[R-br] Razão de prevalência
Leonardo Ferreira Fontenelle
leonardof em leonardof.med.br
Sexta Abril 22 15:19:58 BRT 2016
Acredito já ter citado estudo mencionando que os intervalos de confiança
da tração de prevalência com a regressão Poisson ficam excessivamente
estreitos. No SAS e no Stata a solução mais facilmente acessível é a
estimação sanduíche da variância, mas no R a solução mais fácil é usar a
distribuição quasi-Poisson.
Leonardo Ferreira Fontenelle[1]
Em Sex 22 abr. 2016, às 09:54, Emerson Cotta Bodevan escreveu:
> Oi Mauricio, bom dia.
> Era isso mesmo. Mudando para 0 e 1, rodou perfeitamente.
>
> Muito obrigado a todos que ajudaram de alguma forma.
> Att.,
>
>
> **Emerson**
>
> Em 21 de abril de 2016 18:01, Mauricio Cardeal
> <mcardeal2010 em gmail.com> escreveu:
>> Emerson, tente colocar a variável dependente como numérica e com
>> códigos numéricos 1 e 0.
>> Mauricio Cardeal UFBA
>>
>>
>> Em 19/04/2016 22:00, Emerson Cotta Bodevan escreveu:
>>> Prezados...
>>>
>>> Executei o comando sugerido pelo Mauricio
>>>
>>> *mod1<-
>>> glm(PoliFar~ClassEco+Educ,family="poisson"(link="log"),data=dmha2)*
>>>
>>> e estou encontrando a seguinte mensagem de erro
>>> * Error in if (any(y < 0)) stop("negative values not allowed for the
>>> 'Poisson' family") : valor ausente onde TRUE/FALSE necessário Além
>>> disso: Warning message: In Ops.factor(y, 0) : ‘<’ not meaningful for
>>> factors*
>>>
>>> Meus dados estão no seguinte formato: (*data frame dmha2*):
>>>
>>> *ClassEco Educ PoliFar*
>>> *A 0-2 S*
>>> *D-E 3-5 N B 12+ S*
>>> *A 6-8 S*
>>> *C 9-11 N*
>>> *D-E 0-2 S
*
>>> *... ... ...*
>>>
>>> Vocês sabem o que está errado?
>>>
>>> Att.,
>>>
>>>
>>> **Emerson**
>>>
>>> Em 19 de abril de 2016 19:03, Emerson Cotta Bodevan
>>> <bodevan.ec em gmail.com> escreveu:
>>>
>>>> Obrigado Mauricio.
>>>>
>>>> Vou executar aqui.
>>>>
>>>> Att.,
>>>>
>>>>
>>>>
>>>> **Emerson**
>>>>
>>>> Em 19 de abril de 2016 19:01, Mauricio Cardeal
>>>> <mcardeal2010 em gmail.com> escreveu:
>>>>
>>>>> Emerson, você pode tentar assim:
>>>>>
>>>>> modelo=glm(variavel dependente ~ variaveis
>>>>> independentes,family="poisson"(link="log"))
>>>>> exp(modelo$coefficients) summary(modelo)
>>>>>
>>>>> Para os intervalos de confiança use a função confint:
>>>>>
>>>>> exp(confint(modelo)) # 95% CI for exponentiated coefficients
>>>>>
>>>>> Mauricio Cardeal UFBA
>>>>>
>>>>>
>>>>> Em 19/04/2016 18:37, Emerson Cotta Bodevan escreveu:
>>>>>> Olá Marco!
>>>>>>
>>>>>> Obrigado pela dica. Depois de ler as referências e sugestões, vi
>>>>>> que (apesar de minha resposta ser dicotômica) , como meu estudo é
>>>>>> transversal, o melhor é usar a Regressão de Poisson com variância
>>>>>> Robusta.
>>>>>>
>>>>>>
>>>>>> A dica do Maurício Cardeal. Agora... como construo o IC da Razão
>>>>>> de Prevalência?
>>>>>>
>>>>>>
>>>>>> Agradeço a todos.
>>>>>>
>>>>>>
>>>>>>
>>>>>> **Emerson**
>>>>>>
>>>>>> Em 19 de abril de 2016 17:22, Marco Nunes <nunes.ma em outlook.com>
>>>>>> escreveu:
>>>>>>
>>>>>>> Olá Emerson
>>>>>>>
>>>>>>> O uso da razão de prevalência na regressão logística já foi
>>>>>>> reapondido.
>>>>>>> Para o cálculo de razão de prevalência (assim como risco
>>>>>>> relatico e razão de odds também) utilizo o pacote "epiR".
>>>>>>> Encaminho um tutorial abaixo.
>>>>>>>
>>>>>>>
>>>>>>> # Exemplo de utilização do epi.2by2 para calculo da razão de
>>>>>>> # prevalencia
>>>>>>>
>>>>>>> library(epiR)
>>>>>>>
>>>>>>> dat <- matrix(c(13,2163,5,3349), nrow = 2, byrow = TRUE)
>>>>>>> rownames(dat) <- c("DF+", "DF-")
>>>>>>> colnames(dat) <- c("FUS+", "FUS-")
>>>>>>> dat
>>>>>>> epi.2by2(dat = as.table(dat), method = "cross.sectional",
>>>>>>> conf.level = 0.95, units = 100, homogeneity = "breslow.day",
>>>>>>> outcome = "as.columns")
>>>>>>>
>>>>>>>
>>>>>>> Prof. Dr. Marco Antonio Prado Nunes
>>>>>>> Departamento de Medicina/UFS
>>>>>>>
>>>>>>>
>>>>>>> Date: Sat, 9 Apr 2016 15:49:02 -0300
>>>>>>> From: bodevan.ec em gmail.com
>>>>>>> To: r-br em listas.c3sl.ufpr.br
>>>>>>> Subject: Re: [R-br] Razão de prevalência
>>>>>>>
>>>>>>>
>>>>>>> Obrigado César.
>>>>>>>
>>>>>>> Vou verificar.
>>>>>>>
>>>>>>>
>>>>>>> Abraço,
>>>>>>>
>>>>>>>
>>>>>>>
>>>>>>> **Emerson**
>>>>>>>
>>>>>>> Em 8 de abril de 2016 14:30, Cesar Rabak <cesar.rabak em gmail.com>
>>>>>>> escreveu:
>>>>>>>
>>>>>>>> Olá Emerson,
>>>>>>>>
>>>>>>>> Embora a referência apresentada pelo Leonardo seja recente e
>>>>>>>> interessante, pode acontecer que devido a exigências do veículo
>>>>>>>> que você publicará, orientação ou chefia, o cálculo tenha que
>>>>>>>> seguir com a RL regular para os IC da RP.
>>>>>>>>
>>>>>>>> Nesse caso, recomendo a leitura de um artigo mais "clássico" e
>>>>>>>> que tem boas referências e código e R:
>>>>>>>> http://www.scielo.br/pdf/csp/v31n3/0102-311X-csp-31-03-00487.pdf
>>>>>>>>
>>>>>>>> HTH
>>>>>>>> --
>>>>>>>> Cesar Rabak
>>>>>>>>
>>>>>>>> 2016-04-07 15:21 GMT-03:00 Emerson Cotta Bodevan
>>>>>>>> <bodevan.ec em gmail.com>:
>>>>>>>>> Prezados, boa tarde.
>>>>>>>>>
>>>>>>>>> Estou usando regressão logística, tendo como resposta a
>>>>>>>>> ocorrência ou não de uma doença comum (alta prevalência).
>>>>>>>>>
>>>>>>>>>
>>>>>>>>> Como calcular a*razão de prevalência* e seus intervalos de
>>>>>>>>> confiança? Estudo transversal.
>>>>>>>>>
>>>>>>>>> Algum pacote adequado?
>>>>>>>>>
>>>>>>>>>
>>>>>>>>> Agradeço qualquer ajuda.
>>>>>>>>>
>>>>>>>>> **Emerson**
>>>>>>>>>
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