[R-br] Fwd: Re: Fwd: Re: Fwd: Re: [Dúvida] Criando pacotes para o R.

Sábado Novembro 17 19:17:48 BRST 2012

Existe uma padronizacao... pode ser

x.y.z
x.y-z

:-P

Nos meus pacotes, eu uso x.y.z

x - versao majoritaria
y - versao minoritaria (par para codigo estavel / impar para codigo em
desenvolvimento)
z - revisao

Eu mantenho 2 arvores de codigo distintas:
- Estavel
- Desenvolvimento

Na estavel, eu apenas faco bug-fixes e nao implemento nada novo.

Na desenvolvimento, aplico os bug-fixes q aplico na estavel e faco a
implementacao de novos metodos/ferramentas.

Cada versao estavel tem uma "vida" de 6 meses (Abril-Outubro-Abril).

Por exemplo, o oligo esta' agora na versao 1.22.0... Se alguem encontrar um
bug, eu conserto e a versao muda para 1.22.1.

Paralelamente, minha versao de desenvolvimento esta' em 1.23.0... Nessa
versao eu implemento as coisas novas e aplico as correcoes aplicadas na
estavel (1.22.x)... Qualquer alteracao na versao de desenvolvimento implica
na atualizacao da revisao de 1.23.0 para 1.23.1 / 1.23.2 / etc...

Em abril, a minha versao de desenvolvimento e' "promovida" a versao
estavel... sai de 1.23.x para 1.24.0. No dia dessa "promocao", uma copia
identica da 1.24.0 e' copiada como 1.25.0.... A 1.24.0 fica entao como a
"nova" versao estavel... e a 1.25.0 como a "nova" de desenvolvimento....

E, naturalmente, eu paro de dar suporte para qualquer versao inferior a
1.24.x....

b

2012/11/17 Pedro Rafael <pedro.rafael.marinho em gmail.com>

> Valeu Benilton. Vejo varios sistemas de numeraçoes de pacotes. Alguns
> começam como versao 1.0, outros com 0.1-0. Nao existe uma padronizacao?
> ---------- Mensagem encaminhada ----------
> De: "beniltoncarvalho [via R-br]" <
> ml-node+s2285057n4657106h63 em n4.nabble.com>
> Data: 17/11/2012 14:58
> Assunto: Re: [R-br] Fwd: Re: Fwd: Re: [Dúvida] Criando pacotes para o R.
> Para: "Pedro Rafael Diniz Marinho" <pedro.rafael.marinho em gmail.com>
>
>
> Qualquer mudanca, mesmo q seja uma virgulazinha numa das paginas do
> manual, significa uma nova versao.... b
>
>
> 2012/11/17 Pedro Rafael <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657106&i=0>
> >
>
>> Obrigado pela opinião Leonard Mendonça.
>>
>> [   ],
>> Pedro Rafael Diniz Marinho.
>>
>>
>> Em 17 de novembro de 2012 14:45, Pedro Rafael <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657106&i=1>
>> > escreveu:
>>
>>> Obrigado pela opinião Leonard Mendonça.
>>>
>>> [   ],
>>> Pedro Rafael Diniz Marinho.
>>>
>>>
>>> Em 17 de novembro de 2012 12:13, Leonard Mendonça de Assis [via R-br] <[hidden
>>> email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657106&i=2>> escreveu:
>>>
>>>  No meu entendimento é uma nova versão
>>>>
>>>> []s
>>>> Leonard de Assishttp://about.me/ldeassis
>>>>
>>>> Em 17/11/2012 11:32, Pedro Rafael escreveu:
>>>>
>>>> Benilton voce poderia me tirar uma dúvida? Já li a documentacao do R
>>>> mas nao ficou claro para mim. Caso eu queira fazer uma nova versao do
>>>> pacote pelo que eu entendi eu devo fazer upload do novo arquivo tar.gz
>>>> informando a nova versao. Contudo, caso eu precise fazer pequenos ajustes,
>>>> por exemplo, ajustes na documentacao. Como fazer isso sem mudar a versao do
>>>> pacote? Isso pode ser feito?
>>>> ---------- Mensagem encaminhada ----------
>>>>
>>>> De: "beniltoncarvalho [via R-br]" <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657102&i=0>
>>>> >
>>>>  Data: 16/11/2012 17:50
>>>> Assunto: Re: [R-br] Fwd: Re: [Dúvida] Criando pacotes para o R.
>>>> Para: "Pedro Rafael Diniz Marinho" <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657102&i=1>
>>>> >
>>>>
>>>>
>>>> Aguarde 24-48h, é o tempo do ciclo dos "builds".
>>>>  On 16 Nov 2012 20:47, "Pedro Rafael" <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657087&i=0>>
>>>> wrote:
>>>>
>>>>>  Pessoal os binarios para windows e Mac sao gerados pelo CRAN? Vi em
>>>>> alguns pacotes que entraram nos espelhos hoje nao tem esses binarios.
>>>>> Existe uma mensagem do lado dizendo que os pacotes sao novos. Os binarios
>>>>> nao sao gerados logo quando o pacofe entra no CRAN?
>>>>>  ---------- Mensagem encaminhada ----------
>>>>> De: "beniltoncarvalho [via R-br]" <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657087&i=1>>
>>>>>
>>>>>
>>>>> Data: 16/11/2012 17:01
>>>>> Assunto: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R.
>>>>>  Para: "Pedro Rafael Diniz Marinho" <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657087&i=2>>
>>>>>
>>>>>
>>>>>
>>>>> Se vc rodar
>>>>>
>>>>>   R CMD check pacote
>>>>>
>>>>>  ou seu equivalente para o windows... o que sao os erros e o conteudo
>>>>> dos logs?
>>>>>
>>>>>  2012/11/16 tiago souza marçal <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=0>
>>>>> >
>>>>>
>>>>>  O meu path esta configurado da seguinte forma:
>>>>>
>>>>>  C:\Perl\site\bin;C:\Perl\bin;C:\Rtools\bin;C:\MiKTeX2.9\miktex\bin;C:\R\R-2.15.2\bin\i386;C:\MinGW\bin;C:\HTMLHelpWorkshop;C:\Program
>>>>> Files\Common Files\Microsoft
>>>>> Shared\WindowsLive;%LINDOAPI_HOME%bin\win32;C:\Windows\system32;C:\Windows;C:\Windows\System32\Wbem;C:\Windows\System32\WindowsPowerShell\v1.0\;C:\Program
>>>>> Files\Windows Live\Shared;C:\Program Files\Internet Explorer
>>>>>
>>>>>  Você vê algum problema?
>>>>>
>>>>>  Att.
>>>>>
>>>>>  Tiago.
>>>>>
>>>>>  ------------------------------
>>>>> Date: Fri, 16 Nov 2012 13:58:58 -0200
>>>>>
>>>>> From: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=1>
>>>>> To: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=2>
>>>>> Subject: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R.
>>>>>
>>>>> na minha vm windows, eu instalei primeiro o miktex, depois instalei o
>>>>> rtools. Deve ser alguma loucura do windows (Path faltando, por exemplo)
>>>>>
>>>>> []s
>>>>> Leonard de Assishttp://about.me/ldeassis
>>>>>
>>>>> Em 16/11/2012 13:11, tiago souza marçal escreveu:
>>>>>
>>>>>  O Rtools eu tenho o problema e quando eu peço para gerar o PDF ( R
>>>>> CMD Rd2pdf ) ele me retorna uma mensagem de erro falando do MikTex 1.9,
>>>>> entretanto, eu estou utilizando o MikTex 2.9.
>>>>>
>>>>>  Att.
>>>>>
>>>>>  Tiago.
>>>>>
>>>>>  ------------------------------
>>>>> Date: Thu, 15 Nov 2012 20:33:21 -0200
>>>>> From: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=3>
>>>>> To: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=4>
>>>>> Subject: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R.
>>>>>
>>>>> RTools, errei o nome
>>>>>
>>>>> voce acha no CRAN
>>>>>
>>>>> []s
>>>>> Leonard de Assishttp://about.me/ldeassis
>>>>>
>>>>> Em 15/11/2012 09:42, tiago souza marçal escreveu:
>>>>>
>>>>>  Leonard onde eu consigo baixar esse rutil?
>>>>>
>>>>>  Att.
>>>>>
>>>>>  Tiago.
>>>>>
>>>>>  ------------------------------
>>>>> Date: Thu, 15 Nov 2012 09:28:46 -0200
>>>>> From: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=5>
>>>>> To: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=6>
>>>>> Subject: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R.
>>>>>
>>>>> No Windows tem que instalar o rutil recomendado para a versão do R que
>>>>> estamos usando.
>>>>>
>>>>> Tenho uma VM windows 64 bits comigo e todos os problemas que encontrei
>>>>> quando fuçei com pacotes foram referentes ao R não localizar todos os
>>>>> 'bichinhos' do Rutil os quais precisava.
>>>>>
>>>>> []s
>>>>> Leonard de Assishttp://about.me/ldeassis
>>>>>
>>>>> Em 15/11/2012 08:06, tiago souza marçal escreveu:
>>>>>
>>>>>  Estou com um problema parecido com o seu, porém, no Windows . No meu
>>>>> caso o check do PDF está ok mas quando eu peço para ele ser gerado (R
>>>>> CMD Rd2pdf) uma mensagem de erro e retornada informando uma versão
>>>>> antiga do MikTex que eu não estou usando.
>>>>>
>>>>>  Mas no seu caso você observou mensagem de erro no processo de
>>>>> instalação do pacote (R CMD INSTALL) ? Caso isso tenha ocorrido este
>>>>> pode ter sido o problema, em função de algum erro na edição do arquivo.Rd.
>>>>> Observe que foi retornado pra você um  WARNING no check dos
>>>>> arquivos.Rd com algumas mensagens de erro.
>>>>>
>>>>>  Espero ter te ajudado.
>>>>>
>>>>>  Att.
>>>>>
>>>>>  Tiago.
>>>>>
>>>>>  ------------------------------
>>>>> Date: Wed, 14 Nov 2012 23:27:37 -0300
>>>>> From: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=7>
>>>>> To: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=8>
>>>>> Subject: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R.
>>>>>
>>>>> Pessoal estou estudando como criar pacotes no R e tive o seguinte erro
>>>>> na hora de dar o check. Consigo gerar o arquivo tar.gz mas o pdf da
>>>>> documentação não é criado. Alguém saberia me informar onde estaria o erro?
>>>>>
>>>>> OBS: Estou em uma máquina Linux.
>>>>>
>>>>> * using log directory
>>>>> ‘/home/pedro/Documentos/Gama_Log_Logistica/FUNCAO_CODIGO/PRDM.Rcheck’
>>>>> * using R version 2.15.1 (2012-06-22)
>>>>> * using platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
>>>>> * using session charset: UTF-8
>>>>> * checking for file ‘PRDM/DESCRIPTION’ ... OK
>>>>> * checking extension type ... Package
>>>>> * this is package ‘PRDM’ version ‘1.0’
>>>>> * checking package namespace information ... OK
>>>>> * checking package dependencies ... OK
>>>>> * checking if this is a source package ... OK
>>>>> * checking if there is a namespace ... OK
>>>>> * checking for executable files ... OK
>>>>> * checking whether package ‘PRDM’ can be installed ... OK
>>>>> * checking installed package size ... OK
>>>>> * checking package directory ... OK
>>>>> * checking for portable file names ... OK
>>>>> * checking for sufficient/correct file permissions ... OK
>>>>> * checking DESCRIPTION meta-information ... OK
>>>>> * checking top-level files ... OK
>>>>> * checking index information ... OK
>>>>> * checking package subdirectories ... OK
>>>>> * checking R files for non-ASCII characters ... OK
>>>>> * checking R files for syntax errors ... OK
>>>>> * checking whether the package can be loaded ... OK
>>>>> * checking whether the package can be loaded with stated dependencies
>>>>> ... OK
>>>>> * checking whether the package can be unloaded cleanly ... OK
>>>>> * checking whether the namespace can be loaded with stated
>>>>> dependencies ... OK
>>>>> * checking whether the namespace can be unloaded cleanly ... OK
>>>>> * checking for unstated dependencies in R code ... OK
>>>>> * checking S3 generic/method consistency ... OK
>>>>> * checking replacement functions ... OK
>>>>> * checking foreign function calls ... OK
>>>>> * checking R code for possible problems ... OK
>>>>> * checking Rd files ... WARNING
>>>>> prepare_Rd: PRDM-package.Rd:30: All text must be in a section
>>>>> prepare_Rd: PRDM-package.Rd:31: All text must be in a section
>>>>> prepare_Rd: prdm.Rd:36-42: Dropping empty section \value
>>>>> * checking Rd metadata ... OK
>>>>> * checking Rd cross-references ... OK
>>>>> * checking for missing documentation entries ... OK
>>>>> * checking for code/documentation mismatches ... OK
>>>>> * checking Rd \usage sections ... OK
>>>>> * checking Rd contents ... OK
>>>>> * checking for unstated dependencies in examples ... OK
>>>>> * checking examples ... OK
>>>>> * checking PDF version of manual ... ERROR
>>>>> Rd conversion errors:
>>>>> Warning: unknown option '-'
>>>>> Warning in file(con, "r") :
>>>>>   cannot open file '/home/pedro/Documentos/MESTRADO': No such file or
>>>>> directory
>>>>> Error in file(con, "r") : cannot open the connection
>>>>>
>>>>>
>>>>> [   ],
>>>>> Pedro Rafael Diniz Marinho.
>>>>>
>>>>>
>>>>> Em 14 de novembro de 2012 20:43, Pedro Rafael <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=9>
>>>>> > escreveu:
>>>>>
>>>>> Grande Paulo Justiniano, como vai? Muito obrigado pelas suas
>>>>> informações. Uso o Linux faz uns 6 anos mas nunca contribui ou publiquei
>>>>> meus códigos. Estava vendo que a linguagem Julia vem com a licença MIT  que
>>>>> eu não acho muito interessante porque quem quiser pode vender o código.
>>>>> Minha dúvida sobre a licença GPL ou GPL2  é se uma pessoa poderá desmanchar
>>>>> algum código que fiz ou mudar completamente o foco do pacote, retirar nome
>>>>> dos autores, etc. Existe um pacote hoje muito usado no R que foi feito por
>>>>> uma pessoa e depois de um tempo parou de ser mantido. Chegou um outro cara
>>>>> de fora  e reimplementou  o pacote e tirou o nome dos autores antigos e
>>>>> depois muita luta o nome dessas pessoas permaneceu  como "autores antigos".
>>>>> Isso ocorre com certa frequência? Existe alguma periodicidade de manutenção
>>>>> do pacote que deve ser respeitada?
>>>>>
>>>>> [   ],
>>>>> Pedro Rafael Diniz Marinho.
>>>>>
>>>>>
>>>>>  Em 14 de novembro de 2012 20:28, Paulo Justiniano [via R-br] <[hidden
>>>>> email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=10>>escreveu:
>>>>>
>>>>>
>>>>>
>>>>> On Wed, 14 Nov 2012, Pedro Rafael wrote:
>>>>>
>>>>> > Pessoal, digamos que faço um pacote para o R. Como funciona o
>>>>> professo de submissão?
>>>>>
>>>>>  1. Leia atentamente o manual "Writing R extensions"  que descreve
>>>>> isto em
>>>>> detalhes.
>>>>>
>>>>> 2 certifique-se que voce testou o seu pacote :
>>>>>
>>>>> R CMD check SEU_PACOTE
>>>>>
>>>>> e corrija todos os eventuais problemas
>>>>>
>>>>> > Digamos que eu submeta um pacote "meu_pacote" e depois queira
>>>>> > fazer modificações no mesmo. Para acrescentar essas modificações eu
>>>>> tenho que submeter novamente o pacote com o mesmo nome para que as
>>>>> atualizações
>>>>> > fiquem disponíveis?
>>>>>
>>>>>  Sim. Para isto voce alter a numero da versao no arquivo DESCRIPTION
>>>>>
>>>>> >
>>>>> > Outra dúvida que tenho é sobre a segurança que tenho que meu pacote
>>>>> não seja modificado. Qualquer pessoa pode pegar esse pacote e alterar ele
>>>>> > completamente sem nenhuma permissão minha ou qualquer modificação
>>>>> tem que ser acompanhada por intermédio da pessoa que submeteu o pacote pela
>>>>> primeira
>>>>> > vez?
>>>>> >
>>>>>
>>>>>  Bem vindo ao Universo do Software livre
>>>>>
>>>>> Note que se voce quiser voce pode baixar os fontes do R e mudar o que
>>>>> quiser
>>>>>
>>>>> Falando mais seriamente no DESCRIPTION voce define a licenca.
>>>>> Leia sobre licxancas GPL e análogas
>>>>>
>>>>> Minha sugestao: internalize completamente o conceito de software livre
>>>>> e
>>>>> livre-se  destas preocupacoes
>>>>>
>>>>> >
>>>>> > São dúvidas bestas mas que nunca entendi direito.
>>>>>
>>>>>  Nao sao somente suas.
>>>>> Não é por acaso que há uma diversidade de tipos de licensas, não sem
>>>>> controvérsias!
>>>>>
>>>>> >
>>>>> > Obrigado à todos.
>>>>> > [   ],
>>>>> > Pedro Rafael Diniz Marinho.
>>>>> >
>>>>> >
>>>>> >
>>>>>  _______________________________________________
>>>>> R-br mailing list
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>>>>> código mínimo reproduzível.
>>>>>
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>>>>> discussion below:
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>>>>> http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-Duvida-Criando-pacotes-para-o-R-tp4657007p4657009.html
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>>>>>
>>>>>
>>>>>
>>>>>
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>>>>> m�nimo reproduz�vel.
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>>>>>
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