[R-br] Exibição de matriz de correlação dada uma condição [RESOLVIDO]
Hélio Gallo Rocha
heliogallorocha em gmail.com
Terça Setembro 15 09:57:33 BRT 2015
Alexandre, bom dia.
Não consegui identificar essa msg de erro, que ocorre após executar a
ultima linha:
x_hm <- heatmap(cr, Rowv=FALSE, Colv=FALSE, dendrogram="none",col=paleta,
trace="none", cellnote=xval, notecol="black", notecex=0.8)
msg de erro:
Error in hclustfun(distfun(x)) :
NA/NaN/Inf em chamada de função externa (argumento 11)
OBS: retirei o ".2" após a função heatmap, poiis com esse dois, não rodava.
abraço
Em 14 de setembro de 2015 21:15, ASANTOS [via R-br] <
ml-node+s2285057n4665047h25 em n4.nabble.com> escreveu:
> Agora sim Hélio,
>
> Agora com correlação direta e inversa e com cores, segue CRM:
>
> #Pacote
> require(gplots)
>
> #Variáveis artificiais
> dados<-runif(1000)
> dados<-(dados*100)+c(1:500, 500:1)
> dados<-matrix(dados,nrow=100,ncol=10)
> dados<-as.data.frame(dados)
> names(dados)<-c("var1",
> "var2","var3","var4","var5","var6","var7","var8","var9","var10")
>
>
> #Função by Walmes
> pn <- function(X){crossprod(!is.na(X))}
>
> cor.prob <- function(X){
> pair.SampSize <- pn(X)
> above1 <- row(pair.SampSize) < col(pair.SampSize)
> pair.df <- pair.SampSize[above1] - 2
>
> R <- cor(X, use="pair")
> above2 <- row(R) < col(R)
> r2 <- R[above2]^2
> Fstat <- (r2 * pair.df)/(1 - r2)
> R[above2] <- 1 - pf(Fstat, 1, pair.df)
> R
> }
>
>
> correla <- round(cor.prob(dados),4)
>
>
> #Função by Helio
>
> sig<-0.05## Significância pos
>
> rP<-0.50 ## Correlação positiva
> rN<--0.50## Correlação negativa
>
> cor.probC <- function(x){
>
> results <- x
> ifelse(row(x)< col(x),ifelse(x<=sig,NA,x),ifelse(x<=rP&x>=rN,NA,x))
> }
>
> cr <- cor.probC(correla)
> colnames(cr) <- names(dados)
> rownames(cr) <- names(dados)
> cr
> #
>
> #Plota a matriz
> paleta<- colorRampPalette(c(rgb(0.96,0.96,1), rgb(0.1,0.1,0.9)), space =
> "rgb")
> xval <- formatC(cr, format="f", digits=2)
> x_hm <- heatmap.2(cr, Rowv=FALSE, Colv=FALSE, dendrogram="none",col=paleta,
> trace="none", cellnote=xval, notecol="black", notecex=0.8)
> #
>
> --
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> Alexandre dos Santos
> Proteção Florestal
> IFMT - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Mato Grosso
> Campus Cáceres
> Caixa Postal 244
> Avenida dos Ramires, s/n
> Bairro: Distrito Industrial
> Cáceres - MT CEP: 78.200-000
> Fone: (+55) 65 8132-8112 (TIM) (+55) 65 9686-6970 (VIVO)[hidden email] <http:///user/SendEmail.jtp?type=node&node=4665047&i=0>
> [hidden email] <http:///user/SendEmail.jtp?type=node&node=4665047&i=1>
> Lattes: http://lattes.cnpq.br/1360403201088680
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>
>
>
>
> Em 02/09/2015 22:29, Hélio Gallo Rocha escreveu:
>
> Alexandre. Estou num celular, mas acho que incluindo o caracter & no
> campo relativo a correlação, vai funcionar
> Em 02/09/2015 22:36, "ASANTOS [via R-br]" <[hidden email]
> <http:///user/SendEmail.jtp?type=node&node=4665047&i=2>> escreveu:
>
>> Boa noite Helio,
>>
>> O problema é que a função some também com variáveis
>> significantes mas inversamente correlacionadas, se altero
>> ifelse(x>=0.08,NA,x), tenho o problema inverso. Veja as alterações que
>> fiz, também criei uma estrutura de correlação um pouco melhor nos dados
>> artificiais. Outro problema para colorir estão sendo os NA's, mas acho
>> que estamos chegando lá, segue o CRM:
>>
>> #Variáveis artificiais
>> dados<-runif(1000)
>> dados<-(dados*100)+c(1:500, 500:1)
>> dados<-matrix(dados,nrow=100,ncol=10)
>> dados<-as.data.frame(dados)
>> names(dados)<-c("var1",
>> "var2","var3","var4","var5","var6","var7","var8","var9","var10")
>>
>>
>> #Função by Walmes
>> pn <- function(X){crossprod(!is.na(X))}
>>
>> cor.prob <- function(X){
>> pair.SampSize <- pn(X)
>> above1 <- row(pair.SampSize) < col(pair.SampSize)
>> pair.df <- pair.SampSize[above1] - 2
>>
>> R <- cor(X, use="pair")
>> above2 <- row(R) < col(R)
>> r2 <- R[above2]^2
>> Fstat <- (r2 * pair.df)/(1 - r2)
>> R[above2] <- 1 - pf(Fstat, 1, pair.df)
>> R
>> }
>>
>>
>> correla <- round(cor.prob(dados),4)
>>
>>
>> #Função by Helio
>>
>> sig<-0.05## Significância
>> r<-0.30 ## Correlação
>>
>> cor.probC <- function(x){
>>
>> results <- x
>> ifelse(row(x)< col(x),ifelse(x<=sig,NA,x),ifelse(x<=r,NA,x))
>> }
>>
>> cr <- cor.probC(correla)
>> colnames(cr) <- names(dados)
>> rownames(cr) <- names(dados)
>> cr
>> #
>>
>> Abraço,
>>
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>> Alexandre dos Santos
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>> Em 02/09/2015 12:09, Hélio Gallo Rocha escreveu:
>> > var1<-sort(rnorm(30,1), decreasing = TRUE)
>> > var2<-rnorm(30,10)
>> > var3<-sort(rnorm(30,22))
>> > var4<-sort(rnorm(30,10))
>> > var5<-sort(rnorm(30,0.5), decreasing = TRUE)
>> > var6<-sort(rnorm(30,25), decreasing = TRUE)
>> > var7<-rnorm(30,10)
>> > dados<-cbind(var1,var2,var3,var4,var5,var6,var7)
>>
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>> R-br mailing list
>> [hidden email] <http:///user/SendEmail.jtp?type=node&node=4665035&i=2>
>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
>> código mínimo reproduzível.
>>
>>
>> ------------------------------
>> If you reply to this email, your message will be added to the discussion
>> below:
>>
>> http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-Exibicao-de-matriz-de-correlacao-dada-uma-condicao-tp4664911p4665035.html
>> To unsubscribe from R-br, click here.
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>> <http://r-br.2285057.n4.nabble.com/template/NamlServlet.jtp?macro=macro_viewer&id=instant_html%21nabble%3Aemail.naml&base=nabble.naml.namespaces.BasicNamespace-nabble.view.web.template.NabbleNamespace-nabble.view.web.template.NodeNamespace&breadcrumbs=notify_subscribers%21nabble%3Aemail.naml-instant_emails%21nabble%3Aemail.naml-send_instant_email%21nabble%3Aemail.naml>
>>
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