[R-br] Aumentar a memória do R

[Éder Comunello]

Senhores, boa tarde!

Não sei se ajuda, mas relacionei os pontos que eu particularmente considero
no gerenciamento da memória do R. É baseado em minha experiência pessoal
limitada e restrita ao R no Windows.

Incremento de memória livre no R:

1) em máquinas com arquitetura 64-bits, utilizar software 64-bits:
- 32-bit R no 32-bit Windows: 2Gb (3Gb*).
- 32-bit R no 64-bit Windows: 4Gb.
- 64-bit R no 64-bit Windows: 8Tb.
2) verificar se memory.limit() corresponde à memória física instalada
(64-bits)
- o upgrade de memória posterior a instalação do R pode não ser detectado -
reinstalar
3) instalar mais memória física (considerando limites do item 1) -
reinstalar

4) verificar a possiblidade de selecionar somente parte dos dados (subsets):
- antes de importar: comandos de linha (grep, cut, sed) ou gerenciadores de
banco de dados (SQLite, MySQL)
- na importação, restringindo linhas e colunas
- após importar, criando objetos menores com subset(), RSQLite.

5) rever processamento e programação:
- evitar criar, duplicar objetos desnecessariamente
- apagar objetos que não estiver usando - rm()
- evitar instruções for()
- vetorizar cálculos
- preferir funções da família _apply

6) solicitar periodicamente a limpeza da memória ao S.O. (garbage
collection) - gc(), gc(reset=TRUE)

7) eventualmente - reiniciar o R - No RStudio: Session -> Restart R
(Crtl+Shift+F10)

8) utilizar pacotes que carregam dados diretamente do disco, liberando RAM
: ff, bigmemory, SOAR

9) utilizar pacotes voltados para manipulação de bigdata tal como data.table


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Éder Comunello
PhD Student in Agricultural Systems Engineering (USP/Esalq)
Brazilian Agricultural Research Corporation (Embrapa)
Dourados, MS, Brazil [22 16.5'S, 54 49.0'W]




Em 28 de janeiro de 2016 12:34, Leonardo Ferreira Fontenelle <
leonardof em leonardof.med.br> escreveu:

> Qual é o seu sistema operacional, e com quantos bits (32, 64) trabalham
> seu computador, seu sistema operacional e sua versão do R?
>
> Essa página não ajuda?
> https://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/base/html/Memory-limits.html
>
> Abraços,
>
> Leonardo Ferreira Fontenelle <http://lattes.cnpq.br/9234772336296638>
>
>
> Em Qua 27 jan. 2016, às 13:14, Wagner Tassinari escreveu:
>
> Olá pessoal,
>
> Como faço para liberar mais memoria para o R rodar ?
>
> Estou utilizando os comandos:
>
> > memory.size()
> [1] 3306.77
> > memory.size(TRUE)
> [1] 3995
> > memory.limit()
> [1] 32676
>
>
> Obrigado
> --
> Wagner S. Tassinari
> Departamento de Matemática
> Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro.
> BR-465, Km 7 - Seropedica, RJ - Brasil
> CEP: 23890-000
> Skype: wagner.tassinari
> wtassinari em gmail.com
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