[R-br] Dúvida sobre IC simultâneos para modelagem de variáveis binarias no R (multcomp)

[Gilenio Borges Fernandes]

Prezados(as)

Precisamos de ajuda no seguinte problema:

 Estamos ajustando um modelo de transição em dados binários longitudinais,
usando a resposta imediatamente anterior como covariavel. Os dados estão no
arquivo "d_dogs.txt" em anexo. O interesse é construir IC simultâneos para
as probabilidades condicionais.



d1=read.table("d_dogs.txt", header=T, quote="\"")

attach(d1)

gmod1 <- glm(y ~ Trat+y_ant, data = d1, family = binomial())

summary(gmod1)

###########################################################

library(multcomp)

gmod1_ci <- confint(glht(gmod1, linfct = mcp(Trat =
"Tukey",covariate_average = TRUE)))

gmod1_ci$confint <- apply(gmod1_ci$confint, 2, binomial()$linkinv)

gmod1_ci$confint

apply(gmod1_ci$confint, 2, binomial()$linkinv)

plot(gmod1_ci, xlab = "Media da Prob marginal",

     xlim = c(0, 1))



A dúvida é a seguinte:



> apply(gmod1_ci$confint, 2, binomial()$linkinv)

       Estimate       lwr       upr

B - A 0.5615396 0.5062051 0.6919771

C - A 0.7310586 0.5000000 0.7310586

D - A 0.5439900 0.5035155 0.6819754

C - B 0.7310586 0.5000000 0.7310586

D - B 0.5973698 0.5089817 0.7148991

D - C 0.5000000 0.5000000 0.7310586



Estes intervalos estão incoerentes com os resultados do gráfico:



plot(gmod1_ci, xlab = "Media da Prob marginal", xlim = c(0, 1))



Qual é o problema???????

Desde já agradeço



-- 
Gilenio Borges Fernandes
Universidade Federal da Bahia
Instituto de Matemática
Departamento de Estatística
Av. Adhemar de Barros, s/n – Ondina.
40.170-110 - Salvador - BA, Brasil
Tel.: (071)3283-6280/6336  Fax:  (071)3283-6276
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Drug	Depleted	Trat	time	resp	y	y_ant
morf	N	A	2	0.20	1	0
morf	N	A	2	0.06	0	0
morf	N	A	2	1.40	1	0
morf	N	A	2	0.57	1	1
morf	S	B	2	0.09	0	0
morf	S	B	2	0.11	1	1
morf	S	B	2	0.07	0	0
morf	S	B	2	0.07	0	0
trim	N	C	2	0.62	1	0
trim	N	C	2	1.05	1	0
trim	N	C	2	0.83	1	0
trim	N	C	2	3.13	1	0
trim	S	D	2	0.09	0	0
trim	S	D	2	0.09	0	0
trim	S	D	2	0.10	0	1
trim	S	D	2	0.05	0	0
morf	N	A	3	0.10	0	1
morf	N	A	3	0.02	0	0
morf	N	A	3	0.48	1	1
morf	N	A	3	0.35	1	1
morf	S	B	3	0.13	1	0
morf	S	B	3	0.10	0	1
morf	S	B	3	0.06	0	0
morf	S	B	3	0.06	0	0
trim	N	C	3	0.31	1	1
trim	N	C	3	0.73	1	1
trim	N	C	3	1.07	1	1
trim	N	C	3	2.06	1	1
trim	S	D	3	0.09	0	0
trim	S	D	3	0.09	0	0
trim	S	D	3	0.12	1	0
trim	S	D	3	0.05	0	0
morf	N	A	4	0.08	0	0
morf	N	A	4	0.02	0	0
morf	N	A	4	0.24	1	1
morf	N	A	4	0.24	1	1
morf	S	B	4	0.14	1	1
morf	S	B	4	0.07	0	0
morf	S	B	4	0.07	0	0
trim	N	C	4	0.22	1	1
trim	N	C	4	0.60	1	1
trim	N	C	4	0.80	1	1
trim	N	C	4	1.23	1	1
trim	S	D	4	0.08	0	0
trim	S	D	4	0.10	0	0
trim	S	D	4	0.12	1	1
trim	S	D	4	0.05	0	0