[R-br] Ordenação de importância de variáveis dependentes usando permanova
Alexandre Santos
alexandresantosbr em yahoo.com.br
Sexta Janeiro 23 10:35:32 BRST 2015
Caros listeiros,
Estou tentando ordenar as variáveis dependentes mais importantes na projeção, dentre de 5 (y1 a y5), responsáveis pelas diferenças apresentadas por três tratamentos (colony1, colony2 e colony3) usando Permanova com a função adonis do pacote vegan. Porém, não estou conseguindo extrair essa informação do objeto man.col2, criado pela função adonis para ordenar as variáveis dependentes mais importantes que no meu caso separaram os tratamentos colony 1 e 2 da colony 3, alguém com familiaridade com a função adonis poderia me ajudar, segue CRM:
#Pacotesrequire(vegan)
#Dados artificiais#Tratamentoscolony<-as.factor(sort(rep(c("colony1", "colony2","colony3"), 100)))#Variáveis dependentesy1 <- c(rnorm(100,1,0.1),rnorm(100,1,0.1),rnorm(100,3.5,0.1))y2 <- c(rnorm(100,50,0.3),rnorm(100,50,0.3),rnorm(100,5,0.6))y3 <- c(rnorm(100,10,2.3),rnorm(100,10,2.3),rnorm(100,11,2.5))y4 <- c(rnorm(100,5,0.5),rnorm(100,5,0.5),rnorm(100,22,0.5))y5 <- c(rnorm(100,15,0.1),rnorm(100,15,0.1),rnorm(100,14,0.1))
#Cria o data frameavaliacao <- as.factor(colony)espectro <- cbind(y1,y2,y3,y4,y5)dados <- data.frame(avaliacao = I(as.matrix(avaliacao)), bands = I(as.matrix(espectro)))
## Cria uma matriz de contraste contrasts(avaliacao) <- cbind(c(1, -1, 0), c(1, 0, -1))avaliacao.ortho <- model.matrix(~ avaliacao)
## Cria um fator para cada contrastecol1vs2 <-avaliacao.ortho[, 2]col1vs3<-avaliacao.ortho[, 3]
#Permanova com adonis para o modelo completoman.col<-adonis(bands ~ avaliacao, data=dados,permutations=99)man.col
#Permananova com adonis para o modelo com o modelo decomposto#Inserindo os contrastes de interesseman.col2 <- adonis(dados$bands ~ col1vs2 + col1vs3, permutations=99)man.col2##
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