[R-br] get coordinates of patches (clumps) in a raster map

[Thiago V. dos Santos]

Ludmila,

Por que o seu código não funciona? Aqui no meu computador funcionou com um raster aleatório.

Você tentou usar a função clump? Ela pode ser mais próxima do que você precisa. Veja abaixo:

library(raster)
library(igraph)

# Create random raster
r <- raster(ncols=12, nrows=12)
set.seed(0)
r[] <- round(runif(ncell(r))*0.7 )

# Detect clumps and plot result
rc <- clump(r)
plot(rc)

# Extract coordinates
xy <- coordinates(rc)
lon <- xFromCol(r,1:ncol(r))
lat <- yFromRow(r,1:nrow(r))

Se o código acima não funcionar no seu computador, por favor retorne a mensagem de erro E o raster que você está usando para que a lista possa ajudar.
 

Saudações,
--
Thiago V. dos Santos
PhD student
Land and Atmospheric Science
University of Minnesota
http://www.laas.umn.edu/CurrentStudents/MeettheStudents/ThiagodosSantos/index.htm
Phone: (612) 323 9898


________________________________
 From: Ludmila Rattis <ludmilarattis em gmail.com>
To: R-br em listas.c3sl.ufpr.br 
Sent: Tuesday, August 20, 2013 1:54 PM
Subject: [R-br] get coordinates of patches (clumps) in a raster map
 


Prezados,

Preciso extrair as coordenadas dos centroides de diferentes clumps de um raster. Para isso, usei o seguinte código: 

p <- data.frame(rasterToPoints(meu_raster))
a<- p[p$layer > 0,]

c<-sapply(split(p[, c("x", "y")], p$layer), colMeans)


Contudo, esse código não está funcionando.

Alguém saberia me dizer como posso obter tais coordenadas?

[]'s

Ludmila Rattis
Programa de Pós-graduação em Ecologia/UNICAMP
Conservation Biogeography Lab
http://www.wix.com/rdloyola/lab 
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