[R-br] plot CCA

Quarta Fevereiro 6 10:39:13 BRST 2013

Ok FH, obrigada.

bom dia

Renata

2013/2/6 FHRB Toledo <fernandohtoledo em gmail.com>

> Renata,
>
> CMR é a abrevição de Código Mínimo Reproduzível, veja no rodapé das
> mensagem da lista um link com um guia de postagens!
>
> Lá você verá como reportar uma dúvida para a lista em que as pessoas
> possam de ajudar de modo mais apropriado!
>
> Continuando no seu problema, se você inspecionar essa lista verá que esses
> nomes row1, row2 e etc aparecem em algumas posições!
>
> Não entendo muito da lógica desse seu plot, mas ele com certeza coleta
> informações dessa lista e usa para os gráficos...
>
> att,
> FH
>
> 2013/2/6 Renata Carvalho <renataecology em gmail.com>
>
>> Ei FH, desculpe mas sou nova na R-br, oq é CMR? Não entendi muito bem sua
>> sugestão, são 180 linhas na matriz. Na verdade o que me interessa são os
>> sites que se chamam CODE na minha tabela. São 4 CODES e gostaria de que
>> fossem plotados como símbolos. O resultado do str(vare.cca) segue abaixo.
>> Renata
>>
>>
>>
>> > str(vare.cca)
>> List of 12
>>  $ call       : language cca(formula = Y ~ Scale + CODE + AWMSI + NumP +
>> dIICM1 + CA, data = dados)
>>  $ grand.total: int 14250
>>  $ rowsum     : Named num [1:180] 0.01284 0.01221 0.00428 0.00182 0.00295
>> ...
>>   ..- attr(*, "names")= chr [1:180] "row1" "row2" "row3" "row4" ...
>>  $ colsum     : Named num [1:4] 0.0109 0.0147 0.0923 0.8821
>>   ..- attr(*, "names")= chr [1:4] "ricFlor" "abFlor" "ricGen" "abGen"
>>  $ tot.chi    : num 0.0335
>>  $ pCCA       : NULL
>>  $ CCA        :List of 15
>>   ..$ eig      : Named num [1:3] 0.014421 0.001308 0.000155
>>   .. ..- attr(*, "names")= chr [1:3] "CCA1" "CCA2" "CCA3"
>>   ..$ u        : num [1:180, 1:3] -0.841 -0.735 0.384 0.311 0.395 ...
>>   .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2
>>   .. .. ..$ : chr [1:180] "row1" "row2" "row3" "row4" ...
>>   .. .. ..$ : chr [1:3] "CCA1" "CCA2" "CCA3"
>>   ..$ v        : num [1:4, 1:3] -3.6741 -5.2473 2.1821 -0.0953 -3.3397 ...
>>   .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2
>>   .. .. ..$ : chr [1:4] "ricFlor" "abFlor" "ricGen" "abGen"
>>   .. .. ..$ : chr [1:3] "CCA1" "CCA2" "CCA3"
>>   ..$ u.eig    : num [1:180, 1:3] -0.1009 -0.0883 0.0461 0.0374 0.0474 ...
>>   .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2
>>   .. .. ..$ : chr [1:180] "row1" "row2" "row3" "row4" ...
>>   .. .. ..$ : chr [1:3] "CCA1" "CCA2" "CCA3"
>>   ..$ v.eig    : num [1:4, 1:3] -0.4412 -0.6301 0.262 -0.0114 -0.1208 ...
>>   .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2
>>   .. .. ..$ : chr [1:4] "ricFlor" "abFlor" "ricGen" "abGen"
>>   .. .. ..$ : chr [1:3] "CCA1" "CCA2" "CCA3"
>>   ..$ wa.eig   : num [1:180, 1:3] -0.00198 -0.02677 -0.05176 0.25506
>> 0.02216 ...
>>   .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2
>>   .. .. ..$ : chr [1:180] "row1" "row2" "row3" "row4" ...
>>   .. .. ..$ : chr [1:3] "CCA1" "CCA2" "CCA3"
>>   ..$ wa       : num [1:180, 1:3] -0.0165 -0.2229 -0.4311 2.124 0.1845 ...
>>   .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2
>>   .. .. ..$ : chr [1:180] "row1" "row2" "row3" "row4" ...
>>   .. .. ..$ : chr [1:3] "CCA1" "CCA2" "CCA3"
>>   ..$ biplot   : num [1:8, 1:3] 2.71e-18 2.64e-01 3.99e-01 5.34e-01
>> 5.38e-01 ...
>>   .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2
>>   .. .. ..$ : chr [1:8] "Scale" "CODECO" "CODECP" "CODEFR" ...
>>   .. .. ..$ : chr [1:3] "CCA1" "CCA2" "CCA3"
>>   ..$ rank     : int 3
>>   ..$ qrank    : int 8
>>   ..$ tot.chi  : num 0.0159
>>   ..$ QR       :List of 4
>>   .. ..$ qr   : num [1:180, 1:8] 282.8427 0.1563 0.0925 0.0604 0.0768 ...
>>   .. .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2
>>   .. .. .. ..$ : chr [1:180] "1" "2" "3" "4" ...
>>   .. .. .. ..$ : chr [1:8] "Scale" "CODECO" "CODECP" "CODEFR" ...
>>   .. ..$ rank : int 8
>>   .. ..$ qraux: num [1:8] 1.16 1.05 1 1 1.03 ...
>>   .. ..$ pivot: int [1:8] 1 2 3 4 5 6 7 8
>>   .. ..- attr(*, "class")= chr "qr"
>>   ..$ envcentre: Named num [1:8] 600 0.199 0.067 0.235 2.57 ...
>>   .. ..- attr(*, "names")= chr [1:8] "Scale" "CODECO" "CODECP" "CODEFR"
>> ...
>>   ..$ Xbar     : num [1:180, 1:4] 0.00599 0.00674 0.00346 -0.00445
>> 0.00673 ...
>>   .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2
>>   .. .. ..$ : chr [1:180] "row1" "row2" "row3" "row4" ...
>>   .. .. ..$ : chr [1:4] "ricFlor" "abFlor" "ricGen" "abGen"
>>   ..$ centroids: num [1:4, 1:3] -0.919 0.609 1.589 0.983 0.34 ...
>>   .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2
>>   .. .. ..$ : chr [1:4] "CODECB" "CODECO" "CODECP" "CODEFR"
>>   .. .. ..$ : chr [1:3] "CCA1" "CCA2" "CCA3"
>>  $ CA         :List of 8
>>   ..$ eig    : Named num [1:3] 0.011644 0.005342 0.000656
>>   .. ..- attr(*, "names")= chr [1:3] "CA1" "CA2" "CA3"
>>   ..$ u      : num [1:180, 1:3] 0.997 0.862 -0.981 1.943 0.23 ...
>>   .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2
>>   .. .. ..$ : chr [1:180] "row1" "row2" "row3" "row4" ...
>>   .. .. ..$ : chr [1:3] "CA1" "CA2" "CA3"
>>   ..$ v      : num [1:4, 1:3] -3.122 -3.472 2.725 -0.189 6.056 ...
>>   .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2
>>   .. .. ..$ : chr [1:4] "ricFlor" "abFlor" "ricGen" "abGen"
>>   .. .. ..$ : chr [1:3] "CA1" "CA2" "CA3"
>>   ..$ u.eig  : num [1:180, 1:3] 0.1075 0.093 -0.1058 0.2096 0.0248 ...
>>   .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2
>>   .. .. ..$ : chr [1:180] "row1" "row2" "row3" "row4" ...
>>   .. .. ..$ : chr [1:3] "CA1" "CA2" "CA3"
>>   ..$ v.eig  : num [1:4, 1:3] -0.3369 -0.3747 0.294 -0.0203 0.4426 ...
>>   .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2
>>   .. .. ..$ : chr [1:4] "ricFlor" "abFlor" "ricGen" "abGen"
>>   .. .. ..$ : chr [1:3] "CA1" "CA2" "CA3"
>>   ..$ rank   : int 3
>>   ..$ tot.chi: num 0.0176
>>   ..$ Xbar   : num [1:180, 1:4] 0.00201 0.00393 0.00269 -0.00524 0.00615
>> ...
>>   .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2
>>   .. .. ..$ : chr [1:180] "row1" "row2" "row3" "row4" ...
>>   .. .. ..$ : chr [1:4] "ricFlor" "abFlor" "ricGen" "abGen"
>>  $ method     : chr "cca"
>>  $ inertia    : chr "mean squared contingency coefficient"
>>  $ terms      :Classes 'terms', 'formula' length 3 Y ~ Scale + CODE +
>> AWMSI + NumP + dIICM1 + CA
>>   .. ..- attr(*, "variables")= language list(Y, Scale, CODE, AWMSI, NumP,
>> dIICM1, CA)
>>   .. ..- attr(*, "factors")= int [1:7, 1:6] 0 1 0 0 0 0 0 0 0 1 ...
>>   .. .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2
>>   .. .. .. ..$ : chr [1:7] "Y" "Scale" "CODE" "AWMSI" ...
>>   .. .. .. ..$ : chr [1:6] "Scale" "CODE" "AWMSI" "NumP" ...
>>   .. ..- attr(*, "term.labels")= chr [1:6] "Scale" "CODE" "AWMSI" "NumP"
>> ...
>>   .. ..- attr(*, "order")= int [1:6] 1 1 1 1 1 1
>>   .. ..- attr(*, "intercept")= int 1
>>   .. ..- attr(*, "response")= int 1
>>   .. ..- attr(*, ".Environment")=<environment: R_GlobalEnv>
>>  $ terminfo   :List of 3
>>   ..$ terms  :Classes 'terms', 'formula' length 2 ~Scale + CODE + AWMSI +
>> NumP + dIICM1 + CA
>>   .. .. ..- attr(*, "variables")= language list(Scale, CODE, AWMSI, NumP,
>> dIICM1, CA)
>>   .. .. ..- attr(*, "factors")= int [1:6, 1:6] 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 ...
>>   .. .. .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2
>>   .. .. .. .. ..$ : chr [1:6] "Scale" "CODE" "AWMSI" "NumP" ...
>>   .. .. .. .. ..$ : chr [1:6] "Scale" "CODE" "AWMSI" "NumP" ...
>>   .. .. ..- attr(*, "term.labels")= chr [1:6] "Scale" "CODE" "AWMSI"
>> "NumP" ...
>>   .. .. ..- attr(*, "order")= int [1:6] 1 1 1 1 1 1
>>   .. .. ..- attr(*, "intercept")= int 1
>>   .. .. ..- attr(*, "response")= num 0
>>   .. .. ..- attr(*, ".Environment")=<environment: R_GlobalEnv>
>>   ..$ xlev   :List of 1
>>   .. ..$ CODE: chr [1:4] "CB" "CO" "CP" "FR"
>>   ..$ ordered: Named logi [1:6] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE
>>   .. ..- attr(*, "names")= chr [1:6] "Scale" "CODE" "AWMSI" "NumP" ...
>>  - attr(*, "class")= chr "cca"
>>
>> 2013/2/6 FHRB Toledo <fernandohtoledo em gmail.com>
>>
>>> Veja o resultado de
>>>
>>> > str(vare.cca)
>>>
>>> Provavelmente é uma lista... aí você observa nessa lista, se tem alguma
>>> posicao que se chama sites, dentro dessa posição deve haver uma matriz,
>>> cujos nomes das linhas devem ser esses aí (row1, row2, row3, ...)
>>>
>>> Aí é só você mudar o nome das linhas dessa matriz e boa!
>>>
>>> Reportenos seus resultados!
>>>
>>> Lembrando que esse é apenas um chute, bem alto por sinal, afinal você
>>> não nos forneceu um CMR!
>>>
>>> att,
>>> FH
>>>
>>> 2013/2/6 Renata Carvalho <renataecology em gmail.com>
>>>
>>>>  Bom dia, estou tentando fazer um plot de CCA mas não consigo colocar
>>>> símbolos como referência aos sites. O R renomeou cada site para row1, row2,
>>>> row3, Fui orientada a transformar cada site em número para depois atribuir
>>>> os símbolos mas não estou conseguindo. Até agora tenho utilizado estes
>>>> scripts:
>>>>
>>>> as.numeric (dados$CODE)
>>>>
>>>> plot(vare.cca, type="n")
>>>>
>>>> text(vare.cca, dis="cn")
>>>>
>>>> text(vare.cca, display = "sites", col="blue", cex=0.5)  # aqui os sites
>>>> aparecem no plot mas com o nome de row1, row2...
>>>>
>>>> Alguém sabe como posso fazer isso?
>>>>
>>>> obrigada
>>>>
>>>> Renata
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>>>> código mínimo reproduzível.
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>>> código mínimo reproduzível.
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