[R-br] Sobre lista de pacotes para formatação

Segunda Agosto 31 07:20:36 BRT 2015

Bom dia,

Eu recomendaria fazer um backup da pasta de instalação do R, a menos que você creia haver alguma corrupção em seus arquivos.
Depois de reinstalado é só substituir as pastas originais pelas do backup e você não teria que fazer nem lista nem baixar tudo novamente.

Att.

-----Mensagem original-----
De: R-br [mailto:r-br-bounces em listas.c3sl.ufpr.br] Em nome de r-br-request em listas.c3sl.ufpr.br
Enviada em: sábado, 29 de agosto de 2015 12:00
Para: r-br em listas.c3sl.ufpr.br
Assunto: Digest R-br, volume 56, assunto 28

Enviar submissões para a lista de discussão R-br para
        r-br em listas.c3sl.ufpr.br

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Quando responder, por favor edite sua linha Assunto assim ela será mais específica que "Re: Contents of R-br digest..."

Tópicos de Hoje:

   1. Salvar lista de pacotes instalados para utilizar após a
      formatação (Fernando Antonio de souza)
   2. conversão caracter para formato hora (Heloíse Pavanato)
   3. Re: Salvar lista de pacotes instalados para utilizar após a
      formatação (Marcus Nunes)
   4. Re: Salvar lista de pacotes instalados para utilizar após a
      formatação (Fernando Antonio de souza)
   5. Re: duvida em if else (Cesar Rabak)
   6. Re: Salvar lista de pacotes instalados para utilizar após a
      formatação (Walmes Zeviani)
   7. Re: ANOVA via bootstrap não-paramétrico (Cesar Rabak)
   8. Re: Salvar lista de pacotes instalados para utilizar após a
      formatação (Cesar Rabak)
   9. Re: Salvar lista de pacotes instalados para utilizar após a
      formatação (Paulo Justiniano)
  10. Re: ANOVA via bootstrap não-paramétrico (Euriann Yamamoto)
  11. Re: Salvar lista de pacotes instalados para utilizar após a
      formatação (Fernando Mayer)

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Message: 1
Date: Fri, 28 Aug 2015 12:20:55 -0300
From: Fernando Antonio de souza <nandodesouza em gmail.com>
To: "r-br em listas.c3sl.ufpr.br" <r-br em listas.c3sl.ufpr.br>
Subject: [R-br] Salvar lista de pacotes instalados para utilizar após
        a formatação
Message-ID:
        <CAFrWFs=RG9p2Td_CdSeSBQpFmYA7v9agrKuBiHVRJPKCf6OM0w em mail.gmail.com>
Content-Type: text/plain; charset="utf-8"

Caros colegas.

Preciso formatar meu computador. Eu utilizo Ubuntu 14.04, eu gostaria de salvar uma lista com os pacotes instalados para que eu possa repor após a formatação de forma automática. Há uma forma de fazer isso, ou terei de fazer de maneira automática?
Qual a melhor forma de resolver

Att

--
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Fernando Souza
Zootecnista, DSc. Produção Animal
e-mail:nandodesouza em gmail.com
https://producaoanimalcomr.wordpress.com/
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Message: 2
Date: Fri, 28 Aug 2015 12:45:58 -0300
From: Heloíse Pavanato <helopavanato em gmail.com>
To: r-br em listas.c3sl.ufpr.br
Subject: [R-br] conversão caracter para formato hora
Message-ID:
        <CAPw23dGUaUO3xfH8nK7KnWAT27-_jDLUWaSAO-wVR0O3mfPNog em mail.gmail.com>
Content-Type: text/plain; charset="utf-8"

Cara lista,

Tenho uma dúvida quanto a conversão de um vetor (importado por read.table) com caracteres em formato de hora (H:M:S).

Por exemplo, este vetor:

hora <- c('10:57:41', '11:04:41', '11:04:41', '11:05:56')

Agradeço qualquer ajuda.

Heloise
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Message: 3
Date: Fri, 28 Aug 2015 13:24:37 -0300
From: Marcus Nunes <marcus.nunes em gmail.com>
To: r-br em listas.c3sl.ufpr.br
Subject: Re: [R-br] Salvar lista de pacotes instalados para utilizar
        após a formatação
Message-ID:
        <CA+QGQvtj7ho3=DC2g3rvQdrSzMbuM_EGYJR2fLg7gFaqWdzZxw em mail.gmail.com>
Content-Type: text/plain; charset="utf-8"

Não sei se é a melhor forma de resolver, mas o que eu faço nestes casos é o
seguinte:

1- Entre no R e digite

.libPaths()
[1] "/usr/lib64/R/library" "/usr/share/R/library"

Estes são os locais onde teus pacotes estão instalados

2- No terminal, rode

ls /usr/lib64/R/library > pacotes.txt

Com isto, um arquivo chamado pacotes.txt vai ser criado, com todos os pacotes instalados na tua versão do R. Verifique se não falta nada.

3- Formate o computador e instale o R

4- Entre no R da nova instalação do Ubuntu, leia o arquivo pacotes.txt nele e instale os pacotes contidos nele:

pacotes <- read.table(file="pacotes.txt")
install.packages(pacotes)

5- Se houverem pacotes do Bioconductor, será necessário instalá-los também

2015-08-28 12:20 GMT-03:00 Fernando Antonio de souza <nandodesouza em gmail.com
>:

> Caros colegas.
>
> Preciso formatar meu computador. Eu utilizo Ubuntu 14.04, eu gostaria
> de salvar uma lista com os pacotes instalados para que eu possa repor
> após a formatação de forma automática. Há uma forma de fazer isso, ou
> terei de fazer de maneira automática?
> Qual a melhor forma de resolver
>
> Att
>
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> Fernando Souza
> Zootecnista, DSc. Produção Animal
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> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
> código mínimo reproduzível.
>

--
Marcus Nunes
http://marcusnunes.me/
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Message: 4
Date: Fri, 28 Aug 2015 14:12:36 -0300
From: Fernando Antonio de souza <nandodesouza em gmail.com>
To: "r-br em listas.c3sl.ufpr.br" <r-br em listas.c3sl.ufpr.br>
Subject: Re: [R-br] Salvar lista de pacotes instalados para utilizar
        após a formatação
Message-ID:
        <CAFrWFsmD8HCd+UJT+Tf9i-F2y_yZ9+otgmtg1SfTFN9yWdeF9A em mail.gmail.com>
Content-Type: text/plain; charset="utf-8"

Obrigado Marcus!

Em 28 de agosto de 2015 13:24, Marcus Nunes <marcus.nunes em gmail.com>
escreveu:

> Não sei se é a melhor forma de resolver, mas o que eu faço nestes
> casos é o seguinte:
>
> 1- Entre no R e digite
>
> .libPaths()
> [1] "/usr/lib64/R/library" "/usr/share/R/library"
>
> Estes são os locais onde teus pacotes estão instalados
>
> 2- No terminal, rode
>
> ls /usr/lib64/R/library > pacotes.txt
>
> Com isto, um arquivo chamado pacotes.txt vai ser criado, com todos os
> pacotes instalados na tua versão do R. Verifique se não falta nada.
>
> 3- Formate o computador e instale o R
>
> 4- Entre no R da nova instalação do Ubuntu, leia o arquivo pacotes.txt
> nele e instale os pacotes contidos nele:
>
> pacotes <- read.table(file="pacotes.txt")
> install.packages(pacotes)
>
> 5- Se houverem pacotes do Bioconductor, será necessário instalá-los
> também
>
>
>
>
>
> 2015-08-28 12:20 GMT-03:00 Fernando Antonio de souza <
> nandodesouza em gmail.com>:
>
>> Caros colegas.
>>
>> Preciso formatar meu computador. Eu utilizo Ubuntu 14.04, eu gostaria
>> de salvar uma lista com os pacotes instalados para que eu possa repor
>> após a formatação de forma automática. Há uma forma de fazer isso, ou
>> terei de fazer de maneira automática?
>> Qual a melhor forma de resolver
>>
>> Att
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>> código mínimo reproduzível.
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Message: 5
Date: Fri, 28 Aug 2015 14:25:09 -0300
From: Cesar Rabak <cesar.rabak em gmail.com>
To: r-br em listas.c3sl.ufpr.br
Subject: Re: [R-br] duvida em if else
Message-ID:
        <CAKrF98k-vUkiYkntY20hjR05LrRnL9zPGLwrsTEhYoet_fumWA em mail.gmail.com>
Content-Type: text/plain; charset="utf-8"

Leonardo,

Eu já toquei nesse assunto em resposta a outra questão parecida com essa sua, por isso serei mais breve.

A linguagem R é por excelência uma linguagem voltada para o tratamento de dados em grupos que *grosso modo* podemos denominar de "matriciais".

Por a maioria das "coisas" que se pode fazer em R são "automagicamente"
feitas em vetores ou matrizes de dados.

Como um exemplo "bobinho" veja:

> 1:10 + 0.07
[1]  1,07  2,07  3,07  4,07  5,07  6,07  7,07  8,07  9,07 10,07

Se você quiser pensar de maneira procedural você *poderia* (mas IMNSHO *não
deve*) fazer:

> for (i in 1:10) print(i + 0.07)
[1] 1,07
[1] 2,07
[1] 3,07
[1] 4,07
[1] 5,07
[1] 6,07
[1] 7,07
[1] 8,07
[1] 9,07
[1] 10,07

Então vejamos:

Seu teste if(x < 4) retorna o vetor

> x < 4
 [1]  TRUE  TRUE  TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE

Mas você está tentando resolver um teste encima de um objeto com dez elementos e faz um único teste. . .

Veja que no seu caso seu depoimento "porem isso nao esta funcionando." não está correto de todo, pois o R lhe indica com clareza qual é o problema:
> if(x < 4) {print ("a")} else {print ("b")}
[1] "a"
Mensagens de aviso perdidas:
In if (1:10 < 4) {:
  a condição tem comprimento > 1 e somente o primeiro elemento será usado

Aliás, o seu código no exemplo acima do "if" tem erro de sintaxe, que talvez esteja mascarando a mensagem de erro:

> if(x < 4) {print ("a")} else {"print ("b)}
Erro: símbolo inesperado in "if(x < 4) {print ("a")} else {"print ("b"

Portanto, entenda que para um programador do R a forma mais clara no script é a natural da linguagem, como mostrou a Fátima.

Como curiosidade, veja como mesmo o ifelse poderia ser removido, se você quisesse fazer algo mais "críptico" (que aí eu considero exagero no malabarismo do uso dos recursos da linguagem, mas vez por outra eu me deparo em código escrito até pelos mantenedores do corpo de pacotes do R):

>  c("a","b")[(x < 4) + 1]
 [1] "b" "b" "b" "a" "a" "a" "a" "a" "a" "a"

HTH
--
Cesar Rabak

2015-08-23 23:27 GMT-03:00 Leonardo Monteiro <monteiroleonardo6 em gmail.com>:

> Prezados, eu sei que existem outras maneiras (funcoes, tipo ifelse) de
> se fazer isso, porem eu gostaria de fazer pelo if else , pq fica mais
> claro no meu script.
>
>
> bom.. eu venho tentando aplicar a condicao em um vetor, por exemplo
>
> x<- 1:10
> if(x < 4) {print ("a")} else {"print ("b)}
>
> porem isso nao esta funcionando.
>
> Há algum outra maneira de aplicar a funcao if else para teste e/ou
> avaliacao dos dados de um vetor?
>
>
> obrigado,
>
> Leonardo.
>
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> código mínimo reproduzível.
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Message: 6
Date: Fri, 28 Aug 2015 14:31:12 -0300
From: Walmes Zeviani <walmeszeviani em gmail.com>
To: "r-br em listas.c3sl.ufpr.br" <r-br em listas.c3sl.ufpr.br>
Subject: Re: [R-br] Salvar lista de pacotes instalados para utilizar
        após a formatação
Message-ID:
        <CAFU=EkZb1AGJRm1AemWQ3Lp_XnOchcx8LDmBvd+9NSH9wdRDpQ em mail.gmail.com>
Content-Type: text/plain; charset="utf-8"

Eu nunca fiz mas segundo o que eu ouvi, você pode pegar o conteúdo dos diretórios retornados por .libPath(), salvar num pendrive, formatar e instalar o novo sistema, instalar o R, e devolver no lugar que tudo vai funcionar. Para o futuro, você pode instalar o Ubuntu numa partição e deixar a sua /home em outra, para poder formatar sem perder os dados. Na sua /home você cria um diretório no qual a partir de então vai instalar os pacotes do R (install.packages("pacote", lib="/home/eu/pacotesdoR")). Dessa forma, ao formatar, todos os pacotes serão mantidos.

À disposição.
Walmes.
?
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Message: 7
Date: Fri, 28 Aug 2015 14:36:54 -0300
From: Cesar Rabak <cesar.rabak em gmail.com>
To: r-br em listas.c3sl.ufpr.br
Subject: Re: [R-br] ANOVA via bootstrap não-paramétrico
Message-ID:
        <CAKrF98=9HEL1H4e=dxRCUtTTTa5Yovfea3ptC4wkxMFrGEKCuw em mail.gmail.com>
Content-Type: text/plain; charset="utf-8"

Euriann,

Bem vinda à lista R-Br!

Embora eu saiba que em Estatística a gente acaba com nomes que parecem, á primeira vista, tão malucos como "bicicleta de uma roda só", achei interessante essa descrição "Análise de Variância via bootstrap não paramétrico". . .?.

Uma primeira indicação é que você vá a https://cran.r-project.org/web/views/
e procure dentro das "tasks" aquelas que possuam os métodos que você necessita.

Outra opção de busca é o site http://rseek.org/ que lhe permitirá buscar diretamente esse tipo de análise.

HTH
--
Cesar Rabak

2015-08-27 10:14 GMT-03:00 Euriann Yamamoto <euriann em outlook.com>:

> Bom dia. Meu nome é Euriann e uso a versão 0.98.1028 do RStudio.
>
> Estamos trabalhando com adaptabilidade e estabilidade utilizando um
> índice de seleção de distância para o ideótipo. Entretanto preciso
> gerar uma análise de variância via bootstrap não-paramétrico. Comecei
> a trabalhar com o R tem pouco tempo. Alguém poderia me ajudar a como
> fazer essa análise pelo R? Ou sugerir algum material para estudo?
>
> Obrigada
>
>
> *Euriann Yamamoto*
> *Doutoranda em Agronomia*
> *Universidade Federal da Grande Dourados*
>
>
>
>
>
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> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
> código mínimo reproduzível.
>
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Message: 8
Date: Fri, 28 Aug 2015 14:45:40 -0300
From: Cesar Rabak <cesar.rabak em gmail.com>
To: r-br em listas.c3sl.ufpr.br
Subject: Re: [R-br] Salvar lista de pacotes instalados para utilizar
        após a formatação
Message-ID:
        <CAKrF98kjAnCoSqw6C1ts8n8d4bjf9NwV3sFeuKJ=Lgh0SjmCVQ em mail.gmail.com>
Content-Type: text/plain; charset="utf-8"

Apenas como sugestão adicional, vejam este blog do Tal Galili, que parece ficou tão fissurado com esse tema de (re-)instalação de pacotes no R que até criou um para facilitar esse trabalho (o installr [mas não me lembro se a versão atual já funciona em "sabores" do Linux]) http://www.r-bloggers.com/automated-re-install-of-packages-for-r-3-0/

A lição mais importante, IMHO, é que existe um comando especialmente para saber quais são os pacotes instalados! Como se isso surpreenderia alguém que usa o R ?

HTH
--
Cesar Rabak

2015-08-28 14:31 GMT-03:00 Walmes Zeviani <walmeszeviani em gmail.com>:

> Eu nunca fiz mas segundo o que eu ouvi, você pode pegar o conteúdo dos
> diretórios retornados por .libPath(), salvar num pendrive, formatar e
> instalar o novo sistema, instalar o R, e devolver no lugar que tudo
> vai funcionar. Para o futuro, você pode instalar o Ubuntu numa
> partição e deixar a sua /home em outra, para poder formatar sem perder
> os dados. Na sua /home você cria um diretório no qual a partir de
> então vai instalar os pacotes do R (install.packages("pacote",
> lib="/home/eu/pacotesdoR")). Dessa forma, ao formatar, todos os pacotes serão mantidos.
>
> À disposição.
> Walmes.
> ?
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> código mínimo reproduzível.
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Message: 9
Date: Fri, 28 Aug 2015 15:36:55 -0300 (BRT)
From: Paulo Justiniano <paulojus em leg.ufpr.br>
To: "r-br em listas.c3sl.ufpr.br" <r-br em listas.c3sl.ufpr.br>
Subject: Re: [R-br] Salvar lista de pacotes instalados para utilizar
        após a formatação
Message-ID: <alpine.DEB.2.00.1508281535350.14896 em pataxo.est.ufpr.br>
Content-Type: text/plain; charset="utf-8"; Format="flowed"

pac <- packageStatus()
names(pac)

terá uma dista com istalados e dispobíveis

exporte em um arquivo e depois leir e passe o vetor dos instalados para o install.packages()

On Fri, 28 Aug 2015, Fernando Antonio de souza wrote:

> Caros colegas.
>
> Preciso formatar meu computador. Eu utilizo Ubuntu 14.04, eu gostaria de salvar uma
> lista com os pacotes instalados para que eu possa repor após a formatação de forma
> automática. Há uma forma de fazer isso, ou terei de fazer de maneira automática?
> Qual a melhor forma de resolver
>
> Att
>
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Message: 10
Date: Fri, 28 Aug 2015 18:41:27 +0000
From: Euriann Yamamoto <euriann em outlook.com>
To: Dúvidas R <r-br em listas.c3sl.ufpr.br>
Subject: Re: [R-br] ANOVA via bootstrap não-paramétrico
Message-ID: <COL128-W34295A7F42963CC461585BB66E0 em phx.gbl>
Content-Type: text/plain; charset="utf-8"

Obrigada. Vou conferir!

Euriann YamamotoDoutoranda em AgronomiaUniversidade Federal da Grande Dourados(67) 9910-6787

Date: Fri, 28 Aug 2015 14:36:54 -0300
From: cesar.rabak em gmail.com
To: r-br em listas.c3sl.ufpr.br
Subject: Re: [R-br] ANOVA via bootstrap não-paramétrico

Euriann,
Bem vinda à lista R-Br!
Embora eu saiba que em Estatística a gente acaba com nomes que parecem, á primeira vista, tão malucos como "bicicleta de uma roda só", achei interessante essa descrição "Análise de Variância via bootstrap não paramétrico". . .?.
Uma primeira indicação é que você vá a https://cran.r-project.org/web/views/ e procure dentro das "tasks" aquelas que possuam os métodos que você necessita.
Outra opção de busca é o site http://rseek.org/ que lhe permitirá buscar diretamente esse tipo de análise.
HTH--Cesar Rabak

2015-08-27 10:14 GMT-03:00 Euriann Yamamoto <euriann em outlook.com>:

Bom dia. Meu nome é Euriann e uso a versão 0.98.1028 do RStudio.
Estamos trabalhando com adaptabilidade e estabilidade utilizando um índice de seleção de distância para o ideótipo. Entretanto preciso gerar uma análise de variância via bootstrap não-paramétrico. Comecei a trabalhar com o R tem pouco tempo. Alguém poderia me ajudar a como fazer essa análise pelo R? Ou sugerir algum material para estudo?
Obrigada

Euriann YamamotoDoutoranda em AgronomiaUniversidade Federal da Grande Dourados

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Message: 11
Date: Fri, 28 Aug 2015 22:42:56 -0300
From: Fernando Mayer <fernandomayer em gmail.com>
To: r-br em listas.c3sl.ufpr.br
Subject: Re: [R-br] Salvar lista de pacotes instalados para utilizar
        após a formatação
Message-ID:
        <CAO4bAdOu9RMX90es0YkeaXWvEzhXDBQF9hKp2h-UFvDcoiXFJg em mail.gmail.com>
Content-Type: text/plain; charset="utf-8"

Para uma solução mais permanente, crie um diretório onde vc tem permissão
de escrita, por exemplo em /home/fernando/R/library

Ainda no seu HOME, crie um arquivo .Renviron (/home/fernando/.Renviron) com
a seguinte variável de ambiente:

R_LIBS=~/R/library

Salve esse arquivo e reinicie uma sessão do R. Agora seu .libPaths() deve
ser algo como

.libPaths()
[1] "/home/fernando/R/library"    "/usr/local/lib64/R/library"

O importante é que sua biblioteca particular é a primeira dessa lista.
Agora qualquer pacote que vc instalar, tanto com install.packages() ou
devtools::install_git() por exemplo, será instalado nessa biblioteca por
padrão.

Quando vc for formatar seu computador basta salvar esse diretório, e na
nova instalação colocar ele no mesmo lugar e não esquecer de criar o
~/.Rprofile. Dessa forma tudo funcionará como antes.

Esse procedimento também é válido para quando vc atualizar a versão do R.
Se o seu .Rprofile estiver presente, a nova versão já ira carregar os
pacotes desse local, sem a necessidade de fazer qualquer configuração
adicional, e sem ter que reinstalar tudo novamente.

Para mais detalhes de instalação e gerenciamento de pacotes no R, veja:

http://git.leg.ufpr.br/fernandomayer/R-pacotes-rautu/blob/master/R_gerenciamento_de_pacotes.md

---
Fernando de Pol Mayer
Laboratório de Estatística e Geoinformação - LEG
Departamento de Estatística - DEST
Universidade Federal do Paraná - UFPR
URL: http://www.leg.ufpr.br/~fernandomayer
e-mail: fernando.mayer [@] {gmail.com, ufpr.br}

2015-08-28 15:36 GMT-03:00 Paulo Justiniano <paulojus em leg.ufpr.br>:

> pac <- packageStatus()
> names(pac)
>
> terá uma dista com istalados e dispobíveis
>
> exporte em um arquivo e depois leir e passe o vetor dos instalados para o
> install.packages()
>
>
>
> On Fri, 28 Aug 2015, Fernando Antonio de souza wrote:
>
> Caros colegas.
>>
>> Preciso formatar meu computador. Eu utilizo Ubuntu 14.04, eu gostaria de
>> salvar uma
>> lista com os pacotes instalados para que eu possa repor após a formatação
>> de forma
>> automática. Há uma forma de fazer isso, ou terei de fazer de maneira
>> automática?
>> Qual a melhor forma de resolver
>>
>> Att
>>
>> --
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>> Fernando Souza
>> Zootecnista, DSc. Produção Animal
>> e-mail:nandodesouza em gmail.com
>> https://producaoanimalcomr.wordpress.com/
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>>
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Fim da Digest R-br, volume 56, assunto 28
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