[R-br] Análise em Trilha

[Alisson Lucrécio]

# Correlation matrix

db_cor <- correlation(db)$correlation

2016-03-27 17:56 GMT-03:00 Alisson Lucrécio <
alisson.lucrecio em ifgoiano.edu.br>:

> Caro Colegas,
>
> Boa tarde.
>
> Estou tentando estimar os efeitos indiretos pelo pacote lavaan, mas o
> resultado estão diferentes dos efeitos indiretos estimados pelo pacote
> agricolae. Algum colega saberia o porquê essa diferença?
>
> Por exemplo:
>
> Correlação do EC com AUDPC é -0,34. Efeito direto = -0,195 e somatório dos
> efeitos = -0.340.
> Correlação do Ca com AUDPC é -0,49. Efeito direto = -0.369 e somatório dos
> efeitos = -0.476. Para Ca o somatório dos efeitos (-0.476) é menor do que a
> correção (-0,49). Isso poder os efeitos indiretos foram menores dos que
> estimados pelo pacote agricolae.
>
> Obrigado.
>
> --
> Alisson Lucrecio da Costa
>
> # CMR
>
> library(agricolae)
> library(lavaan)
>
> data(wilt)
> data(soil)
>
> db <- merge(wilt, soil, by = "place")
>
> db <- db[ ,c("EC", "Ca", "K2", "Cu", "AUDPC")]
>
> # Agricolae
>
> y <- db[,5]
> x <- db[,-5]
>
> cor_y <- correlation(y, x)$correlation
> cor_x <- correlation(x)$correlation
>
> path_analysis <- path.analysis(cor_x, cor_y)
>
> # Lavaan
>
> model <- '
> # model
> AUDPC ~ a1*EC + a2*Ca + a3*K2 + a4*Cu
>
> # mediators
>
> EC ~ b1*Ca
> EC ~ b2*K2
> EC ~ b3*Cu
> Ca ~ b4*K2
> Ca ~ b5*Cu
> K2 ~ b6*Cu
>
> # indirect effects
>
> ind_EC_by_Ca := a2*b1
> ind_EC_by_K2 := a3*b2
> ind_EC_by_Cu := a4*b3
>
> ind_Ca_by_EC := a1*b1
> ind_Ca_by_K2 := a3*b4
> ind_Ca_by_Cu := a4*b5
>
> ind_K2_by_EC := a1*b2
> ind_K2_by_Ca := a2*b4
> ind_K2_by_Cu := a4*b6
>
> ind_Cu_by_EC := a1*b3
> ind_Cu_by_Ca := a2*b5
> ind_Cu_by_K2 := a3*b6
>
> # total effects
>
> total_EC := a1 + (a2*b1 + a3*b2 + a4*b3)
> total_Ca := a2 + (a1*b1 + a3*b4 + a4*b5)
> total_K2 := a3 + (a1*b2 + a2*b4 + a4*b5)
> total_Cu := a4 + (a1*b3 + a2*b5 + a3*b6)
> '
> model_fit <- sem(model, sample.cov = db_cor, sample.nobs = 13)
>
> summary(model_fit, standardized=TRUE, fit.measures = TRUE)
>
>
>
>
>
>
>
>


-- 
Alisson Lucrecio da Costa
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