[R-br] dim(X)

[Giselle Davi]

Isso foi a primeira coisa que conferi !!!! Olha só a saída:

 Sys.setenv(HTTP_PROXY="http://giselle:selecaogenomic@2013@proxy.cnpms.embrapa.br:3128")
> getwd()
[1] "C:/GS_tutorial"
> dir(getwd())
[1] "DatasetS2_29SAWSN_gbs.csv"
[2] "DatasetS2_29SAWSN_gbs.txt"
[3] "Geno_RRBLUP_All.txt"      
[4] "RData"                    
> GBS = read.csv('DatasetS2_29SAWSN_gbs.csv', header=TRUE, stringsAsFactors=FALSE)
> parse.GBS <- function(x) {
+    unique.x <- unique(x)
+    alleles <- setdiff(unique.x,union("H","N"))
+    y <- rep(0,length(x))
+    y[which(x==alleles[1])] <- -1
+    y[which(x==alleles[2])] <- 1
+    y[which(x=="N")] <- NA
+    return(y)
+ }
> X <- apply(GBS[,-c(1:3)],1,parse.GBS)
> dim(X)
NULL

E agora ???




Em Quarta-feira, 20 de Novembro de 2013 13:31, Leandro Marino <leandromarino em leandromarino.com.br> escreveu:
 
O problema está aqui: 


cannot open file 'tpg12-06-0006-dataset-s2': No such file or directory
o arquivo não existe no local que está. 

veja o diretorio que vc está com getwd() e liste os arquivos do diretorio com dir(getwd()), você verá que não há nenhum arquivo com esse nome.



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