[R-br] Obter valor médio dos pixels de uma imagem gerada por krigagem
Paulo Justiniano
paulojus em leg.ufpr.br
Segunda Abril 8 16:55:40 BRT 2013
como nao?< é um veror numerico de valores!
a melhor solicao é fazer uma funcao que converta a saida de kriging para o
formato sp como SpatialPoitsDataFrame (ou Pixel ou Grid - dependendo da
malha de predicao)
vou ver se tenho aogo aqui, mas isto é simples de qq forma
On Mon, 8 Apr 2013, ASANTOS wrote:
> Thiago,
>
> Vou continuar tentando, mas extract() não funciona, pois o objeto kc$predict pertence a classe numeric.
>
> Abraço,
>
> Alexandre
>
>
> Em 07/04/2013 02:54, Thiago V. dos Santos escreveu:
> Alexandre,
>
> Você já tem o polígono gridPol de onde você quer criar a média da krigagem. Não conheço bem as classes do pacote geoR, mas as
> coordenadas do kc$predict parecem estar no objeto pred.grid. A abordagem que eu usaria seria criar um objeto raster da krigagem e em
> seguida contar os valores usando a função extract (raster) usando como argumentos o raster da krigagem e o gridPol.
>
> Além da ajuda para a função extract no manual do raster, talvez o último exemplo dessa página possa te
> ajudar: http://stackoverflow.com/questions/14682606/extract-value-from-raster-stack-from-spatialpolygondataframe
>
> Mas não estou certo se era isso que você estava buscando. Acho que o Paulo vai te ajudar melhor.
>
> Saudações,
> --
> Thiago V. dos Santos
> PhD student
> Land and Atmospheric Science
> University of Minnesota
> http://www.laas.umn.edu/CurrentStudents/MeettheStudents/ThiagodosSantos/index.htm
> Phone: (612) 323 9898
>
> ____________________________________________________________________________________________________________________________________________
> From: ASANTOS <alexandresantosbr em yahoo.com.br>
> To: r-br em listas.c3sl.ufpr.br; Thiago V. dos Santos <thi_veloso em yahoo.com.br>
> Sent: Saturday, April 6, 2013 10:26 PM
> Subject: Re: [R-br] Obter valor médio dos pixels de uma imagem gerada por krigagem
>
> Thiago,
>
> Já pensei isto, mas para SpatialPoints(vp), preciso fazer um list() das coordenadas dos pixels (vp$x e vp$y) e isto não tenho e
> nem sei como recuperar o valor de um pixel à partir de uma coordenada conhecida.
>
> Abraço,
>
> Alexandre
>
>
> Em 06/04/2013 21:32, Thiago V. dos Santos escreveu:
> Nao conheco bem todas as funcoes do sp, mas para pela mensagem de erro eu transformaria a tabela vp em SpatialPoints, que
> eh o argumento esperado pela funcao over.
>
> Saudações,
> --
> Thiago V. dos Santos
> PhD student
> Land and Atmospheric Science
> University of Minnesota
> http://www.laas.umn.edu/CurrentStudents/MeettheStudents/ThiagodosSantos/index.htm
> Phone: (612) 323 9898
>
> ____________________________________________________________________________________________________________________________________________
> From: ASANTOS <alexandresantosbr em yahoo.com.br>
> To: r-br em listas.c3sl.ufpr.br
> Sent: Saturday, April 6, 2013 8:12 PM
> Subject: Re: [R-br] Obter valor médio dos pixels de uma imagem gerada por krigagem
>
> Boa noite pessoal,
>
> Acho evoluí um pouco na questão, mas agora a dificuldade esta em contar os pixels contidos no interior das malhas, quando
> tento um over(), ocorre o seguinte erro:
>
> Erro em function (classes, fdef, mtable) :
> unable to find an inherited method for function "over", for signature "table", "SpatialPolygons"
>
>
> segue CRM:
> #
> require(geoR)
> plot(s100$coords, xlim=c(0,1.2), ylim=c(0,1.2), xlab="Coord X", ylab="Coord Y")
> loci <- matrix(c(0.2, 0.6, 0.2, 1.1, 0.2, 0.3, 1.0, 1.1), ncol=2)
> text(loci, as.character(1:4), col="red")
> polygon(x=c(0,1,1,0), y=c(0,0,1,1), lty=2)
>
> # Fitting models with nugget fixed to zero
> ml <- likfit(s100, ini = c(1,0.5), fix.nugget = T)
>
> # defining the grid
> pred.grid <- expand.grid(seq(0,1, l=51), seq(0,1, l=51))
> # kriging calculations
> kc <- krige.conv(s100, loc = pred.grid, krige = krige.control(obj.m = ml))
> # displaying predicted values
> image(kc, loc = pred.grid, col=gray(seq(1,0.1,l=30)), xlab="Coord X", ylab="Coord Y")
> #
>
> #Centro das 25 parcela 0.2 x 0.2
> p0<-c(0.1,0.1)
> #
> c0 <- seq(p0[1],p0[1]+0.9,by=0.2)
> d0 <- seq(p0[2],p0[2]+0.9,by=0.2)
> d1 <- expand.grid(x=c0, y=d0)
> points(d1[,1],d1[,2],col="red")
> ver<-c(0.0,0.2,0.4,0.6,0.8,1.0)
> hor<-c(0.0,0.2,0.4,0.6,0.8,1.0)
> abline(v=ver, col="red")
> abline(h=hor, col="red")
> #
> require(sp)
> grid=GridTopology(c(0.1,0.1), c(0.2,0.2), c(5,5))### Cria as área
> grid=SpatialGrid(grid=grid)
> class(grid) ## SpatialPixels
> gridPol <- as(grid, "SpatialPolygons") ## Transfoma as areas em polígonos espaciais
> options(digits=5)
> pixelsize <- (1.0-0.0/30)*(1.0-0.0/30)#Tamanho do pixel é dado por seq Xmaior - Xmenor/l * Ymaior-Ymenor/l
> vp <- table(area <- kc$predict)## Valor dos pixels
> count.pix<-table(over(vp, gridPol)) #contar quantos pontos tem em cada area
>
>
> Obrigado,
>
> Alexandre
>
> Em 06/04/2013 17:11, ASANTOS escreveu:
> > Boa noite membros da lista,
> >
> > Gostaria de receber ideias para calcular o valor médio dos pixel em uma imagem gerada por krigagem em sub-regiões de
> interesse na imagem, por exemplo usando um exemplo do Prof. Paulo, onde ajusta-se um semivariograma e faz a krigagem ordinária
> dos dados:
> >
> > #
> > require(geoR)
> > plot(s100$coords, xlim=c(0,1.2), ylim=c(0,1.2), xlab="Coord X", ylab="Coord Y")
> > loci <- matrix(c(0.2, 0.6, 0.2, 1.1, 0.2, 0.3, 1.0, 1.1), ncol=2)
> > text(loci, as.character(1:4), col="red")
> > polygon(x=c(0,1,1,0), y=c(0,0,1,1), lty=2)
> >
> > # Fitting models with nugget fixed to zero
> > ml <- likfit(s100, ini = c(1,0.5), fix.nugget = T)
> >
> > # defining the grid
> > pred.grid <- expand.grid(seq(0,1, l=51), seq(0,1, l=51))
> > # kriging calculations
> > kc <- krige.conv(s100, loc = pred.grid, krige = krige.control(obj.m = ml))
> > # displaying predicted values
> > image(kc, loc = pred.grid, col=gray(seq(1,0.1,l=30)), xlab="Coord X", ylab="Coord Y")
> > #
> >
> > #Agora vou dividir esta área em 25 partes e lançar os centroides destas subáreas:
> >
> > #Centro das 25 parcela 0.2 x 0.2
> > p0<-c(0.1,0.1)
> > #
> > c0 <- seq(p0[1],p0[1]+0.9,by=0.2)
> > d0 <- seq(p0[2],p0[2]+0.9,by=0.2)
> > d1 <- expand.grid(x=c0, y=d0)
> > points(d1[,1],d1[,2],col="red")
> > ver<-c(0.0,0.2,0.4,0.6,0.8,1.0)
> > hor<-c(0.0,0.2,0.4,0.6,0.8,1.0)
> > abline(v=ver, col="red")
> > abline(h=hor, col="red")
> > #
> >
> > E aqui vem minha pergunta, como calcular o valor médio dos pixels contidos em cada subárea de 0.2 x 0.2?
> >
> > Obrigado,
> >
>
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> Alexandre dos Santos
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