[R-br] dim(X)

[Benilton Carvalho]

use apenas:

GBS = read.csv('tpg12-06-0006-dataset-s2', header=TRUE,
stringsAsFactors=FALSE)

a razao deixo como exercicio p vc...

b


Em 20 de novembro de 2013 11:37, Giselle Davi
<giselle_davi em yahoo.com.br>escreveu:

> Prezados,
>
> estou tendo problemas em rodar a análise conforme manual do R: Genomic
> prediction with rrBLUP 4
> Jeffrey Endelman,June 15, 2013 . Ao rodar a análise igual ao solicitado
> no manual a dim (X) resulta em NULL . Vcs poderiam me ajudar a encontrar a
> dimensão correta desta matriz ??
>
> Aqui está o local indicado, conforme manual, de onde está a planilha de
> dados:
> https://www.crops.org/publications/tpg/supplements/5/tpg12-06-0006-dataset-s2.gz
>
> OBS.: O nome do arquivo está diferente, pois na hora de baixar do mesmo
> site, o arquivo passa a ter o nome conforme indicado na rotina abaixo,
> porém é o mesmo arquivo com os mesmos dados.
>
> Abaixo segue a rotina:
> GBS <- read.csv("C:/GS_tutorial/DatasetS2_29SAWSN_gbs.csv", sep=";",
> dec=",",header=TRUE)
> parse.GBS <- function(x) {
>    unique.x <- unique(x)
>    alleles <- setdiff(unique.x,union("H","N"))
>    y <- rep(0,length(x))
>    y[which(x==alleles[1])] <- -1
>    y[which(x==alleles[2])] <- 1
>    y[which(x=="N")] <- NA
>    return(y)
> }
> X <- apply(GBS[,-c(1:3)],1,parse.GBS)
> dim(X)
> frac.missing <- apply(X,2,function(z){length(which(is.na(z)))/length(z)})
> length(which(frac.missing<0.5))
> hist(frac.missing)
>
>
> Desde já agradeço. Att,
>
> Giselle
>
>
>
>
> _______________________________________________
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> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
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