[R-br] [Dúvida] Submetendo código R em um cluster

[Pedro Rafael]

Caros,

eu tenho uma dúvida. Atualmente tenho um código paralelo que preciso
submeter a um cluster. Estou utilizando o cluster Gauss do CESUP em que os
detalhes dos seus hardwares podem serem encontrados no link:
http://www.cesup.ufrgs.br/recursos-e-servicos/hardware-1/sgi-altix

Basicamente em meu código eu faço uso de OpenMPI via biblioteca doSNOW que
faz uso da SNOW e consequentemente da Rmpi. Uso também o pacote foreach
onde uso a diretiva para paralelismo de loops %dopar%. O código
simplesmente trata-se de simulações de Monte Carlo (MC) em que em cada loop
de MC faço um bootstrap. Dentro de cada bootstrap faço uma otimização
global em uma função objetivo via Particle Swarm Optimization que é
bastante intensivo. Dessa forma, me pareceu razoável paralelizar o laço
refere ao bootstrap. Matematicamente são independentes e um laço não
depende de nenhum outro.

O cluster em questão (cluster Gauss), o gerenciamento de filas é feito pelo
PBS Pro 11. Estou um pouco de dificuldades de como construir o arquivo .sh
para submissão do job. Não sei se devo usar o sistema FILL_UP ou
ROUND_ROBIN como regras de alocação.

Obrigado,
Pedro Rafael.
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