[R-br] get coordinates of patches (clumps) in a raster map

[Ludmila Rattis]

RESOLVIDO.

Rodei no R 2.14 e deu certo. Antes eu estava usando o 3.0. Só não sei o
porquê.

Obrigada pela ajuda!


2013/8/21 Ludmila Rattis <ludmilarattis em gmail.com>

> Oi Thiago,
>
> A função não dá erro. Mas não consigo o que preciso. Tentei um código bem
> parecido com esse segundo que você postou:
>
> r<-raster("lemure_r")
> rc <- clump(r,directions=8,gaps=FALSE)
> clump_id <- getValues(rc)
> xy <- xyFromCell(rc,1:ncell(rc))
> df <- data.frame(xy, clump_id, is_clump = rc[] %in% freq(rc, useNA =
> 'no')[,1])
> df$is_clump
> lemure<-df[df$is_clump == T, ]
> lemure$is_clump
>
> e realmente dá certo com o raster aleatório, porque ele identifica cada
> célula como sendo pertencente a um clump. No meu caso ele reconhece os 309
> clumps que eu esperava, até aí ok. O problema ocorre na linha
>
> clump_id <- getValues(rc)
>
> porque ele não atribui números diferentes para as células que estão em
> clumps diferentes, e eu preciso disso para obter o centroide. Como você
> verá, o comando
>
> lemure<-df[df$is_clump == T, ]
>
> retorna as coordenadas de TODAS as células que estão em clumps, mas não me
> diz em qual clump a célula está, por causa do resultado que descrevi acima.
>
> O raster está em anexo.
>
> [ ]'s
>
> Ludmila
>
>
> 2013/8/20 Thiago V. dos Santos <thi_veloso em yahoo.com.br>
>
>> Ludmila,
>>
>> Por que o seu código não funciona? Aqui no meu computador funcionou com
>> um raster aleatório.
>>
>> Você tentou usar a função clump? Ela pode ser mais próxima do que você
>> precisa. Veja abaixo:
>>
>> library(raster)
>> library(igraph)
>>
>> # Create random raster
>> r <- raster(ncols=12, nrows=12)
>> set.seed(0)
>> r[] <- round(runif(ncell(r))*0.7 )
>>
>> # Detect clumps and plot result
>> rc <- clump(r)
>> plot(rc)
>>
>> # Extract coordinates
>> xy <- coordinates(rc)
>> lon <- xFromCol(r,1:ncol(r))
>> lat <- yFromRow(r,1:nrow(r))
>>
>> Se o código acima não funcionar no seu computador, por favor retorne a
>> mensagem de erro E o raster que você está usando para que a lista possa
>> ajudar.
>>
>> Saudações,
>> --
>> Thiago V. dos Santos
>> PhD student
>> Land and Atmospheric Science
>> University of Minnesota
>>
>> http://www.laas.umn.edu/CurrentStudents/MeettheStudents/ThiagodosSantos/index.htm
>> Phone: (612) 323 9898
>>
>>   ------------------------------
>>  *From:* Ludmila Rattis <ludmilarattis em gmail.com>
>> *To:* R-br em listas.c3sl.ufpr.br
>> *Sent:* Tuesday, August 20, 2013 1:54 PM
>> *Subject:* [R-br] get coordinates of patches (clumps) in a raster map
>>
>> Prezados,
>>
>> Preciso extrair as coordenadas dos centroides de diferentes clumps de um
>> raster. Para isso, usei o seguinte código:
>>
>> p <- data.frame(rasterToPoints(meu_raster))
>> a<- p[p$layer > 0,]
>> c<-sapply(split(p[, c("x", "y")], p$layer), colMeans)
>>
>> Contudo, esse código não está funcionando.
>>
>> Alguém saberia me dizer como posso obter tais coordenadas?
>>
>> []'s
>>
>> *Ludmila Rattis*
>> Programa de Pós-graduação em Ecologia/UNICAMP
>> Conservation Biogeography Lab
>> http://www.wix.com/rdloyola/lab <http://sites.ffclrp.usp.br/ficus>
>>
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>> R-br em listas.c3sl.ufpr.br
>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
>> código mínimo reproduzível.
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