[R-br] RES: [R-br Teste de diferça entre proporções via loop

[Daniel Tiezzi]

Eu não sei do que se trata os seus dados, mas o teste que vc está aplicando diz que os valores de N são menores que o de X.

Tente rodar apenas nas duas primeiras linhas. Vai funcionar.

daniel

Daniel Tiezzi, MD, PhD
Professor Associado
Departamento de Ginecologia e Obstetrícia
Setor de Mastologia e Oncologia Ginecológica
Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP
Tel.: 16 3602-2488
e-mail: dtiezzi em fmrp.usp.br





> On Mar 26, 2016, at 8:24 PM, Mauro Sznelwar <sznelwar em uol.com.br> wrote:
> 
> Por que não estou conseguindo rodar?
>  
> > dados <- read.table("data_test.txt", header=T, sep= "\t")
> > dados$p_valor <- apply(dados[,2:4], 1, function(linha) prop.test(x=c(linha[1],linha[2]),n=c(linha[3],linha[3]), correct=F)$p.value)
> Error in prop.test(x = c(linha[1], linha[2]), n = c(linha[3], linha[3]),  : 
>   elements of 'x' must not be greater than those of 'n'
> > dados
>   AREA   X1   X2     N
> 1    1 1982 9416 11398
> 2    2 6546 4084 10630
> 3    3 3418  667  4085
> 4    4 1503 4408  5911
> 5    5  966  339   305
> > 
>  
>  
>  
>  
> Como sugestão para um código mais enxuto, o objetivo poderia ser atingido com a aplicação da função apply:
>  
> > dados <- read.table("data_test.txt", header=T, sep= "\t")
> > dados$p_valor <- apply(dados[,2:4], 1, function(linha) prop.test(x=c(linha[1],linha[2]),n=c(linha[3],linha[3]), correct=F)$p.value)
> > dados
>   AREA   X1   X2     N       p_valor
> 1    1 1982 9416 11398  0,000000e+00
> 2    2 6546 4084 10630 5,362948e-250
> 3    3 3418  667 40850  0,000000e+00
> 4    4 1503 4408 59110  0,000000e+00
> 5    5  966  339 30500  6,472911e-69
>  
> Ademais, se o OP tiver que resolver problemas dessa natureza com frequência, pode ser que valha a pena examinar alguns pacotes que têm funções para facilitar esse tipo de resumos, como, por exemplo, os pacotes descr e reporttools. 
>  
> HTH
> --
> Cesar Rabak
>  
>  
> On Wed, Mar 23, 2016 at 1:46 PM, Daniel Tiezzi <dtiezzi em usp.br <mailto:dtiezzi em usp.br>> wrote:
> Boa tarde Wagner
>  
> Supondo que seus dados esteja uma tabela data_test (em anexo)
>  
> acho que você pode resolver assim
>  
>  
> data<- read.table(“data_test.txt”, header=T, sep= “\t”)
>  
> data_df <- as.data.frame(data)
>  
> res<- list()
>  
> for (i in 1:nrow(data)) {
>   y<- prop.test(x = c(data$X1[i], data$X2[i]), n = c(data$N[i], data$N[i]), correct = FALSE)
>   x= y$p.value
>   res[[paste0(i)]] <- x
> }
>  
> result <- t(as.data.frame(res))
>  
> data_df1 <- cbind(data_df, result)
>  
> data_df1
>  
>  
> Espero que funcione
>  
>  
> daniel
>  
>  
>  
> Daniel Tiezzi, MD, PhD
> Professor Associado
> Departamento de Ginecologia e Obstetrícia
> Setor de Mastologia e Oncologia Ginecológica
> Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP
> Tel.: 16 3602-2488
> e-mail: dtiezzi em fmrp.usp.br <mailto:dtiezzi em fmrp.usp.br>
>  
>  
>  
> 
>  
>> On Mar 23, 2016, at 3:50 PM, Wagner Tassinari <wtassinari em gmail.com <mailto:wtassinari em gmail.com>> wrote:
>>  
>> AREA    X1      X2       N       p_valor
>> 1        1982    9416    11398      ?
>> 2        6546    4084    10630      ?
>> 3        3418    667       4085       ?
>> 4        1503    4408      5911       ?
>> 5        966        339       305       ?
> 
>  
> 
> 
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