[R-br] Mstate - msprep

Fátima Lima Paula fatima.lima.paula em gmail.com
Terça Julho 28 17:25:38 BRT 2015


Prezados, quero fazer uma análise utilizando o pacote mstate e estou
empacada na hora de transformar os dados para "formato longo".
Os estados são: internação para alta, internação para óbito, alta para
óbito e alta para readmissão.
Criei o st1 - alta, st2 - óbito e st3 - readmissão.
Os tempos ficaram:
t1 - internação até a alta
t2 - internação ao óbito
t3 - internação até a readmissão
Na verdade não sei se era para criar os tempos assim, pois tem óbitos no
hospital (antes da alta) e óbitos após a alta.

Criei a matriz com as possíveis transições de estados.
Na hora que tento preparar o banco com o comando msprep, dá o seguinte erro:

Erro em Tstop * 1/stat : argumento não-numérico para operador binário

Estou enviando um banco reduzido para teste.
Caso alguém tenha experiência, poderia me dizer que erro é esse que está
saindo no final?
Obrigada,
Fátima

#Dados
m<-as.data.frame(matrix(0,ncol=7,nrow=15))
colnames(m)<-c("id","st3","st1","st2","t3","t1","t2")
m$id<-c(1:15)
m$st3<-c(rep("1",7),rep("0",8))
m$st1<-c(rep("1",10),"0",rep("1",3),"0")
m$st2<-c(rep("0",10),rep("1",5))
t3<-c("33","102","442","798","305","98","751","14","31","8","6","44","21","32","7")
t1<-c("32","26","32","9","44","12","15","14","31","8","6","9","18","1","7")
t2<-c("33","102","442","798","305","98","751","14","31","8","6","44","21","32","7")
m
#st3="1" para readmitido e "0" para não readmitido
#st1="1" para alta e "0" para quem morreu no hospital
#st2="1" para quem morreu no hospital e após a alta e "0" para quem não
morreu
#t3=tempo da internação até a readmissão
#t1=tempo da internação até a alta
#t2=tempo da internação até o óbito

#Criando a matriz

tmat<-matrix(NA,4,4)
tmat[1,c(2,3)]<-c(1,2)
tmat[2,3:4]<-3:4
dimnames(tmat)<-list(from=c("Int","Alta","Obito","Read"),to=c("Int","Alta",
  "Obito","Read"))
tmat

#Passando o banco para longo
library(mstate)
msb1<-msprep(time=c(NA,"t1","t2","t3"),
  status=c(NA,"st1","st2","st3"),data=m,id="id",trans=tmat)


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