[R-br] Anova, fatorial triplo, interacao dupla

Odirley Campos camposagro em yahoo.com.br
Quarta Fevereiro 4 20:27:43 BRST 2015


Cesar, obrigado pela resposta. 

Como eu disse, a SQ e o QM estão corretos ( na parte do desdobramento nc dentro de solo, em destaque, onde tenho interesse). 
Porém o F e por consequência o p-valor foram calculados pelo R com o QMres= 21.7, quando na verdade( pela primeira anova=av1) deveria ser 6.07. No excel, ao fazer o desdobramento e calcular o F utilizei os mesmos valores de GL, SQ e QM da av1 (sejam: 118, 715.95 e 6.07). A final, o QMR utilizado nos desdobramentos deverá ser o mesmo da "anova geral=av1", não é isto? Odirley R. Campos
Engenheiro Agrônomo UFV/MGDoutorando em Solos e Nutrição de Plantas UFV/MG


 
      De: Cesar Rabak <cesar.rabak em gmail.com>
 Para: r-br em listas.c3sl.ufpr.br; Odirley Campos <camposagro em yahoo.com.br> 
 Enviadas: Quarta-feira, 4 de Fevereiro de 2015 14:06
 Assunto: Re: [R-br] Anova, fatorial triplo, interacao dupla
   
Odirley,
Sua informação sobre as somas quadráticas "não baterem" em relação ao Excel não parecem corretas, posto que os valores são iguais em ambas as tabelas que você postou.

Em relação aos valores F, não é possível discutir porque você não postou a linha de soma quadrática dos resíduos do Excel (e nem o nº de graus de liberdade) . 


2015-02-03 19:07 GMT-02:00 Odirley Campos <camposagro em yahoo.com.br>:



# Boa noite! Novamente venho recorrer a lista para tirar duvidas sobre desdobramento na ANOVA.# Tenho resultados de materia seca de eucalipto de um experimento em arranjo fatorial triplo (solo; nc; np) com # UE ditribuidas em DBC. 
# Dados estão no: http://www.datafilehost.com/d/32efcd4b# Gostaria de corrigir os valores do Fcal no desdobramento das interações duplas solo:nc.# Na anova geral (avi) o GL e SQ do residuo são obtidos normalmente:
avi<-aov(mspa~bloco + trat, data=a1)
anova(avi)

Response: mspa Df Sum Sq Mean Sq F value Pr(>F) bloco 2 2 0.993 0.1636 0.8493 trat 59 4963 84.119 13.8640 <2e-16 ***Residuals 118 716 6.067
#refiz no excel e os resultados batem  


av1<-aov(mspa~bloco + solo*nc*np, data=a1) # com mais detalhes
anova(av1)
Response: mspa
            Df  Sum Sq Mean Sq F value    Pr(>F)    
bloco        2    1.99    0.99  0.1636   0.84927    
solo         5 1987.74  397.55 65.5217 < 2.2e-16 ***
nc           1    0.75    0.75  0.1232   0.72621    
np           4 2350.35  587.59 96.8431 < 2.2e-16 ***
solo:nc      5   95.86   19.17  3.1599   0.01031 *  
solo:np     20  395.63   19.78  3.2603 3.261e-05 ***
nc:np        4   10.54    2.64  0.4345   0.78348    
solo:nc:np  20  122.12    6.11  1.0064   0.46028    
Residuals  118  715.95    6.07 
# Após conferir no excel vi que: df, SS, MS, F e Pr estão corretos para av1
# quando fui para o desdobramento conforme segue, obtive os resultados no R: 

av2 <- aov(mspa~bloco+solo/nc) #nc dentro solo
anova(av2)
 
names(coef(av2)) 
length(names(coef(av2)))
  
  # buscando as posiçoes por expressões regulares
  
grep("ES", names(coef(av2))[9:14]) 
grep("EU_0-10", names(coef(av2))[9:14]) 
grep("EU_40-60", names(coef(av2))[9:14])
grep("SE_0-10", names(coef(av2))[9:14])
grep("SE_40-60", names(coef(av2))[9:14])
grep("TM", names(coef(av2))[9:14])


summary(av2, split=list("solo:nc"=list(
  "ES"= c(1),
  "EU_0-10"=c(2),
  "EU_40-60"=c(3),
  "SE_0-10"=c(4), 
  "SE_40-60"= c(5),
  "TM"= c(6)
  )))

# saida da av2 abaixo: 
                     Df Sum Sq Mean Sq F value   Pr(>F)    
bloco                 2      2     1.0   0.046   0.9552    
solo                  5   1988   397.5  18.359 1.73e-14 ***
solo:nc               6     97    16.1   0.744   0.6153    
  solo:nc: ES         1     11    10.6   0.488   0.4859    
  solo:nc: EU_0-10    1      0     0.5   0.022   0.8817    
  solo:nc: EU_40-60   1      2     2.1   0.096   0.7570    
  solo:nc: SE_0-10    1     81    81.0   3.741   0.0548 .  
  solo:nc: SE_40-60   1      0     0.0   0.000   0.9875    
  solo:nc: TM         1      2     2.5   0.114   0.7362    
Residuals           166   3595    21.7  # vi que na parte que me interessa em destaque a SQ e QM estão corretas, mas o Fcal e P-valor estão errados pois o GL, SQ e QM do residuo não estão corretos.   Conforme conferi pelo excel: 
# saida do excel
FV                            Sum Sq  Mean Sq        F value          Pr(>F)solo:nc: ES                 10.6      10.6               1.740          0.1897solo:nc: EU_0-10          0.5       0.5                  0.079          0.2213solo:nc: EU_40-60        2.1       2.1                  0.343          0.4406solo:nc: SE_0-10          81.0     81.0                13.347         0.0004solo:nc: SE_40-60        0.0       0.0                  0.001          0.0236solo:nc: TM                 2.5        2.5                 0.406          0.4748 # Existe alguma maneira de informar o df e Sum Sq corretos (que estão na avi ou av1) no procedimento da av2 
# de modo que o F e Pr sejam corrigidos na saida do comando?# Ou como eu poderia extrair a coluna do Sum Sq ou Mean Sq na forma de vector ou data.frame para fazer as correções manualmente no R?

 Odirley R. Campos
Engenheiro Agrônomo UFV/MGDoutorando em Solos e Nutrição de Plantas UFV/MG


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