[R-br] Estatística circular - gráfico
Cassiano
cassianosr em gmail.com
Quarta Junho 8 13:46:52 BRT 2016
Segue:
Dados
AMBIENTE mess angle DISTANCIA ABUND RIQUEZA
NASC 1 0 0 2 2
NASC 2 30 0 3 1
NASC 3 60 0 4 3
NASC 4 90 0 8 5
NASC 5 120 0 0 0
NASC 6 150 0 0 0
NASC 7 180 0 31 1
NASC 8 210 0 10 3
NASC 9 240 0 18 3
NASC 10 270 0 7 5
NASC 11 300 0 2 2
NASC 12 330 0 1 1
###############################################################
################### início da análise ##############################
###############################################################
library(circular)
nascente=read.table("nasc.csv",h=T)
nascente
nascente0=nascente[which(nascente$DISTANCIA==0),]
nascente0
meses<-c("Mai","Jun","Jul","Ago","Set","Out","Nov","Dez","Jan","Fev","Mar","Abr")
#convertendo os dados para circular, usando radianos
nasc.c0<-circular(rep(rad(nascente0$angle),nascente0$ABUND),units=c("radians"),rotation="clock")
#%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%% Angulo médio + Desvio padrão
angular%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
# %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
media=mean(nasc.c0)
sqrt(-2*log(rho.circular(nasc.c0)))
#%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
#### Gráfico ############
par(mfrow=c(1,3))
par(mar=c(0,0,2,0))
plot(nasc.c0,axes=F,main="0")
axis.circular(at=circular(rad(nascente0$angle)),labels=meses,units=c("radians"),
rotation="clock")
rose.diag(nasc.c0,add=T,axes=F)
arrows.circular(median(nasc.c0),y=rho.circular(nasc.c0),lwd=4,lty=1,angle=90,len=0.0,col="green")
#aqui eu inseri a mediana
arrows.circular(mean(nasc.c0),y=rho.circular(nasc.c0),lwd=4,lty=1,angle=90,len=0.0,col="red")
#aqui eu inseri a média
#agora preciso inserir os desvios, ou erros padrão.
########################### FIM ######################################
Obrigado
Em 8 de junho de 2016 12:00, <r-br-request em listas.c3sl.ufpr.br> escreveu:
> Enviar submissões para a lista de discussão R-br para
> r-br em listas.c3sl.ufpr.br
>
> Para se cadastrar ou descadastrar via WWW, visite o endereço
> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
> ou, via email, envie uma mensagem com a palavra 'help' no assunto ou
> corpo da mensagem para
> r-br-request em listas.c3sl.ufpr.br
>
> Você poderá entrar em contato com a pessoa que gerencia a lista pelo
> endereço
> r-br-owner em listas.c3sl.ufpr.br
>
> Quando responder, por favor edite sua linha Assunto assim ela será
> mais específica que "Re: Contents of R-br digest..."
>
>
> Tópicos de Hoje:
>
> 1. Re: Estatística circular - gráfico (Éder Comunello)
> 2. Erro modelo - glm (Andre Oliveira)
> 3. Re: Erro modelo - glm (Marcus Nunes)
> 4. Re: Erro modelo - glm (Leonardo Ferreira Fontenelle)
>
>
> ----------------------------------------------------------------------
>
> Message: 1
> Date: Tue, 7 Jun 2016 14:39:28 -0400
> From: Éder Comunello <comunello.eder em gmail.com>
> To: "r-br em listas.c3sl.ufpr.br" <r-br em listas.c3sl.ufpr.br>
> Subject: Re: [R-br] Estatística circular - gráfico
> Message-ID:
> <CABmC8gn-f8sdoHs0-Hc=zAGTmd=iYjMHizFe=
> X_HK6JYa4Vobw em mail.gmail.com>
> Content-Type: text/plain; charset="utf-8"
>
> Cassiano, boa tarde!
>
> Talvez seja o caso de postar seu código com um dataset de exemplo.
>
> ================================================
> Éder Comunello
> Researcher at Brazilian Agricultural Research Corporation (Embrapa)
> DSc in Agricultural Systems Engineering (USP/Esalq)
> MSc in Environ. Sciences (UEM), Agronomist (UEM)
> ---
> Embrapa Agropecuária Oeste, Dourados, MS, Brazil |<O>|
> ================================================
> GEO, -22.2752, -54.8182, 408m
> UTC-04:00 / DST: UTC-03:00
>
>
>
>
> Em 7 de junho de 2016 10:11, Cassiano <cassianosr em gmail.com> escreveu:
>
> > Obrigado pela ajuda.
> > Realmente o ggplot2 produz gráficos mais interessantes. Mas ainda não
> > achei a opção para plotar a média e os desvios angulares.
> > Se puderem me dar mais instruções, ficarei agradecido.
> >
> > Abraços
> > Cassiano
> >
> >
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> URL: <
> http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20160607/2bc39a6a/attachment-0001.html
> >
>
> ------------------------------
>
> Message: 2
> Date: Tue, 7 Jun 2016 23:26:58 +0000 (UTC)
> From: Andre Oliveira <andreolsouza em yahoo.com.br>
> To: R-br Lista <r-br em listas.c3sl.ufpr.br>
> Subject: [R-br] Erro modelo - glm
> Message-ID:
> <1694617424.92644.1465342018577.JavaMail.yahoo em mail.yahoo.com>
> Content-Type: text/plain; charset="utf-8"
>
> boa noite, alguém poderia ajudar descobrir onde está o erro?
>
> remove(list=ls())diurno=c(68,36,40,30)
> noturno=c(46,26,55,22)
> quadra= c("A", "B", "G","D")
> dados=data.frame(diurno,noturno,quadra)
> fit = glm(cbind(diurno, noturno) ~ factor(quadra), family = poisson,
> data=dados)
> Error in x[good, , drop = FALSE] :
> (subscript) subscrito lógico muito longo
> obrigado
> André Oliveira Souza. Graduação em Matemática, mestrado em estatística
> aplicada.Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia do Espirito
> Santo. IFES
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> >
>
> ------------------------------
>
> Message: 3
> Date: Tue, 7 Jun 2016 22:37:17 -0300
> From: Marcus Nunes <marcus.nunes em gmail.com>
> To: r-br em listas.c3sl.ufpr.br, Andre Oliveira
> <andreolsouza em yahoo.com.br>
> Subject: Re: [R-br] Erro modelo - glm
> Message-ID:
> <
> CA+QGQvvGr8Rg5w+mO4tNmRiG1du+nF0Z83XCZUrDfYyhgZdTww em mail.gmail.com>
> Content-Type: text/plain; charset="utf-8"
>
> Ajuste os modelos individualmente:
>
> diurno=c(68,36,40,30)
> noturno=c(46,26,55,22)
> quadra= c("A", "B", "G","D")
> dados=data.frame(diurno,noturno,quadra)
> fit1 = glm(diurno ~ factor(quadra), family = poisson, data=dados)
> fit2 = glm(noturno ~ factor(quadra), family = poisson, data=dados)
>
> Isto deve resolver o teu problema.
>
>
>
> 2016-06-07 20:26 GMT-03:00 Andre Oliveira <andreolsouza em yahoo.com.br>:
>
> > boa noite, alguém poderia ajudar descobrir onde está o erro?
> >
> > remove(list=ls())
> > diurno=c(68,36,40,30)
> > noturno=c(46,26,55,22)
> > quadra= c("A", "B", "G","D")
> > dados=data.frame(diurno,noturno,quadra)
> > fit = glm(cbind(diurno, noturno) ~ factor(quadra), family = poisson,
> > data=dados)
> >
> > *Error in x[good, , drop = FALSE] : *
> > * (subscript) subscrito lógico muito longo*
> >
> > obrigado
> >
> > André Oliveira Souza. Graduação em Matemática, mestrado em estatística
> > aplicada.Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia do Espirito
> > Santo. IFES
> >
> > _______________________________________________
> > R-br mailing list
> > R-br em listas.c3sl.ufpr.br
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> Message: 4
> Date: Wed, 08 Jun 2016 11:16:04 -0300
> From: Leonardo Ferreira Fontenelle <leonardof em leonardof.med.br>
> To: r-br em listas.c3sl.ufpr.br
> Subject: Re: [R-br] Erro modelo - glm
> Message-ID:
> <1465395364.4116631.631632273.0B1F3BA2 em webmail.messagingengine.com
> >
> Content-Type: text/plain; charset="utf-8"
>
> Em Ter 7 jun. 2016, às 20:26, Andre Oliveira escreveu:
> > boa noite, alguém poderia ajudar descobrir onde está o erro?
> >
> > remove(list=ls())
> > diurno=c(68,36,40,30)
> > noturno=c(46,26,55,22)
> > quadra= c("A", "B", "G","D")
> > dados=data.frame(diurno,noturno,quadra)
> > fit = glm(cbind(diurno, noturno) ~ factor(quadra), family = poisson,
> > data=dados)
> > *Error in x[good, , drop = FALSE] :
> *
> > * (subscript) subscrito lógico muito longo*
>
> Andre, conforme está escrito na documentação do glm, a resposta pode ser
> fornecida como duas colunas (sucessos e fracassos) *apenas para
> regressões binomiais e quasi-binomiais*; não para Poisson.
>
> Supondo que seus dados sejam o resumo de 68 + 46 = 114 observações para
> a quadra A, 36 + 26 = 62 observações para a quadra B, e por aí em
> diante; e que você queira calcular uma razão de prevalência / risco /
> outra proporção entre as quadras, o jeito mais óbvio de fornecer seus
> dados para a função é em formato longo:
>
> dados <- data.frame(horariodiurno = c(1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0), quadra =
> c("A", "A", "B", "B", "C", "C", "D", "D"))
> dados <- dados[rep(1:nrow(dados), c(68, 46, 36, 26, 40, 55, 30, 22)), ]
> fit = glm(horariodiurno ~ quadra, family = quasipoisson, data = dados)
>
> Repare também que, se você quer trabalhar com razão de proporções, a
> distribuição Poisson em princípio não se aplica, daí a necessidade de
> você especificar uma quasipoisson ou então um estimador de variância
> consistente com heterocedasticidade (pacote sandwich).
>
> Por favor, use o código com cuidado porque não estou com meu computador
> aqui para testá-lo.
>
> Atenciosamente,
>
> Leonardo Ferreira Fontenelle[1]
>
> Links:
>
> 1. http://lattes.cnpq.br/9234772336296638
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> http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20160608/7af199f3/attachment-0001.html
> >
>
> ------------------------------
>
> Subject: Legenda do Digest
>
> _______________________________________________
> R-br mailing list
> R-br em listas.c3sl.ufpr.br
> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
>
>
> ------------------------------
>
> Fim da Digest R-br, volume 66, assunto 7
> ****************************************
>
--
=======================================
Cassiano S. Rosa
CRBio: 104117/04-D
Universidade Federal do Triângulo Mineiro (UFTM),
*campus* Iturama-MG
Avenida Rio Paranaíba, 1241, Centro, 38280-000
Tel: (34)3415-2512
Lattes <http://lattes.cnpq.br/3030825329622014>
Scholar Google <http://scholar.google.com/citations?user=JmELzOMAAAAJ>
Academia.edu <https://uftm.academia.edu/CassianoRosa>
Researchgate <https://www.researchgate.net/profile/Cassiano_Rosa>
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