[R-br] Criando uma mascara com shapefile sobre raster [RESOLVIDO]
ASANTOS
alexandresantosbr em yahoo.com.br
Sábado Abril 6 22:29:17 BRT 2013
Redobrados agradecimentos Thiago,
Agora vou poder começar a classificar as imagens com
suas combinações de bandas por NDVI, WDVI etc., ou seja muito trabalho
pela frente ainda.
Abraço,
Alexandre
--
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Alexandre dos Santos
Proteção Florestal
Coordenador do curso Técnico em Florestas
Vice Coordenador do curso de Engenharia Florestal
IFMT - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Mato Grosso
Campus Cáceres
Caixa Postal 244
Avenida dos Ramires, s/n
Bairro: Distrito Industrial
Cáceres - MT CEP: 78.200-000
Fone: (+55) 65 8132-8112 (TIM) (+55) 65 9686-6970 (VIVO)
e-mails:alexandresantosbr em yahoo.com.br
alexandre.santos em cas.ifmt.edu.br
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Em 06/04/2013 21:09, Thiago V. dos Santos escreveu:
> Alexandre,
>
> Acho que consigo ajudar.
>
> a) a imagem final nao tera o histograma adulterado pelo recorte, mas
> ele sera diferente porque contem apenas uma parte dos dados da imagem
> original. Se voce quiser manter a mesma escala durante o plot, tera
> que controlar os valores manualmente (de acordo com o comando para
> plotar que voce esta usando) para que o range seja o mesmo da imagem
> original. Isso deixaria as duas imagens "comparaveis".
>
> b) voce nao precisa fazer nenhuma conversao para salvar a imagem final
> de Tiff. O proprio pacote raster pode salvar (usando drivers do
> rgdal), em algo parecido com isso:
> require(rgdal)
> writeRaster(land_mask, filename="landsat_cropped.tif", format="GTiff",
> overwrite=TRUE)
>
> O comando acima funcionara tanto para uma imagem quanto para brick (ou
> stack).
> Saudações,
> --
> Thiago V. dos Santos
> PhD student
> Land and Atmospheric Science
> University of Minnesota
> http://www.laas.umn.edu/CurrentStudents/MeettheStudents/ThiagodosSantos/index.htm
> Phone: (612) 323 9898
> ------------------------------------------------------------------------
> *From:* ASANTOS <alexandresantosbr em yahoo.com.br>
> *To:* r-br em listas.c3sl.ufpr.br
> *Sent:* Saturday, April 6, 2013 7:26 PM
> *Subject:* Re: [R-br] Criando uma mascara com shapefile sobre raster
>
> Thiago,
>
> Desculpe pensei um pouco e achei a solução para retornar ao
> valor inicial dos pixels, o problema agora esta sendo salvar esta
> imagem regular em tiff, sendo:
> #Check final result
> plot(land_mask)
> image(land_mask, axes = FALSE, col = grey(seq(0, 1, length = 256)))
> #
> require(rgdal)
> img.mask <- as(x, "SpatialPixelsDataFrame") # Converting the
> RasterLayer object to a SpatialPixelsDataFrame object
> writeGDAL(img.mask, "img.mask.tif", drivername="GTiff") # This doesn´t
> works
> #
>
> Sendo que a imagem final não produz um tiff com o mesmo resultado
> que em image(land_mask, axes = FALSE, col = grey(seq(0, 1, length = 256)))
>
> Obrigado,
>
> Alexandre
>
>
> Em 06/04/2013 19:48, ASANTOS escreveu:
>> PERFEITO!!!! Thiago,
>>
>> Era isto mesmo que eu queria fazer. Minha abordagem inicial
>> era trabalhar com polígonos usando o PBSmapping, mas estava difícil
>> fazer a representação do contorno neste formato sobre a imagem. Tenho
>> uma última questão e vou precisar combinar diferentes bandas, por
>> isso a bordagem inicial usando stack(), mas vou utilizar um loop
>> sobre brick() conforme me recomendou, porém o que me preocupa foi o
>> processo de rasterize() que gostaria de saber se vai mudar o valor
>> dos pixels? Pois quero plotar novamente como na imagem inicial em
>> escala de cinza, mas se fazer um plot greyscale o valor dos pixels
>> não vão ficar subjetivo?
>>
>> Obrigado,
>>
>> Alexandre
>>
>>
>> Em 06/04/2013 18:52, Thiago V. dos Santos escreveu:
>>> Alexandre,
>>>
>>> Acredito que o codigo no final dessa mensagem funcione.
>>>
>>> O maior problema foi converter o seu shapefile de polylines para
>>> polygons (voce tinha mencionado na primeira pergunta). So consegui
>>> fazer isso usando uma combinacao de funcoes dos pacores maptools e
>>> PBSmapping - voce deve instalar esse pacote.
>>>
>>> Primeiro eu converti as polylines para polysets (classe do pacote
>>> PBSmapping) e em seguida polysets para poligonos. O fluxo
>>> subsequente foi o mesmo que eu tinha te passado anteriormente.
>>>
>>> Alem disso, carreguei a banda que voce mandou como brick (ao inves
>>> de stack) para para fins de simplicidade. Se voce fizer questao do
>>> stack para aplicar a todas as bandas da imagem, entao tera que fazer
>>> um loop entre elas - for (i in 1:nbands(land)){}.
>>>
>>> ---------------------------------------------------
>>> # Require packages
>>> require(raster)
>>> require(maptools)
>>> require(PBSmapping)
>>>
>>> #Load data
>>> land <- raster("LANDSAT_5_TM_20100506_217_074_L2_BAND7.tif")
>>> contorno_line <- readShapeLines ("Catas_Altas.shp",
>>> proj4string=CRS("+proj=utm +zone=23 +south +datum=WGS84 +units=m
>>> +no_defs"))
>>>
>>> # Convert SpatialLines to PolySet and then to SpatialPolygons - this
>>> will require package PBSmapping
>>> contorno_poly <- PolySet2SpatialPolygons
>>> (SpatialLines2PolySet(contorno_line), close_polys=TRUE)
>>>
>>> # Then, perform crop and mask procedures as usual
>>> land.crop <- crop(land, extent(contorno_poly), snap='out')
>>> contorno.na <- setValues(land.crop, NA)
>>> contorno.r <- rasterize(contorno_poly, contorno.na)
>>> land_mask <- mask(x=land.crop, mask=contorno_poly)
>>>
>>> #Check final result
>>> plot(land_mask)
>>> ---------------------------------------------------
>>>
>>> Saudações,
>>> --
>>> Thiago V. dos Santos
>>> PhD student
>>> Land and Atmospheric Science
>>> University of Minnesota
>>> http://www.laas.umn.edu/CurrentStudents/MeettheStudents/ThiagodosSantos/index.htm
>>> Phone: (612) 323 9898
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>>> Thiago V. dos Santos <thi_veloso em yahoo.com.br>
>>> <mailto:thi_veloso em yahoo.com.br>
>>> *Sent:* Saturday, April 6, 2013 1:17 PM
>>> *Subject:* Re: [R-br] Criando uma mascara com shapefile sobre raster
>>>
>>> Thiago
>>>
>>> Segue dbf e shx, prj não foi projetado ainda não,
>>>
>>> https://www.dropbox.com/s/p0idcxmh7td8hgi/Catas_Altas.dbf ## Dbf
>>>
>>> https://www.dropbox.com/s/mssh8lq6cy61ncd/Catas_Altas.shx ## Shx,
>>>
>>>
>>> Muito obrigado,
>>>
>>>
>>> Alexandre
>>>
>>>
>>> Em 06/04/2013 14:05, Thiago V. dos Santos escreveu:
>>>> Alexandre,
>>>>
>>>> O .shp é só uma parte do dado, a geometria. Para reproduzir o seu
>>>> problema, vou precisar também do .dbf e do .shx, além do .prj se
>>>> ele já estiver projetado.
>>>>
>>>> Saudações,
>>>> --
>>>> Thiago V. dos Santos
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>>>> *Sent:* Saturday, April 6, 2013 11:32 AM
>>>> *Subject:* Re: [R-br] Criando uma mascara com shapefile sobre raster
>>>>
>>>> Obrigado pela atenção Thiago,
>>>>
>>>> Tentei fazer um CRM, mas com raster estava difícil, coloquei no
>>>> dropbox mesmo, segue a ultima tentativa que fiz com suas dicas:
>>>>
>>>> #
>>>> require(raster)
>>>>
>>>> #Dados
>>>> https://www.dropbox.com/s/lzj71k9vt6dbou1/LANDSAT_5_TM_20100506_217_074_L2_BAND7.tif#Raster
>>>> in tiff
>>>> https://www.dropbox.com/s/bfcwpbw36gdlwjq/Catas_Altas.shp#contorno
>>>> em shapefile
>>>> #
>>>> land.img<- stack(c("LANDSAT_5_TM_20100506_217_074_L2_BAND7.tif"))
>>>> ## Imagem Landsat 5
>>>> plotRGB(land.img,1) #Plota a banda 7 da imagem
>>>>
>>>> #Poligono de interesse em shapefile comm coordenadas em UTM
>>>> contorno<- readShapeLines("Catas_Altas.shp",
>>>> proj4string=CRS("+proj=utm +zone=23 +south +datum=WGS84 +units=m
>>>> +no_defs"))
>>>> #
>>>> #Quero selecionar os pixels da imagem que estão contidos no
>>>> interior do polígono contorno
>>>> A.crop <- crop(land.img, extent(contorno), snap='out')
>>>> contorno.na<-setValues(A.crop, NA)
>>>> contorno.r<-rasterize(contorno, contorno.na)
>>>> C <- mask(x=A.crop, mask=contorno.r)
>>>> #
>>>>
>>>>
>>>> Em 05/04/2013 09:18, Thiago V. dos Santos escreveu:
>>>>> Mas você recebe algum erro ou o resultado é diferente do esperado?
>>>>>
>>>>> O melhor mesmo seria fornecer seus dados para tentarmos reproduzir
>>>>> o problema. Não dá pra colocar no dropbox? 50Mb não é nada tão
>>>>> grande assim...
>>>>> Saudações,
>>>>> --
>>>>> Thiago V. dos Santos
>>>>> PhD student
>>>>> Land and Atmospheric Science
>>>>> University of Minnesota
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>>>>> *Sent:* Thursday, April 4, 2013 9:23 PM
>>>>> *Subject:* Re: [R-br] Criando uma mascara com shapefile sobre raster
>>>>>
>>>>> Thiago,
>>>>>
>>>>> Explicando melhor teoricamente, pois um CRM implicaria em uma
>>>>> imagem de 50MB, tenho:
>>>>>
>>>>> 1) Uma imagem do landsat 5 com um quadrante de interesse;
>>>>> 2)Um contorno em shapefile de uma área de 200 hectares.
>>>>>
>>>>> Quero utilizar apenas os pixels da imagem contidos no interior da
>>>>> área de 200 hectares, para tanto extend() não resolve pois utiliza
>>>>> apenas utiliza coordenadas max e min e não considera a forma
>>>>> (contorno)
>>>>> do meu polígono para seleção dos pixels contidos nele.
>>>>>
>>>>> Não consegui realizar o que desejo com a rotina sugerida.
>>>>> Mascara,
>>>>> usei como um termo que implica em área útil da imagem, não quero o
>>>>> quadrante todo oferecido pela imagem, mas aquilo que esta contido
>>>>> no meu
>>>>> shapefile.
>>>>>
>>>>> Obrigado pela atenção,
>>>>>
>>>>> Alexandre
>>>>>
>>>>>
>>>>>
>>>>> Em 04/04/2013 21:03, Thiago V. dos Santos escreveu:
>>>>> > Alexandre,
>>>>> >
>>>>> > O que a área do raster tem a ver com o tipo de função usada para
>>>>> carregar o shapefile?
>>>>> >
>>>>> > Você não consegui recortar o raster com o shapefile usando os
>>>>> comandos que eu eu sugeri? O que exatamente você quis dizer com
>>>>> criar uma máscara na pergunta inicial?
>>>>> >
>>>>> > Saudações,
>>>>> > --
>>>>> > Thiago V. dos Santos
>>>>> > PhD student
>>>>> > Land and Atmospheric Science
>>>>> > University of Minnesota
>>>>> >
>>>>> http://www.laas.umn.edu/CurrentStudents/MeettheStudents/ThiagodosSantos/index.htm
>>>>> > Phone: (612) 323 9898
>>>>> >
>>>>> >
>>>>> > ----- Original Message -----
>>>>> > From: ASANTOS <alexandresantosbr em yahoo.com.br
>>>>> <mailto:alexandresantosbr em yahoo.com.br>>
>>>>> > To: r-br em listas.c3sl.ufpr.br <mailto:r-br em listas.c3sl.ufpr.br>
>>>>> > Cc:
>>>>> > Sent: Thursday, April 4, 2013 5:14 PM
>>>>> > Subject: Re: [R-br] Criando uma mascara com shapefile sobre raster
>>>>> >
>>>>> > Thiago,
>>>>> >
>>>>> > Não deu certo não, transformei em
>>>>> >
>>>>> SpatialPolygons(list(Polygons(list(Polygon(contorno2)),"contorno2"))),
>>>>> > prefiro continuar tentando com readShapeLines("Catas_Altas.shp",
>>>>> > proj4string=CRS("+proj=utm +zone=23 +south +datum=WGS84 +units=m
>>>>> > +no_defs")), porque consigo visualizar a área sobre o raster, achei
>>>>> > alguns posts mais usando o GRASS, mas gostaria de fazer tudo só
>>>>> no R.
>>>>> >
>>>>> > Obrigado,
>>>>> >
>>>>> > Alexandre
>>>>> >
>>>>> >
>>>>> > Em 04/04/2013 12:18, Thiago V. dos Santos escreveu:
>>>>> >> Alexandre,
>>>>> >>
>>>>> >> a) Tente ler o seu shapefile com a funcao readShapePoly.
>>>>> >>
>>>>> >> b) Se nao der certo, sugiro uma combinacao das funcoes crop e
>>>>> raster. Nesse caso, experimente rodar o seu codigo com as
>>>>> seguintes mudancas:
>>>>> >>
>>>>> >> require("raster")
>>>>> >> A <- stack("LANDSAT_5_TM_20100506_217_074_L2_BAND7.tif")
>>>>> >> contorno<- readShapePoly("Catas_Altas.shp")
>>>>> >>
>>>>> >> A.crop <- crop(A, extent(contorno), snap='out')
>>>>> >>
>>>>> >> contorno.na<-setValues(A.crop, NA)
>>>>> >> contorno.r<-rasterize(contorno, contorno.na) ### isso pode
>>>>> demorar, dependendo do seu shapefile
>>>>> >> C <- mask(x=A.crop, mask=contorno.r)
>>>>> >>
>>>>> >>
>>>>> >> Saudações,
>>>>> >>
>>>>> >> --
>>>>> >> Thiago V. dos Santos
>>>>> >> PhD student
>>>>> >> Land and Atmospheric Science
>>>>> >> University of Minnesota
>>>>> >>
>>>>> http://www.laas.umn.edu/CurrentStudents/MeettheStudents/ThiagodosSantos/index.htm
>>>>> >> Phone: (612) 323 9898
>>>>> >>
>>>>> >>
>>>>> >> ----- Original Message -----
>>>>> >> From: ASANTOS<alexandresantosbr em yahoo.com.br
>>>>> <mailto:alexandresantosbr em yahoo.com.br>>
>>>>> >> To:r-br em listas.c3sl.ufpr.br <mailto:r-br em listas.c3sl.ufpr.br>
>>>>> >> Cc:
>>>>> >> Sent: Thursday, April 4, 2013 10:31 AM
>>>>> >> Subject: [R-br] Criando uma mascara com shapefile sobre raster
>>>>> >>
>>>>> >> Boa tarde pessoal,
>>>>> >>
>>>>> >> Estou com um problema e não consigo criar uma mascara com um
>>>>> arquivo no formato shapefile sobre raster usando a função crop()
>>>>> do pacote raster, por algum motivo meu objeto contorno que é um
>>>>> SpatialLinesDataFrame não esta servido para oferecer o polígono
>>>>> limítrofe da área, alguém poderia me dar um help, segue CRM:
>>>>> >>
>>>>> >> require("raster")
>>>>> >> A <- stack(c("LANDSAT_5_TM_20100506_217_074_L2_BAND7.tif"))##
>>>>> Imagem
>>>>> >> plotRGB(A) ## Plota a imagem
>>>>> >> contorno<- readShapeLines("Catas_Altas.shp") ## Contorno da área
>>>>> >> lines(contorno, col="red")Plota o contorno
>>>>> >> C <- crop(A,contorno) ## Recorta o que esta contido no contorno
>>>>> na imagem
>>>>> >> Erro em .local(x, y, ...) :
>>>>> >> nenhum slot de nome "legend" para esse objeto de classe
>>>>> "RasterStack"
>>>>> >>
>>>>> >>
>>>>> >> --
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>>>>> >> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
>>>>> >> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e
>>>>> forneça código mínimo reproduzível.
>>>>> >>
>>>>> >>
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