[R-br] Gerar uma matriz de contraste para comparação multivariada

[ASANTOS]

Caros Listeiros,

               Gostaria de utilizar a função LSmatrix utilizando apc.R 
do Walmes (http://dl.dropboxusercontent.com/u/48140237/apc.R) para não 
ter que montar as matrizes de contraste manualmente e evitar erros para 
realizar contrastes multivariados com a função adonis() do pacote vegan. 
No entanto, a função LSmatrix não esta funcionando para o objeto criado 
para a função adonis(), então pergunto, baseado no CRM abaixo, onde pode 
estar o erro? Obrigado,

#Pacotes
require(vegan)
require(multcomp)
require(doBy)
require(latticeExtra)
source("apc.R.r")##source("http://dl.dropboxusercontent.com/u/48140237/apc.R")

#Dados artificiais
colony<-as.factor(sort(rep(c("colony1", "colony2","colony3"), 100)))
y1 <- c(rnorm(100,1,0.1),rnorm(100,5,0.1),rnorm(100,3.5,0.1))
y2 <- c(rnorm(100,10,0.3),rnorm(100,11,0.6),rnorm(100,5,0.6))
y3 <- c(rnorm(100,10,2.3),rnorm(100,11,2.6),rnorm(100,11,2.5))
y4 <- c(rnorm(100,5,0.5),rnorm(100,7,0.5),rnorm(100,22,0.5))
y5 <- c(rnorm(100,11,0.1),rnorm(100,11,0.1),rnorm(100,11,0.1))

#Cria o data frame
avaliacao <- as.factor(colony)
espectro <- cbind(y1,y2,y3,y4,y5)
dados <- data.frame(avaliacao = I(as.matrix(avaliacao)), bands = 
I(as.matrix(espectro)))

#Manova com adonis function
man.col<-adonis(bands ~ avaliacao, data=dados,permutations=99)
man.col


#Contrastes entre as avaliações
M <- LSmatrix(man.col, effect=c("colony1","colony2","colony3"))
M
#

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Alexandre dos Santos
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