[R-br] Não consigo fazer uma ANOVA com arquivo com 1e+06 registros.
Elias T Krainski
eliaskrainski em yahoo.com.br
Quinta Outubro 24 05:53:26 BRST 2013
O problema com biglm() e' essa linha:
mm <- model.matrix(tt, mf)
sorry :)
biganalytics eu nao conheco... faz swap?
On 10/23/2013 11:17 PM, Benilton Carvalho wrote:
> Sugestão completamente sem checar dados: biglm ou mesmo o biganalytics
> (sugestão por esse último, já que o usuário não parece ter RAM
> suficiente) foram tentados?
>
> On Oct 23, 2013 12:24 PM, "Luiz Roberto Martins Pinto"
> <luizroberto.uesc em gmail.com <mailto:luizroberto.uesc em gmail.com>> wrote:
>
> Edson,
>
> Agradeço a sugestão.
> Vou experimentar.
> Abraços,
> Luiz Roberto
>
> Luiz Roberto Martins Pinto
> Prof. Pleno/DCET/UESC
> Laboratório de Estatística Computacional
> Universidade Estadual de Santa Cruz
> Ilhéus-Bahia
>
> luizroberto.uesc em gmail.com <mailto:luizroberto.uesc em gmail.com>
> skype: lrmpinto
> http://lattes.cnpq.br/2732314327604831
>
>
>
>
> Em 23 de outubro de 2013 11:02, Edson Lira <edinhoestat em yahoo.com.br
> <mailto:edinhoestat em yahoo.com.br>> escreveu:
>
> Tem um pacote chamado ff que executa a leitura de arquivos grandes.
>
> Transforme seus dados para um arquivo .csv (caso não seja) e
> tente a leitura com este pacote.
>
> [ ]'s.
> Edson Lira
> Estatístico
> Manaus-Amazonas
>
>
> Em Quarta-feira, 23 de Outubro de 2013 5:35, Elias T Krainski
> <eliaskrainski em yahoo.com.br <mailto:eliaskrainski em yahoo.com.br>>
> escreveu:
> Oi Luiz,
>
> O problema e' que vc tem 1000 niveis em cada um de dois fatores.
> Como a
> funcao aov() usa a funcao lm(), esta monta a matriz de
> delineamento, ne
> neste caso tem dimensao de um milhao por 1999. Para armazenar essa
> matriz vc precisa de 14.9Gb
>
> print(object.size(double(1999))*1e6, unit='Gb')
>
> Se seu computador tivesse 16Gb de memoria vc conseguiria fazer
> calculando as estatistica suficientes X'X e X'y. Foi o que eu fiz e
> enviei X'X e X'y no seu e-mail. Mas isso ainda nao 'e a melhor
> solucao
> nesse caso particular.
>
> Como vc nao tem fator continuo, e' muito barato
> computacionalmente fazer
> o quadro de anova calculando as expressoes de soma de quadrados.
> Dessa forma vc consegue montar um quadro de anova facilmente num
> computador com pouca memoria. Note que seu dado consiste em
> apenas dois
> fatores e uma resposta continua, cada um com 1 milhao de
> registros. Isso
> ocupa apenas 19.2Mb em memoria
>
> print(object.size(Data), un='Mb')
>
> Veja como montar o quadro de anova:
>
> attach(Data)
> n <- length(y)
> ntr <- c(length(levels(block)), length(levels(Treat)))
> gltot <- n-1
> gltra <- ntr - 1
> glres <- n - sum(ntr)
>
> correcao <- (sum(y)^2)/n
> sqtot <- sum(y^2)-correcao
> bltot <- tapply(y, block, sum)
> trtot <- tapply(y, Treat, sum)
>
> sqbl <- sum(bltot^2)/ntr[2] - correcao
> sqtr <- sum(trtot^2)/ntr[1] - correcao
> sqres <- sqtot - sqbl - sqtr
>
> qmbl <- sqbl/gltra[1]
> qmtr <- sqtr/gltra[2]
> qmres <- sqres/glres
>
> fval <- c(qmbl, qmtr)/qmres
> pval <- pf(fval, gltra, glres, lower.tail=FALSE)
>
> data.frame(gl=c(gltra, glres, gltot),
> sqt=c(sqbl, sqtr, sqres, sqtot),
> qm=c(qmbl, qmtr, qmres, NA),
> fval=c(fval, NA, NA),
> pval=c(pval, NA, NA))
>
>
> On 10/22/2013 08:13 PM, Luiz Roberto Martins Pinto wrote:
> > Caros companheiros da R-BR.
> >
> > Não consigo fazer uma ANOVA com arquivo com 1e+06 registros.
> > Então... preciso de ajuda!!!
> >
> > Dados:
> >
> > http://www1.datafilehost.com/d/c0d31775
> >
> > Meu pc
> > R for windows 2.15.1(x64)
> > 8 Gb de Memo
> >
> > load('RCBD_Data.Rdata') # Arquivo com 1e+06 registros
> >
> > m=aov(y~Treat+block,data=Data)
> > summary(m)
> >
> > Mensagem de erro:
> >
> > Erro: não é possível alocar vetor de tamanho 14.9 Gb
> > Além disso: Mensagens de aviso perdidas:
> > 1: In model.matrix.default(mt, mf, contrasts) :
> > Reached total allocation of 8086Mb: see help(memory.size)
> > 2: In model.matrix.default(mt, mf, contrasts) :
> > Reached total allocation of 8086Mb: see help(memory.size)
> > 3: In model.matrix.default(mt, mf, contrasts) :
> > Reached total allocation of 8086Mb: see help(memory.size)
> > 4: In model.matrix.default(mt, mf, contrasts) :
> > Reached total allocation of 8086Mb: see help(memory.size)
> >
> >
> > Luiz Roberto Martins Pinto
> > Prof. Pleno/DCET/UESC
> > Laboratório de Estatística Computacional
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