[R-br] Digest R-br, volume 62, assunto 29

Mateus Dias Nunes nunes.mateusdias em gmail.com
Quarta Fevereiro 24 17:58:20 BRT 2016


Olá Mauro Sznelwar,

obrigado pelas sujestões. No assunto 27 eu respondi que obtive êxito com as
Sujestões propostas pelo Thiago Santos. Mas mesmo assim muito obrigado.

abs,

____________________________________________________________________________

MATEUS DIAS NUNES
MESTRANDO DO PROGRAMA DE PÓS-GRADUAÇÃO EM METEOROLOGIA - PPGMET
UNIVERSIDADE FEDERAL DE PELOTAS - UFPEL
TELEFONE: +55 (53) 81125154
____________________________________________________________________________

Em 24 de fevereiro de 2016 12:00, <r-br-request em listas.c3sl.ufpr.br>
escreveu:

> Enviar submissões para a lista de discussão R-br para
>         r-br em listas.c3sl.ufpr.br
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> endereço
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>
> Quando responder, por favor edite sua linha Assunto assim ela será
> mais específica que "Re: Contents of R-br digest..."
>
>
> Tópicos de Hoje:
>
>    1. RES:  Cores em mapas (Mauro Sznelwar)
>    2. Artigo que não tem no periodicos capes
>       (Pedro Emmanuel Alvarenga Americano do Brasil)
>    3. Re: Artigo que não tem no periodicos capes (Marcelo Laia)
>
>
> ----------------------------------------------------------------------
>
> Message: 1
> Date: Wed, 24 Feb 2016 05:45:58 -0300
> From: "Mauro Sznelwar" <sznelwar em uol.com.br>
> To: <r-br em listas.c3sl.ufpr.br>, "'Thiago V. dos Santos'"
>         <thi_veloso em yahoo.com.br>
> Subject: [R-br] RES:  Cores em mapas
> Message-ID: <004f01d16edf$c8d41680$5a7c4380$@com.br>
> Content-Type: text/plain;       charset="UTF-8"
>
> Teria o arquivo teste.nc para rodar?
>
>
>
> filled.contour( sort(lon), lat, media_ColumnAmountO3[ order(lon), ])
> map( xlim=c(-100,-10), ylim=c(-60,10), add=T)
>
>
> Ou então eu deixo aqui algumas sugestões usando o levelplot (vai precisar
> baixar o shapefile da AS em anexo):
>
> ----------------------
> library(raster)
> library(rasterVis)
>
> # Abre Arquivo
> r <- brick("~/Downloads/teste.nc")
>
> # Tira média dos dois mapas
> r1 <- calc(r, fun=mean)
>
> # Uma das vantagens de usar raster/rasterVis: depois de duas linhas de
> código, já estamos plotando os dados
> levelplot(r1, margin=F, contour=T)
>
> # Descompacta e abre contorno da América do Sul para adicionar ao plot
> #(precisa baixar arquivo em anexo ou do link
> http://thematicmapping.org/downloads/TM_WORLD_BORDERS_SIMPL-0.3.zip)
>
> unzip("~/Downloads/TM_WORLD_BORDERS_SIMPL-0.3.zip")
> mapaSHP <- shapefile('TM_WORLD_BORDERS_SIMPL-0.3.shp')
>
> # Plota com contorno da America do Sul
> levelplot(r1, margin=F, contour=T, main="Campo médio de Ozônio Novembros")
> + layer(sp.lines(mapaSHP, lwd=0.7, col='black'))
>
> # Quer mudar a cor? Basta mudar as configurações de 'par.settings'
> levelplot(r1, margin=F, contour=T, main="Campo médio de Ozônio Novembros",
> par.settings=RdBuTheme) + layer(sp.lines(mapaSHP, lwd=0.7, col='black'))
>
> # Também é possível criar a sua própria paleta de cores, usando o pacote
> Rcolorbrewer
> # Veja aconselhamento para cores de mapa aqui: http://colorbrewer2.org/
> # Vou criar uma escala sequencial, com 5 tons de azul
> # Você pode ver todas as paletas disponíveis no pacote digitando
> display.brewer.all()
> my.Theme=rasterTheme(region=brewer.pal('Blues', n=5))
>
> # Aqui eu personalizo a escala usando os valores do raster e um numero
> maior de quebras
> intervalos <- seq(trunc(min(values(r1))), trunc(max(values(r1))),
> length.out=length(my.Theme$regions$col)-1)
>
> # Plota
> p <- levelplot(r1, margin=F, contour=T, par.settings=my.Theme,
> at=intervalos, main="Campo médio de Ozônio Novembros")
> p + layer(sp.lines(mapaSHP, lwd=0.7, col='black'))
>
> # Para salvar, eu recomendo copiar a imagem direto do display para um
> arquivo pdf
> dev.copy2pdf(file="~/Desktop/ozone.pdf", width = 11, height = 8.5)
>
> # Depois fica fácil convertê-la para png em altíssima resolução (600dpi)
> usando o ImageMagick (que precisa estar instalado):
> # Assim a sua imagem está de acordo com as normas de publicação das
> principais revistas científicas
> system("convert -density 600 ~/Desktop/ozone.pdf ~/Desktop/ozone.png")
>
>
> Veja o resultado final:
> https://dl.dropboxusercontent.com/u/27700634/ozone.png
>
> Greetings,
>  -- Thiago V. dos Santos
>
> PhD student
> Land and Atmospheric Science
> University of Minnesota
>
>
> On Friday, February 19, 2016 1:18 PM, Mateus Dias Nunes <
> nunes.mateusdias em gmail.com> wrote:
>
>
>
> Olá eu gostaria de colocar cores (com a barra de cores ao lado da figura)
> no meu mapa ao invés de usar os contornos com a função "contour";
> abaixo o link da figura que consegui gerar através dessa função.
>
> https://www.dropbox.com/s/xi622mbpqg7tgch/campo_medio_O3.png?dl=0
>
> abaixo o script que gerou o grafico com os contornos.
>
>
>
>
> # Carregando biblioteca para manipular arquivos netCDF
>
> library(maps)
> library(ncdf4)
>
> #==========================================================================
>
>
> #BIBLIOTECA "ncdf4".
> # PARA ESTE EXEMPLO SÃO USADOS RECURSOS PARA ABRIR A BIBLIOTECA )
> #POIS RNetCDF, ncdf e ncdf4 APRESENTAM COMANDOS DIFERENTES PARA ABRIRMOS
> AS VARIÁVEIS
>
>
>  dados <- nc_open('teste.nc')
> # lendo coordenadas espaço-temporal
> lat <- ncvar_get( dados, 'lat' )
> lon <- ncvar_get( dados, 'lon' )
> time <- ncvar_get( dados, 'time' )
>
>
> #=======================================================================================================
>
> # lendo dados coluna total de Ozônio
> ColumnAmountO3 <- ncvar_get( dados, 'ColumnAmountO3' )
>
> # dimensoes da variavel ColumnAmountO3
> dims_ColumnAmountO3 <- dim(ColumnAmountO3)
>
> # tornando o arranjo 3D (ColumnAmountO3) em um 2D, organizado em ptos de
> grade X tempo
>
> dim(ColumnAmountO3) <- c( dims_ColumnAmountO3[1]*dims_ColumnAmountO3[2],
> dims_ColumnAmountO3[3] )
>
> # calculando a média e retornado-a em 2D
>
> media_ColumnAmountO3 <- rowMeans( ColumnAmountO3)
> dim(media_ColumnAmountO3) <- c( dims_ColumnAmountO3[1],
> dims_ColumnAmountO3[2] )
>
>
> #==========================================================================================================
> # longitude varia de 0 a 360, convertendo para -180 a 180, essa conversão
> é feita para plotagem sobre o mapa
> for (i in 1:dim(lon)) { if (lon[i]>180) { lon[i] <- lon[i]-360 } }
>
>
> # criando arquivo PNG que receberá o campo com o mapa
>
> #png( filename="campo_medio_O3_jan2005.png",width=600,height=800 )
>
> # plotando mapa da America do Sul
> map( xlim=c(-100,-10), ylim=c(-60,10) )
> map.axes()              # plotando eixos
> title( main="Campo médio de ozonio janeiros" )   # título do gráfico
>
> # definindo intervalo de 5 Dobson Units (DU)
> intervalos = seq( trunc(min(ColumnAmountO3)), trunc(max(ColumnAmountO3)),
> 5 )
>
> # adicionando campo de coluna de ozonio
>
>
> contour( sort(lon), lat, media_ColumnAmountO3[ order(lon), ], add=T,
> levels=intervalos, lwd=2, labcex=1.3, col="black" )
>
>
> # fechando arquivo PNG
> #dev.off()
>
>
> obrigado
>
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> MATEUS DIAS NUNES
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> mnimo reproduzvel.
>
>
> ---
> Este email foi escaneado pelo Avast antivírus.
> https://www.avast.com/antivirus
>
>
>
> ------------------------------
>
> Message: 2
> Date: Wed, 24 Feb 2016 08:31:03 -0300
> From: Pedro Emmanuel Alvarenga Americano do Brasil
>         <emmanuel.brasil em gmail.com>
> To: R BR lista <r-br em listas.c3sl.ufpr.br>
> Subject: [R-br] Artigo que não tem no periodicos capes
> Message-ID:
>         <
> CAFfGvy+dQnZQ1XKJX3zUR56oH3ouV118FwW1Pq+6KQ73+cK84A em mail.gmail.com>
> Content-Type: text/plain; charset="utf-8"
>
> Amigos de R,
>
> Será que alguem tem na mão que possa me enviar o pdf desse artigo aqui:
>
> http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/sim.4780141909/full
>
> Grato,
>
> Pedro Brasil
> -------------- Próxima Parte ----------
> Um anexo em HTML foi limpo...
> URL: <
> http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20160224/c6a4909e/attachment-0001.html
> >
>
> ------------------------------
>
> Message: 3
> Date: Wed, 24 Feb 2016 08:33:57 -0300
> From: Marcelo Laia <marcelolaia em gmail.com>
> To: r-br <r-br em listas.c3sl.ufpr.br>
> Subject: Re: [R-br] Artigo que não tem no periodicos capes
> Message-ID:
>         <
> CAEEYVUD8wuMn+N9ymLOd8_5wiP7uLFbxhx8WBUkExhRaPHc99g em mail.gmail.com>
> Content-Type: text/plain; charset="utf-8"
>
> http://sci-hub.io/
> Em 24 de fev de 2016 08:31, "Pedro Emmanuel Alvarenga Americano do Brasil"
> <
> emmanuel.brasil em gmail.com> escreveu:
>
> > Amigos de R,
> >
> > Será que alguem tem na mão que possa me enviar o pdf desse artigo aqui:
> >
> > http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/sim.4780141909/full
> >
> > Grato,
> >
> > Pedro Brasil
> >
> > _______________________________________________
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> > código mínimo reproduzível.
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> Um anexo em HTML foi limpo...
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