[R-br] ADAPTAR UMA MATRIZ NO R

walmes . walmeszeviani em gmail.com
Quarta Outubro 15 23:56:23 BRT 2014


Bem, eu confesso que também não teria entendido nada se eu tivesse um
tiquinho de conhecimento bem pequeno em experimento dialelo. Do pouco que
sei e nas vezes que precisei, tive que gerar a matriz que você menciona e
fiz isso a partir da informação dos genitores. O CMR abaixo mostra como
obter uma matrix com 1 e -1 em cada linha para genitor I e genitor II (não
deveria ser 0.5 e 0.5 haja visto que o genótipo resultante tem como
esperado 0.5 do efeito aditivo de cada genitor? Enfim...).

## 5 genótipos. Dialelo completo.
gen <- gl(5,1)

## m <- diag(nlevels(gen))
## U <- upper.tri(m)
## cbind(col(m)[U], row(m)[U])
da <- as.data.frame(t(combn(5, 2))) ## Equivalente porém mais conveniente.
names(da) <- c("genitor1","genitor2")
da <- transform(da,
                genitor1=factor(genitor1, levels(gen)),
                genitor2=factor(genitor2, levels(gen)))
levels(da$genitor1)
levels(da$genitor2)

X1 <- model.matrix(~0+genitor1, da)
X2 <- model.matrix(~0+genitor2, da)

X <- X1-X2

da$y <- rnorm(nrow(X))

lm(da$y~0+X)
​
À
​ disposição.
Walmes.​
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