[R-br] Dúvida sobre o ANOSIM

Augusto Ribas ribas.aca em gmail.com
Sexta Julho 13 18:11:04 BRT 2012 

Desculpa, mas eu não entendo.
Você abriu os dados no R em um data.frame?

Em 13 de julho de 2012 16:21, Débora Rodrigues de Souza <
debora.rdsouza em gmail.com> escreveu:

> Não, colando os dados em cada linha de comando que pede os dados, com o
> crtl r ..acontece que nunca fiz anosim, no R...tentei seguindo os passos do
> manual, mas não sei onde altero para inserir meus dados.
> Ainda não fiz abrindo em formato csv, ou txt. Você acha assim mais fácil?
>
> Em 13 de julho de 2012 17:10, Augusto Ribas <ribas.aca em gmail.com>escreveu:
>
> Tipo, vc abriu esses dados então, com algo tipo
>>
>> meusdados<-read.table("meusdados.txt")
>>
>> Cola todo o seu script ai que não da pra entender muito bem como vc abriu
>> esses dados.
>> Esses dados vc ja ve no R?
>>
>>
>>
>> Em 13 de julho de 2012 14:11, Débora Rodrigues de Souza <
>> debora.rdsouza em gmail.com> escreveu:
>>
>> Augusto,
>>>
>>> Antes de qualquer coisa, muito obrigada.
>>> Entendi todos os passos, mas ainda não consigo fazer.
>>> Entendi que são duas planilhas de dados (uma com espécies de diferentes
>>> sítios, e uma com variáveis). Mas gostaria de saber, onde eu altero para
>>> inserir os meus dados. Eu trabalho "colando" os dados no script. Outra
>>> coisa, já vi ANOSIM, sendo feito para avaliar a  distribuição do NMDS,
>>> nesse caso, também é utilizado duas planilhas??
>>> Estou trabalhando com quatro áreas...abaixo, mando parte da tabela. A
>>> primeira é das variáveis, e a segunda com os dados de sp.
>>>
>>>
>>> Bom, seguindo o script
>>>
>>>
>>> >library(vegan) #sempre uso o vegan
>>> > data(dune)  #aqui eu colo a matriz que está abaixo, mas não vejo
>>> mandeira de alterar o dune...
>>> > data(dune.env) # aqui necessariamente eu preciso de uma matriz de
>>> variáveis???
>>> > dune.dist <- vegdist(dune) #aqui ele calcular a similaridade, mas
>>> preciso alterar o dune, não é? Como eu devo fazer por exemplo para usar
>>> Jaccard?//
>>>
>>> > attach(dune.env)
>>> > dune.ano <- anosim(dune.dist, Management)
>>> > summary(dune.ano)
>>> > plot(dune.ano)
>>>
>>>
>>>   esp pH umidsolo  1 4 4.6 80  2 7 3.3 70  3 7 3.6 71  4 6 3.3 80
>>>    Linsp1 Tapsp1 Ectatomsp3 Gnamptsp1 Gnamptosp3  1 2 0 1 10 1  2 3 0 5
>>> 2 0  3 2 0 0 4 0  4 5 1 1 7 3
>>>
>>> Desde já obrigada! E me desculpe tantas perguntas.
>>> Aguardo resposta.
>>> Att,
>>> Débora.
>>>
>>> Em 12 de julho de 2012 17:36, Augusto Ribas <ribas.aca em gmail.com>escreveu:
>>>
>>>
>>>
>>>  Veja se os comentarios abaixo te ajudam.
>>>> E vc esqueceu de informar que esta usando um pacote a parte do R
>>>> Essa função pertence a um pacote chamado vegan, se vc não informar que
>>>> esta usando ele, as pessoas não vão conseguir reproduzir o que vc ta
>>>> fazendo.
>>>>
>>>> #abrindo o pacote
>>>> library(vegan)
>>>>
>>>> #note que aqui vc ta abrindo dados de exemplo, 2 conjuntos de dados
>>>> data(dune)
>>>> data(dune.env)
>>>>
>>>>
>>>> #a função head() mostra o começo dos dados, caso seja uma matriz muito
>>>> longa por exemplo
>>>> #vc pode usar pra ter uma ideia
>>>> head(dune)
>>>> head(dune.env)
>>>>
>>>> #no manual explica do que se trata os dados, basicamente dune é uma
>>>> matriz com colunas sendo as especies e linhas sua ocorrencia
>>>> #no caso em 20 lugar, cada linha é um lugar
>>>> #o dune.env é varia variaveis ambientais de cada um desses 20 locais
>>>> ?dune
>>>> ?dune.env
>>>>
>>>> #primeiro ele calcula a similaride
>>>> dune.dist <- vegdist(dune)
>>>> #digita ? o comando que ele explica o que ta fazendo, e como é a sintaxe
>>>> ?vegdist
>>>> #veja que aqui vc so calculou a matriz de similaridade entre lugares
>>>> usando braycurtis
>>>> dune.dist
>>>> #qd vc olhou o help la, vc viu que tem um monte de coisa, que nao os
>>>> dados que ja vem definido, ou seja
>>>> #é o default, e la tinha ,method="bray", então se vc nao fala ele ta
>>>> usando isso
>>>> #ai antes de usar olha o que o comando vai fazer
>>>> ?anosim
>>>> #então vc vai dar a similaridade entre lugares, e uma caracteristica
>>>> ambiental
>>>> #e ele vai ver se essa caracteristica define a comunidade que ta la
>>>> mais ou menos
>>>> #no detalhes ele explica bem o que faz
>>>> #então vc tem a primeira coisa uma matriz de similaridade, e a
>>>> segunda, um caracteristica que define cada lugar
>>>> dune.ano <- anosim(dune.dist, dune.env$Management)
>>>>
>>>> #ai vc olha o resultado
>>>> summary(dune.ano)
>>>> #e olha ele graficamente
>>>> plot(dune.ano)
>>>>
>>>> #qd vc usa o attach(), vc pode chamar as colunas desse dataframe
>>>> diretamente
>>>> #como fez com Management, mas olhe que
>>>> dune.env$Management
>>>>
>>>> #é so como é o uso de cada lugar, um vetor de tamanho 20, se vc ta
>>>> colocando ali uma matriz não vai funcionar
>>>> #vc tem que colocar a comunidade, na forma de uma matriz de
>>>> distancias, e a caracteristica que acha importante.
>>>> #se ainda não conseguir informe o que vc esta colocando no comando.
>>>> Informe todo o script que vc ta usando
>>>> #e explique como são seus dados
>>>>
>>>> Bem espero que ajude.
>>>>
>>>> Não se esqueça de olhar o guia de postagem ^^
>>>> http://www.leg.ufpr.br/doku.php/software:rbr
>>>>
>>>> Em 12 de julho de 2012 14:26, Débora Rodrigues de Souza
>>>> <debora.rdsouza em gmail.com> escreveu:
>>>> > Boa tarde a todos,
>>>> > Acabei de encontrar essa página de discussões, e achei muito
>>>> interessante a
>>>> > ideia, parabéns aos organizadores.
>>>> > Bom, gostaria de auxílio para executar uma análise de similaridade do
>>>> tipo
>>>> > ANOSIM. Sei que o teste é feito a posteriori o NMDS, ou  alguma
>>>> análise de
>>>> > ordenação, mas tenho dúvida quando ao script do mesmo. Já tentei
>>>> seguindo os
>>>> > passos indicados no manul do programa R, mas fiquei em dúvida em qual
>>>> > comando devo alterar, para então inserir os meus dados. Estou mexendo
>>>> nesse
>>>> > programa a pouco tempo, por isso a dificuldade. Ao que me parece, devo
>>>> > entrar com dois tipos de planilhas. Mas mesmo colando meus dados, o
>>>> > resultado que aparece é o da memória do programa. Como alterar isso???
>>>> > Esse é o script que vejo no programa,
>>>> >
>>>> > data(dune)
>>>> > data(dune.env)
>>>> > dune.dist <- vegdist(dune)
>>>> > attach(dune.env)
>>>> > dune.ano <- anosim(dune.dist, Management)
>>>> > summary(dune.ano)
>>>> > plot(dune.ano)
>>>> >
>>>> >
>>>> >
>>>> > Alguém poderia me ajudar???
>>>> > Desde já agradeço a atenção, e aguardo resposta.
>>>> >
>>>> > Att,
>>>> > Débora
>>>> >
>>>> >
>>>> >
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