[R-br] Plotar perfil de umidade no solo ao longo do ano

[Jônatan]

Para umidade do solo eu geralmente a função de paleta de cores tim.colors()
do pacote fields.


require(fields) # para paleta tim.colors()
library(repmis) # reads text data directly from dropbox - no need to
download any file

# read data
url <- 'https://dl.dropboxusercontent.com/u/27700634/precip.txt'
tmp <- repmis::source_data(url, sep = '', header = TRUE)

# convert julian day to date
date <- as.Date(tmp$julian, origin='2011-12-31')
data <- cbind(date, tmp)
head(data)
# define vector with depth of soil layers
depths <- c(0.05,0.10,0.20,0.30,
                 0.40,0.60,0.80,1.00,
                 1.50,2.00,2.50)
## colunas de interesse na ordem adequada para plot do perfil
cols <- ncol(data):4

# Plot soil moisture profile
# como são profundidades (abaixo da superfície) use a convenção de z
negativo
# acrescentei a chuva, precisa ajustar ylabels, mtext() resolve
x11()
nl <- 32
op <- par(mar = c(3,4,12,3))
plot <- filled.contour(date, sort(-depths), as.matrix(data[, cols]),
                       ylab = expression(theta(m^3~~m^-3)),
                       col = rev(tim.colors(nl))
                       )
par(new=T,mar=c(23,4,1,8))
 with(data,
      plot(date, precip, type = "h", xaxt = "n", xpd = T, xaxs="i", ylab =
"Precip (mm)", xlab = ""))
par(op)



2014-09-18 11:46 GMT-03:00 Wenceslau Teixeira <wgt007 em gmail.com>:

> Caros colegas do R,
>
> muito bacana o script disponibilizado para traçar os perfis de umidade do
> solo.
> Será útil para nós. Só gostaria de trocar as cores, com valores mais alto
> (umido) para azul e valores mais baixos (solo seco)
> para vermelho, assim o gráfico fica mais cognitivo.
> Alguém sabe como mudar as cores ?
>
> Cordialmente,
>
> Wenceslau Teixeira
> Embrapa Solos
>
>
>
> library(repmis) # reads text data directly from dropbox - no need to
> download any file
> # read data
> url <- 'https://dl.dropboxusercontent.com/u/27700634/precip.txt'
> tmp <- repmis::source_data(url, sep = '', header = TRUE)
>
> # convert julian day to date
> date <- as.Date(tmp$julian, origin='2011-12-31')
> data <- cbind(date, tmp)
> head(data)
> # define vector with depth of soil layers
> depths <- c(0.05,0.10,0.20,0.30,
>                  0.40,0.60,0.80,1.00,
>                  1.50,2.00,2.50)
>
> # teste com lattice
> cols <- ncol(data):4
> levelplot(as.matrix(data[, cols]),
>           aspect = "fill", xlab = "date", ylab = "soil Moist.",
>           scales = list(x = list(at = which(date %in% pretty(date)),
>                                  labels = pretty(date)),
>                         y = list(at = length(cols):1, labels = depths)),
>           contour = T)
>
> # Plot soil moisture profile
>
> # como são profundidades (abaixo da superfície) use a convenção de z
> negativo
> # acrescentei a chuva, precisa ajustar ylabels, mtext() resolve
>
> x11()
> op <- par(mar = c(3,4,12,3))
> plot <- filled.contour(date, sort(-depths), as.matrix(data[, cols]), ylab
> = expression(theta(m^3~~m^-3)))
> par(new=T,mar=c(23,4,1,8))
> with(data,
>       plot(date, precip, type = "h", xaxt = "n", xpd = T, xaxs="i", ylab =
> "Precip (mm)", xlab = ""))
> par(op)
>
>
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> Wenceslau Teixeira
>
> wgt007 em gmail.com
> skype: wgt007
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##  Jônatan Dupont Tatsch
##  Professor do Departamento de Física
##  Centro de Ciências Exatas e Naturais (CCNE)
##  Universidade Federal de Santa Maria
##  Faixa de Camobi, Prédio 13 - Campus UFSM - Santa Maria, RS, Brasil -
97105-900
##  Telefone: +55(55)33012083
##  www.ufsm.br/meteorologia
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