[R-br] Step GLM - remover valores ausentes?

[Elisa Seyboth]

Oi, 

o que fiz:


#Inserindo a tabela
binom<-read.table("oficial.txt", header=T)

#Elilimindo linhas com NAs
binom.na<-na.omit(binom)

# Nomeei cada variável

#Padronizando variáveis contínuas
clouds.p<-(clouds-mean(clouds,na.rm=T))/sd(clouds,na.rm=T)
sst.p<-(sst-mean(sst))/sd(sst)
protection.p<-(protection-mean(protection))/sd(protection)
bayangle.p<-(bayangle-mean(bayangle))/sd(bayangle)
effort.p<-(effort-mean(effort,na.rm=T))/sd(effort,na.rm=T)
year.p<-(year-mean(year))/sd(year)
month.n.p<-(month.n-mean(month.n))/sd(month.n)
month.q<-(month.n.p)^2  #quadrático
visib.p<-(visib-(mean(visib,na.rm=T))/sd(visib,na.rm=T))
sea.p<-(sea-(mean(sea,na.rm=T))/sd(sea,na.rm=T))
north_south.p<-(north_south-(mean(north_south,na.rm=T))/sd(north_south,na.rm=T))
east_west.p<-(east_west-(mean(east_west,na.rm=T))/sd(east_west,na.rm=T))


#Fazendo soma de dois termos
y<- cow+calf

#Gerando um primeiro modelo
M1 <- glm(cbind(y,total-y) ~ factor(outfall) + factor(floortype) + protection.p + bayangle.p + factor(morphotype) +
year.p + month.q + north_south.p + east_west.p + clouds.p + visib.p + sea.p + offset(effort.p), family=binomial, data=binom.na)
summary(M1)
#AIC: 8954.3

#Tentando a seleção automática
step(M1)

#Retorno da tentativa:
Start:  AIC=8954.29
cbind(y, total - y) ~ factor(outfall) + factor(floortype) + protection.p + 
    bayangle.p + factor(morphotype) + year.p + month.q + north_south.p + 
    east_west.p + clouds.p + visib.p + sea.p + offset(effort.p)

                     Df Deviance    AIC
- visib.p             1   7786.0 8952.7
<none>                    7785.6 8954.3
- sea.p               1   7814.9 8981.6
- protection.p        1   7818.5 8985.2
- factor(outfall)     1   7824.3 8991.0
- east_west.p         1   7829.6 8996.3
- clouds.p            1   7843.0 9009.7
- north_south.p       1   7890.2 9056.9
- year.p              1   7936.4 9103.1
- month.q             1   7959.1 9125.8
- bayangle.p          1   7969.0 9135.7
- factor(morphotype)  1   8033.2 9199.9
- factor(floortype)   3   8184.2 9346.9
Erro em step(M1) : 
  Número de linhas em uso mudou: remover valores ausentes?

#Tentei também
step(M1, na.action="na.exclude")
#que resulta no mesmo problema

Tentei ainda aplicar a função para um modelo binomial negativo, e ocorreu o mesmo erro.

Segundo a indicação de um colega da lista, o erro pode estar associando à especificação  da função step(), indicada no seu help:
"The "glm"method
for function extractAIC makes
the appropriate adjustment for a gaussian family,
but may need to be amended for other cases. (The binomial andpoisson families
have fixed scale by
default and do not correspond to a particular maximum-likelihood problem for variable scale.)"


Obrigada. 

Elisa.



Date: Tue, 19 Feb 2013 15:58:38 -0300
From: walmeszeviani em gmail.com
To: r-br em listas.c3sl.ufpr.br
Subject: Re: [R-br] Step GLM - remover valores ausentes?

Forneça CMR. Sem saber como você especificou os argumentos nas funções e os dados envolvidos qualquer sugestão é uma tentativa de adivinhação.

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