[R-br] Modelo efeito misto - decomposição R2 marginal

Alisson Lucrecio alissonluc em gmail.com
Terça Maio 27 16:32:52 BRT 2014 

Prezado Fernando,

Boa tarde.

Eu normalmente cálculo de acorde com Nakagawa et al. (2012), tentei baixar
o livro recomendado para ver é cálculado o R2, mas não consegui. Você teria
o pdf do livro e poderia me enviar?

Obrigado.



2014-05-26 23:34 GMT-03:00 Fernando Souza <nandodesouza em gmail.com>:

>  Caros Amigos,
> Fiz uma análise de regressão utilizando o modelo de efeito misto. Eu
> desejo fazer o coeficiente de determinação parcial conforme  descrito no
> livro do Kutner, et al (Applied linear statistical Models, )<http://www.amazon.com/Applied-Linear-Statistical-Models-Michael/dp/007310874X>5° edição,   paginas 268-269 para obter uma estimativa de quanto cada
> variável incluída no modelo contribuiu para o R2 geral ( ou seja a
> contribuição marginal de cada variável para a redução da variação quando
> todas as outras variáveis estão no modelo- No livro é chamado de
> coeficiente parcial de determinação). O R2 do modelo deve ser igual a soma
> do R2 parcial de cada variável individualment (R2modelo=
> R2variável1+R2variável2...). Fiz uma função para automatizar os passos
> descritos no livro, como vocês poderão ver a soma do R2 parcial de cada
> variável difere do R2 geral do modelo. Acredito que eu possa ter entendido
> algo errado, por isso gostaria de ajuda. Alguém da lista ja fez este tipo
> de avaliação?
>
>
> DATA<- structure(list(DATA = structure(c(25L, 27L, 1L, 2L, 3L, 4L, 5L,
> 6L, 7L, 8L, 9L, 10L, 11L, 12L, 13L, 14L, 15L, 16L, 17L, 18L,
> 19L, 20L, 21L, 22L, 23L, 24L, 26L, 28L, 25L, 27L), .Label = c("01/09/13",
> "02/09/13", "03/09/13", "04/09/13", "05/09/13", "07/09/13", "08/09/13",
> "10/09/13", "11/09/13", "14/09/13", "15/09/13", "16/09/13", "17/09/13",
> "18/09/13", "19/09/13", "20/09/13", "21/09/13", "22/09/13", "23/09/13",
> "24/09/13", "25/09/13", "26/09/13", "27/09/13", "28/09/13", "29/08/13",
> "29/09/13", "30/08/13", "30/09/13"), class = "factor"), GEST = c(63L,
> 64L, 66L, 67L, 68L, 69L, 70L, 72L, 73L, 75L, 76L, 79L, 80L, 81L,
> 82L, 83L, 84L, 85L, 86L, 87L, 88L, 89L, 90L, 91L, 92L, 93L, 94L,
> 95L, 63L, 64L), MANEJO = c(2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L,
> 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L,
> 2L, 2L, 2L, 2L, 2L), DIAS = c(1L, 2L, 4L, 5L, 6L, 7L, 8L, 10L,
> 11L, 13L, 14L, 17L, 18L, 19L, 20L, 21L, 22L, 23L, 24L, 25L, 26L,
> 27L, 28L, 29L, 30L, 31L, 32L, 33L, 1L, 2L), ANIMAL = structure(c(2L,
> 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L,
> 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L), .Label = c("5",
> "4"), class = c("ordered", "factor")), CONSUMO = c(1.43, 1.24,
> 2, 1.29, 0.94, 1.99, 1.48, 1.25, 1.8, 2.16, 1.36, 1.33, 2.25,
> 1.1, 1.78, 1.47, 2, 2.07, 1.35, 1.84, 1.86, 1.5, 1.31, 1.45,
> 1.46, 2.51, 2.77, 1.89, 1.39, 1.68), PV = c(40, 40.06, 40.18,
> 40.24, 40.3, 40.36, 40.42, 40.54, 40.6, 40.72, 40.78, 40.99,
> 41.04, 41.08, 41.13, 41.17, 41.22, 41.26, 41.31, 41.35, 41.4,
> 41.45, 41.49, 41.54, 41.58, 41.63, 41.67, 41.9, 32.3, 32.47),
>     TEMPMIN = c(11.85, 11.85, 17.9, 18.45, 18.6, 19.6, 19.2,
>     17.8, 18.7, 15.5, 15.55, 18.7, 18.15, 17.55, 17.85, 18.75,
>     20.95, 19.3, 19.35, 19.4, 18.8, 17.65, 17.75, 16.45, 16.95,
>     18.4, 21.1, 18.2, 11.85, 11.85), TEMPMAX = c(28.05, 28.05,
>     30, 30.9, 30.8, 30.35, 31.2, 27.9, 31.3, 28.6, 28.25, 31.95,
>     32.75, 30.7, 31.65, 32.85, 32.65, 33.2, 33.05, 24.7, 24.35,
>     24.95, 28, 28.15, 30.9, 33.1, 34.95, 26.65, 28.05, 28.05),
>     URAMIN = c(38, 38, 40, 41.5, 43, 42.5, 41, 61.5, 44.5, 41.5,
>     41, 18, 19.5, 26.5, 19.5, 19.5, 20, 25.5, 29, 70, 71.5, 42.5,
>     50, 44, 31, 23, 15.65, 46.5, 38, 38), URAMAX = c(89, 89,
>     94, 91, 91, 96.5, 94.5, 99, 95.5, 91, 93, 74.5, 74.5, 75.5,
>     77, 76, 80, 88, 92, 94, 93.5, 94, 91.5, 85.5, 83.5, 79, 51.75,
>     77.5, 89, 89), TEMPMEC = c(19.95, 19.95, 23.95, 24.68, 24.7,
>     24.98, 25.2, 22.85, 25, 22.05, 21.9, 25.33, 25.45, 24.13,
>     24.75, 25.8, 26.8, 26.25, 26.2, 22.05, 21.58, 21.3, 22.88,
>     22.3, 23.93, 25.75, 28.03, 22.43, 19.95, 19.95), URAMED = c(63.5,
>     63.5, 66.25, 69.5, 67.75, 80.25, 70, 67, 47.75, 47, 48.25,
>     56.75, 60.5, 82.5, 68.25, 70.75, 64.75, 51, 63.5, 62, 56.75,
>     84.25, 84.25, 64.25, 64.5, 57.75, 72.25, 74.75, 63.5, 63.5
>     ), ITH = c(4, 4, 151, 220, 212, 304, 267, 82, 133, 20, 16,
>     201, 231, 246, 218, 317, 343, 230, 302, 40, 21, 49, 147,
>     51, 143, 238, 409, 82, 4, 4), IMS = c(0.9, 0.62, 0.69, 1.62,
>     0.81, 1.16, 1.45, 0.87, 0.86, 0.86, 1.04, 1.68, 0.68, 0.56,
>     1.47, 1.04, 1.14, 0.66, 0.97, 1.35, 1.14, 1.05, 1.52, 0.77,
>     0.95, 0.84, 1.31, 1.52, 1, 1.37), cook = c(0, 0, 0, 0, 0,
>     0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
>     0, 0, 0, 0, 0, 0)), .Names = c("DATA", "GEST", "MANEJO",
> "DIAS", "ANIMAL", "CONSUMO", "PV", "TEMPMIN", "TEMPMAX", "URAMIN",
> "URAMAX", "TEMPMEC", "URAMED", "ITH", "IMS", "cook"), row.names = c("178",
> "179", "181", "182", "183", "184", "185", "187", "188", "190",
> "191", "194", "195", "196", "197", "198", "199", "200", "201",
> "202", "203", "204", "205", "206", "207", "208", "209", "210",
> "211", "212"), class = c("nffGroupedData", "nfGroupedData", "groupedData",
> "data.frame"), formula = CONSUMO ~ I(PV^0.75) + IMS + GEST +
>     TEMPMAX + TEMPMIN + URAMIN + URAMAX + as.numeric(ITH) | ANIMAL, FUN =
> function (x)
> max(x, na.rm = TRUE), order.groups = TRUE)
>
>
> modelocompleto<-lme(fixed=CONSUMO~GEST+as.numeric(ITH),data=DATA,correlation=corAR1(form=~GEST|ANIMAL),na.action=na.omit,weights=varIdent(form=~1|ANIMAL),random=~1|ANIMAL,method="REML")
>
> modeloreduzidoGEST<-update(modelocompleto,fixed=CONSUMO~as.numeric(ITH),random=~1|ANIMAL,method="REML",control=ctrl)
>
> modeloreduzidoITH<-update(modelocompleto,fixed=CONSUMO~GEST,random=~1|ANIMAL,method="REML",control=ctrl)
>
> R2partial<-function(modelocompleto,modeloreduzidoGEST,modeloreduzidoITH){
> SSRGEST<-(sum(resid(modeloreduzidoGEST)^2) - sum(resid(modelocompleto)^2))
> SSRITH<-(sum(resid(modeloreduzidoITH)^2) - sum(resid(modelocompleto)^2))
> SSEGEST<-sum(resid(modeloreduzidoGEST)^2)
> SSEITH<-sum(resid(modeloreduzidoITH)^2)
> R2partialGEST<-SSRGEST/SSEGEST
> R2partialITH<-SSRITH/SSEITH
> resultado1<-paste("R2parcial-GEST",R2partialGEST,sep=":")
> resultado2<-paste("R2parcial-ITH",R2partialITH,sep=":")
> R2total<-paste("R2total",sum(R2partialGEST,R2partialITH),sep=":")
> return(c(resultado1,resultado2,R2total))
> }
> R2partial(modelocompleto,modeloreduzidoGEST,modeloreduzidoITH) # R2
> parcial para cada uma das vaiáveis
>
> install.packages("MuMIn")
> library(MuMIn)
> r.squaredGLMM(modeloreduzidoGEST) #R2 Geral
>
>
> _______________________________________________
> R-br mailing list
> R-br em listas.c3sl.ufpr.br
> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
> código mínimo reproduzível.
>



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