[R-br] Dúvida - elipse de confiança

[Éder Comunello]

Mauro, boa tarde!

Trabalhei um pouco em cima do seu código e cheguei a plotar as elipses, mas
precisaria revisar o conteúdo de multivariada pra saber se o procedimento
está correto.

De qualquer modo, posto o código para que você veja se é possível
aproveitar algo.

### <code r>
dURL  <- ('
https://www.dropbox.com/s/405ggda0h6scnie/marajoara320amostras.txt')
dURL2 <- ('
https://dl.dropboxusercontent.com/s/405ggda0h6scnie/marajoara320amostras.txt?token_hash=AAFD9qRCKF1VECx1_j7-gf0ab93bFdJ2CojO4J_WYIh83w
')
dName <- basename(dURL); dName
download.file(dURL2, dName, mode='wb')
file.show(dName)

maraOri  <- read.table('marajoara320amostras.txt', head=FALSE);
head(maraOri)
maraNorm <- data.frame(scale(maraOri)); head(maraNorm)

### Cluster
maraNorm.h   <- hclust(dist(maraNorm)^2, method="ward")
maraGroups   <- cutree(maraNorm.h, 3); maraGroups
maraInitial  <- aggregate(maraNorm, by=list(maraGroups), mean)[,-1];
maraInitial
maraNorm.km1 <- kmeans(maraNorm,maraInitial)
plot(maraNorm.h, main="marajoara320amostras")

### PCA
maraNorm.pca <- princomp(maraNorm)
maraNorm.px  <- predict(maraNorm.pca)

library(MASS)
eqscplot(maraNorm.px[,1:2],type="n",xlab="componente 1",ylab="componente 2")
text(maraNorm.px[,1:2],labels=as.character(maraNorm.km1$cluster),col=as.numeric(maraNorm.km1$cluster),cex=.5)
title("marajoara320amostras")
#identify(maraNorm.px[,1:2]) # identificar amostras no gráfico de PCA
library(ellipse)
tmp <- split(data.frame(maraNorm.px[,1:2]), maraGroups)
lapply(tmp, cor)
lapply(tmp, function(x) lines(ellipse(cor(x), level=0.95,
centre=c(mean(x[,1]),mean(x[,2]))), lty=2))

### </code>

Éder Comunello <c <comunello.eder em gmail.com>omunello.eder em gmail.com>
Dourados, MS - [22 16.5'S, 54 49'W]
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