

Error in file(file, ifelse(append, "a", "w")) :    cannot open the
connection In addition: Warning

message: In file(file, ifelse(append, "a", "w")) :   cannot open file
'web-1-1.pairs': Permission denied



Muito obrigada!

Elvira D'Bastiani
Mestranda em Ecologia e Conservação
Laboratório de Ecologia e Evolução de Interações (Leei)
Universidade Federal do Paraná - UFPR
Curitiba, Paraná, Brasil


Em 28 de março de 2017 15:40, Augusto Ribas <ribas.aca em gmail.com> escreveu:

> Você está usando windows ou linux?
> Se for o windows, eu acho que os arquivos estão sendo gerados dentro da
> pasta do R, que fica na pasta onde ficam os programas, e la é protegido, as
> vezes erros parecidos acontecem quando a gente tenta usar algo que modifica
> arquivos, como o Rprofile automaticamente.
>
> Mas você precisa dar mais informações, como qual função ta usando, um
> script mínimo reproduzível para outras pessoas verem o mesmo erro etc, não
> da para ajudar muito somente com a informação que vc ta dando
>
> Em 26 de março de 2017 18:58, Elvira De Bastiani via R-br <
> r-br em listas.c3sl.ufpr.br> escreveu:
>
>> Boa noite pessoal!
>>
>>
>>
>> Sou iniciante no programa R e estou utilizando o pacote Bipartite para
>> minhas análises.
>>
>>
>>
>> Eu estou tentando rodar um modelo com 1.000 amostras de redes de
>> interação que são criadas aleatoriamente a partir de um banco de dados.
>>
>>
>>
>> E agora durante a análise, começou a aparecer o seguinte erro:
>>
>> Error in file(file, ifelse(append, "a", "w")) :    cannot open the
>> connection In addition: Warning
>>
>> message: In file(file, ifelse(append, "a", "w")) :   cannot open file
>> 'web-1-1.pairs': Permission denied
>>
>>
>>
>> Aparentemente, durante a análise é gerado um arquivo que neste caso é o
>> 'web-1-1.pairs', e o mesmo tem acesso negado, não finalizando a análise
>> para as 1.000 redes de interação.
>>
>> Pelo que andei pesquisando, este erro pode acontecer quando:
>>
>>
>>
>> Tem um arquivo aberto em outro programa, como o Excel, enquanto tenta
>> gravá-lo..ou se o diretório de trabalho não tenha acesso para gravação a
>> esse diretório.. mas acredito que isso não seja o meu caso.
>>
>>
>>
>> Alguém conhece ou já teve esse erro, e poderia compartilhar como
>> solucioná-lo ?
>>
>>
>>
>>
>>
>> Muito obrigada
>>
>>
>> Elvira D'Bastiani
>> Mestranda em Ecologia e Conservação
>> Laboratório de Ecologia e Evolução de Interações (Leei)
>> Universidade Federal do Paraná - UFPR
>> Curitiba, Paraná, Brasil
>>
>>
>> _______________________________________________
>> R-br mailing list
>> R-br em listas.c3sl.ufpr.br
>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
>> código mínimo reproduzível.
>>
>
>
>
> --
> Grato
> Augusto C. A. Ribas
>
> Site Pessoal: http://recologia.com.br/ <http://augustoribas.heliohost.org>
> Github: https://github.com/Squiercg
> Lattes: http://lattes.cnpq.br/7355685961127056
>
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