[R-br] Problema de Memória em função

João José de Simoni Gouveia joao.gouveia em univasf.edu.br
Domingo Abril 8 20:33:30 BRT 2012


Prezados,

Escrevi uma simples e tupiniquim função no R (em anexo com o nome ld.R) para umas análises que preciso rodar.

Nos meus arquivos de teste (que são subset dos arquivos que terei que utilizar) a função está funcionando direitinho.

O problema é que quando tento utilizar a função nos arquivos de trabalho (são 26 arquivos, um para cada cromossomo e cada arquivo com centenas de milhares de linhas) o R simplesmente trava depois de algum tempo.

A impressão que me dá é que "estoura" a memória do meu notebook (um core i3 com 4 de ram, rodando ubuntu)

Gostaria de saber se alguém teria alguma sugestão para que eu pudesse fazer isto funcionar...

Anexado ao email envio a função e três arquivos teste (teste_CHR1.haplo.LD, teste_CHR2.haplo.LD, teste_CHR3.haplo.LD)

A função está comentada.

para rodar a função basta dar o comando:
> ld('teste',3)

Att

JJ

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 João José de Simoni Gouveia                                                    
 Médico Veterinário, Msc.
 Doutorando em Zootecnia - PDIZ (UFC/UFPB/UFRPE)                                                          
 Professor Assistente I - Colegiado Acadêmico de Zootecnia    
 Universidade Federal do Vale do São Francisco (UNIVASF)       
----------------------------------------------------------------------------------------
 Endereço: UNIVASF (Campus Ciências Agrárias)                     
 Rodovia BR 407, Km 12, Lote 543                                            
 Projeto de Irrigação Senador Nilo Coelho, s/nº-C1                  
 Petrolina, PE - CEP 56.300-000                                                
 Telefone: (87)3986-3800/3804-3801
 Skype: joao_jose_de_simoni_gouveia
 E-mail alternativo: jjsgouveia em gmail.com                                       
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-------------- Próxima Parte ----------
Um anexo não-texto foi limpo...
Nome: ld.R
Tipo: application/octet-stream
Tamanho: 2545 bytes
Descrição: não disponível
URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20120408/b9cda8b0/attachment.obj>
-------------- Próxima Parte ----------
Um anexo não-texto foi limpo...
Nome: teste_CHR1.haplo.LD
Tipo: application/octet-stream
Tamanho: 514 bytes
Descrição: não disponível
URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20120408/b9cda8b0/attachment-0001.obj>
-------------- Próxima Parte ----------
Um anexo não-texto foi limpo...
Nome: teste_CHR2.haplo.LD
Tipo: application/octet-stream
Tamanho: 480 bytes
Descrição: não disponível
URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20120408/b9cda8b0/attachment-0002.obj>
-------------- Próxima Parte ----------
Um anexo não-texto foi limpo...
Nome: teste_CHR3.haplo.LD
Tipo: application/octet-stream
Tamanho: 487 bytes
Descrição: não disponível
URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20120408/b9cda8b0/attachment-0003.obj>


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