[R-br] Obtenção de Valores em Pontos de Arquivo Raster x ASCII

Quarta Fevereiro 17 22:29:01 BRST 2016

Na parte de leitura do ASCII, você não queria um stack a partir do r_ascii? Me parece que as duas funções extract estão fazendo a mesma coisa - extraindo os valores do stack s (criado do tiff) usando as coordenadas especificadas.
Não rodei o script, mas tenho uns palpites baseados em experiências passadas. Além do tempo de processamento, veja o tamanho - em disco e memória - do objeto ASCII versus objeto raster. O tamanho em disco do ascii deve ficar na casa das unidades ou dezenas de vezes maior, e na memória (workspace do R) deve ser incomparável - da ordem de kilobytes para a imagem e centenas de megabytes para o ascii.
O gerenciamento de memória do R é muito criticado em comparação a outras linguagens porque ele tende a carregar tudo na memória. Se você trabalha com grande quantidade de dados ou com dados de grande tamanho, você precisa tomar cuidado com isso sob o risco de encher a memória do computador com muita facilidade.
É por isso que as funções do pacote raster não carregam a imagem na memória por padrão. Digite r_tiff e veja o data source do objeto. Provavelmente deve ser um mero ponteiro para o arquivo em disco, ao invés de estar na memória. Usando opções pouco documentadas, você pode mudar esse comportamento do raster, permitindo a leitura direto na memória - o que acaba sendo mais rápido, mas de novo você precisa conhecer bem o tamanho do seus dados e da memória do seu computador para não acabar deixando-o uma carroça por falta de memória.
Da maneira que eu vejo, essas funções para ler e escrever dados espaciais em ascii são para dados mais esparsos, como medidas de gps de um experimento de campo etc. Para trabalhar com dados espaciais mais densos, e em áreas geográficas mais extensas, como imagens de satélite ou dados climáticos, eu dificilmente enxergo uma justificativa para conversão para ascii. Greetings, -- Thiago V. dos Santos
PhD studentLand and Atmospheric ScienceUniversity of Minnesota 

    On Wednesday, February 17, 2016 4:58 PM, ASANTOS <alexandresantosbr em yahoo.com.br> wrote:

  Boa noite Éder,

         Montei uma rotina abaixo para iniciarmos um novo tópico e é possível observar o que você havia comentado, sendo:

 ### <code r>
 require(raster)
 require(sp)
 require(rgdal)

 # RasterLayer inventado
 r <- raster(nrows=10000, ncols=10000)
 r <- setValues(r, 1:ncell(r))
 r_SGDF<- as(r, 'SpatialGridDataFrame')
 writeGDAL(r_SGDF,"r_test.tif")### Cria o Tiff
 write.asciigrid(r_SGDF,"r_test.asc")### Cria o ASCII
 #

 # Lendo o tiff
 r_tif<-raster(c("r_test.tif"))
 s <- stack(r_tif)
 POI <- SpatialPoints(cbind(lon=c(-47.5,-47.5,-44.5,-40), lat=c(-18.5,-19.5,-20.5,-22)))
 proj4string(POI) <- proj4string(s)
 e <- extract(s, POI, method= "bilinear", df=T) #ou method="simple"
 proc.time()
 #

 # Lendo o ASCII
 r_ascii<-read.asciigrid("r_test.asc")
 POI <- SpatialPoints(cbind(lon=c(-47.5,-47.5,-44.5,-40), lat=c(-18.5,-19.5,-20.5,-22)))
 proj4string(POI) <- proj4string(s)
 e <- extract(s, POI, method= "bilinear", df=T) #ou method="simple"
 proc.time()
 ### </code>

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 Em 17/02/2016 16:07, Éder Comunello escreveu:

  Alexandre, boa tarde! 
  Sobre o formato dos dados, fiz uns testes aqui e dá pra tirar umas conclusões, mas acho melhor criar um tópico novo pra não embolar. Resumidamente, ao acessar usando o pacote raster (antes que rgdal) você mantém a informação no disco e economiza memória. Você poderia usar um formato ascii, mas os binários otimizam a velocidade de leitura e acesso. 
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 Éder Comunello Agronomist (UEM), MSc in Environ. Sciences (UEM)
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