[R-br] multcomp/doBy comparação multipla com interação

[Walmes Zeviani]

Fernando,

Parabéns, seu código é totalmente reproduzível (com excessão da função
Anova() que tá ali sem carregar o pacote car, mas eu conhecia). CMR é meio
raro na nessa lista. Para resolver seu problema você fazer assim.

abate <-
structure(list(Animal = c(1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 7L, 8L, 9L, 12L,
14L, 15L, 17L, 18L, 19L, 21L, 22L, 23L, 25L, 26L, 28L, 30L, 32L,
34L, 35L, 37L, 38L, 39L, 40L, 41L, 42L, 43L, 44L, 46L, 47L, 48L,
49L, 50L, 53L, NA, NA), Gest = structure(c(4L, 2L, 3L, 2L, 2L,
4L, 3L, 4L, 2L, 2L, 3L, 4L, 1L, 4L, 2L, 1L, 4L, 1L, 2L, 4L, 3L,
3L, 1L, 4L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 1L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 1L,
1L, NA, NA), .Label = c("0", "100", "130", "140"), class = "factor"),
    Manej = structure(c(1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L,
    2L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 2L, 1L, 2L, 1L, 2L, 2L, 1L,
    1L, 1L, 2L, 2L, 1L, 1L, 2L, 1L, 1L, 2L, 2L, 1L, 1L, NA, NA
    ), .Label = c("1", "2"), class = "factor"), rep = c(2L, 3L,
    1L, 2L, 4L, 3L, 1L, 2L, 2L, 5L, 4L, 3L, 1L, 4L, 1L, 2L, 4L,
    4L, 3L, 1L, 3L, 5L, 6L, 1L, 2L, 5L, 1L, 2L, 4L, 3L, 3L, 3L,
    4L, 4L, 5L, 5L, 1L, 2L, NA, NA), PV = c(49000L, 40800L, 51800L,
    41900L, 35000L, 40500L, 35400L, 42300L, 36600L, 36600L, 38400L,
    46400L, 26900L, 50200L, 35500L, 35500L, 48400L, 40500L, 32500L,
    42800L, 36500L, 50000L, 31200L, 33500L, 46500L, 40900L, 36500L,
    31200L, 31500L, 35500L, 38700L, 30000L, 37900L, 42700L, 35500L,
    42000L, 34500L, 36700L, NA, NA)), .Names = c("Animal", "Gest",
"Manej", "rep", "PV"), class = "data.frame", row.names = c(NA,
-40L))

abate$Gest <- factor(abate$Gest)
abate$Manej <- factor(abate$Manej)
abate <- na.omit(abate)

xtabs(~Gest+Manej, abate)

C <- lm(PV~Gest*Manej, abate)
anova(C)
car::Anova(C,type="III")

# interação não significativa à 5%!
D <- lm(PV~Gest+Manej, abate)

X <- doBy::popMatrix(D, effect="Gest")

choose(nlevels(abate$Gest), 2)
cb <- combn(nrow(X), 2)
Xc <- X[cb[1,],]-X[cb[2,],]
Xc
rownames(Xc) <- apply(combn(levels(abate$Gest), 2), 2, paste, collapse="-")

require(multcomp)

summary(glht(D, linfct=Xc))

# em caso de interação significativa fazer
# isso aqui para cada nível que deseja fixar

levels(abate$Manej)
X <- doBy::popMatrix(C, effect="Gest", at=list(Manej="1"))
X

# o resto segue normal...
# para automatizar os desdobramentos você pode usar a lapply() ou
# similares.

A opção de constrate nada mais é que uma restrição paramétrica no vetor de
efeitos que te leva para uma particular solução ou conjunto de estimativas.
Como você falou, o treatment anula (impõe/assume) que o efeito do primeiro
nível de cada fator é zero, o soma zero impõe que a soma deles é zero. Em
todas elas, o que você precisa estimar ao final são p-1 parâmetros/efeitos
pois a restrição cuidou de um. Todos contra todos na saída do summary() não
tem como especificar porque isso requer mais que p-1 hipóteses você só pode
ir com p-1. Mas isso não é problema porque uma vez estimado os efeitos,
qualquer função e quantidade de funções estimáveis a partir deles pode ser
obtida.

À disposição.
Walmes.

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Walmes Marques Zeviani
LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W)
Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná
fone: (+55) 41 3361 3573
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