[R-br] combinar Cluster e Ordination (PCA)

[Mauro Sznelwar]

Qual a biblioteca para isto?

Olá todos, 

Gostaria de uma ajuda para plotar Principal Components Analysis (PCA) e clusters juntos.
Possuo dados ambientais de 25 locais espalhados em 5 diferentes ecossistemas que quando agrupados em 5 clusters, locais de ecossitemas diferentes se juntam no mesmo grupo. Logo, uma bagunça.
Assim, quero plotar os 2 juntos (PCA e Clusters) de maneira que, locais pertencentes ao mesmo ecossistema possuam as mesmas CORES, e locais agrupados no mesmo cluster, possuam mesma FORMA. Por exemplo: 
1 local da Floresta de Araucária e 1 local da Floresta Decidual (logo com cores diferentes azul e verde respectivamente) estão no mesmo cluster (logo, representados pela mesma figura, triângulo).

Como fazer essa combinação?
Abaixo segue os comandos que estou usando para fazer minhas combinação, no entanto. Nesse código, consigo juntar PCA e Cluster. no entanto sem diferenciar as cores de cada local de acordo com eu ecossistema.

#PCA
mydata.pca<-rda(mydata)

#Cluster
mydata.w <- hclust(dist(Sqchord.mydata), "ward")
plot(mydata.w, hang=-1)
rect.hclust(mydata.w, 5)

# Cut the dendrogram to yield 5 groups
gr <- cutree(mydata.w, k=5)
grl <- levels(factor(gr))


# Get the site scores, scaling 1
sit.sc1 <- scores(mydata.pca, display="w", scaling=3)

# Plot the sites with cluster symbols and colours (scaling 3)
p <- plot(mydata.pca,  display="wa", scaling=3, type="n", 

          main="Mydata PCA and clusters")
abline(v=0, lty="dotted")
abline(h=0, lty="dotted")
for (i in 1:length(grl))
{  points(sit.sc1[gr==i,], pch=(14+i), cex=2.5, col=i+1)}
text(sit.sc1, row.names(Pre_euro_veg.1.all), cex=0.7, pos=3)

# Add legend interactively
legend(locator(1), paste("Cluster", c(1:length(grl))), pch=14+c(1:length(grl)), 
       col=1+c(1:length(grl)), pt.cex=2)


Desde já, agradeço por qualquer ajuda.

Jackson M. Rodrigues




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