[R-br] Intervalo de Confiança da Predição
Danilo Scorzoni Ré
danilo.scorzoni em gmail.com
Terça Abril 3 12:02:16 BRT 2012
Perfeito! Deu certo, mto obrigado Walmes!
Danilo
2012/4/3 <r-br-request em listas.c3sl.ufpr.br>
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>
> Message: 1
> Date: Mon, 2 Apr 2012 12:07:08 -0700 (PDT)
> From: Gilbert Queiroz <gilbert_queiroz em yahoo.com.br>
> To: "r-br em listas.c3sl.ufpr.br" <r-br em listas.c3sl.ufpr.br>
> Subject: [R-br] Matriz de proximidade
> Message-ID:
> <1333393628.70157.YahooMailNeo em web160603.mail.bf1.yahoo.com>
> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"
>
> Amigos,
> É possível gerar a matriz de proximidade no R, sem ter que importar de um
> outro software, como o GeoDA ou ArcGis?
> Quais os comandos?
> Abs.
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> >
>
> ------------------------------
>
> Message: 2
> Date: Mon, 02 Apr 2012 16:26:47 -0300
> From: Paulo J Ribeiro Jr <paulojus em leg.ufpr.br>
> To: r-br em listas.c3sl.ufpr.br, Gilbert Queiroz
> <gilbert_queiroz em yahoo.com.br>
> Subject: Re: [R-br] Matriz de proximidade
> Message-ID: <1333394807.16481.2.camel em atikum>
> Content-Type: text/plain; charset="UTF-8"
>
> de uma olhada no pacote spdep e em particular em
>
> poly2nb()
> nb2listw()
>
>
>
> Em Seg, 2012-04-02 às 12:07 -0700, Gilbert Queiroz escreveu:
> > Amigos,
> > É possível gerar a matriz de proximidade no R, sem ter que importar de
> > um outro software, como o GeoDA ou ArcGis?
> > Quais os comandos?
> > Abs.
> >
> > _______________________________________________
> > R-br mailing list
> > R-br em listas.c3sl.ufpr.br
> > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
> > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
> código mínimo reproduzível.
>
> --
> Paulo Justiniano Ribeiro Jr
> LEG (Laboratorio de Estatistica e Geoinformacao)
> Universidade Federal do Parana
> Caixa Postal 19.081
> CEP 81.531-990
> Curitiba, PR - Brasil
> Tel: (+55) 41 3361 3573
> VOIP: (+55) (41) (3361 3600) 1053 1066
> Fax: (+55) 41 3361 3141
> e-mail: paulojus AT ufpr br
> http://www.leg.ufpr.br/~paulojus
>
>
>
>
> ------------------------------
>
> Message: 3
> Date: Mon, 2 Apr 2012 12:25:52 -0700 (PDT)
> From: Gilbert Queiroz <gilbert_queiroz em yahoo.com.br>
> To: "r-br em listas.c3sl.ufpr.br" <r-br em listas.c3sl.ufpr.br>
> Subject: [R-br] Matriz de proximidade
> Message-ID:
> <1333394752.69772.YahooMailNeo em web160604.mail.bf1.yahoo.com>
> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"
>
> Amigos,
> É possível gerar a matriz de proximidade no R, sem ter que importar de um
> outro software, como o GeoDA ou ArcGis?
> Quais os comandos?
> Abs.
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>
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>
> Message: 4
> Date: Mon, 2 Apr 2012 17:37:35 -0300
> From: Danilo Scorzoni Ré <danilo.scorzoni em gmail.com>
> To: r-br em listas.c3sl.ufpr.br
> Subject: [R-br] Intervalo de Confiança da Predição
> Message-ID:
> <CA+bJVrd5TuHhwPPjEYWngLKG7b+VaxFj20MHge4MUrDky0js-w em mail.gmail.com
> >
> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"
>
> Prezados,
>
> Estou ajustando um conjunto de dados ao modelo não-linear de Gompertz (G ~
> a * exp(b * exp(c * Idade))), onde a, b e c são parâmetros.
> Consegui realizar o ajuste pelo comando nls() sem problema algum. O que eu
> gostaria de obter agora são os intervalos de confiança da predição. Sei que
> nos modelos lineares, eu consigo obter através da função predict(),
> passando a informação para o parâmetro interval="prediction", no entanto,
> ao que me parece, essa opção ainda não está implementada para o comando
> nls(), pois quando eu faço o comando
>
> ic = predict(model2, newdata=g, interval="prediction", level=0.95)
>
> Ele me retorna apenas a resposta média, e não os intervalos de confiança da
> predição. Testei a mesma sequência de comandos com o lm() e funcionou
> corretamente.
> Alguém sabe se existe outra maneira de estimar esses intervalos?
>
> Segue o comando mínimo reproduzível:
>
>
> --------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
>
> # Código Mínimo Reproduzível
>
> x = seq(0,15,0.1)
> erros = rnorm(151, 0, 3)
> y = 22 * exp(-3 * exp(-0.3 * x)) + erros
> plot(y ~ x) # Comportamento não-linear
>
> # Predição e Intervalos de Confiança no Modelo Linear
> model.linear = lm(y ~ x + I(x^2))
> summary(model.linear)
> xest = as.data.frame(seq(0,15,1))
> colnames(xest) = "x"
> pred = as.data.frame(predict(model.linear, newdata=xest,
> interval="prediction"))
> lines(pred$fit ~ xest$x, lwd=2)
> lines(pred$lwr ~ xest$x, lty=2, col=2)
> lines(pred$upr ~ xest$x, lty=2, col=2)
>
> # Predição e Intervalos de Confiança no Modelo Não-Linear
> model.nlinear = nls(y ~ a * exp(b * exp(c * x)), start=list(a=25, b=-4,
> c=-0.3))
> summary(model1)
>
> plot(y ~ x)
> xest = as.data.frame(seq(0,15,1))
> colnames(xest) = "x"
> pred = predict(model.nlinear, newdata=xest, interval="prediction")
> str(pred)
> lines(pred ~ xest$x, lwd=2)
>
> --------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
>
> Desde já agradeço o empenho!
>
> Abraços,
>
> --
> Danilo Scorzoni Ré
> Engenheiro Florestal
> Mestre em Ciência Florestal
> (14) 8180-2494
> http://about.me/dscorzoni
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> >
>
> ------------------------------
>
> Message: 5
> Date: Mon, 2 Apr 2012 19:07:26 -0300
> From: Walmes Zeviani <walmeszeviani em gmail.com>
> To: r-br em listas.c3sl.ufpr.br
> Subject: Re: [R-br] Intervalo de Confiança da Predição
> Message-ID:
> <CAFU=EkZ+3nrxZjTuOmXLbkzsKuQJXxyzBXiR9Oc6GB6C=8r2Mw em mail.gmail.com
> >
> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"
>
> Veja se isso pode ser útil
>
>
> http://ridiculas.wordpress.com/2011/05/19/bandas-de-confianca-para-modelo-de-regressao-nao-linear/
>
> À disposição.
> Walmes.
>
> ==========================================================================
> Walmes Marques Zeviani
> LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W)
> Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná
> fone: (+55) 41 3361 3573
> VoIP: (3361 3600) 1053 1173
> e-mail: walmes em ufpr.br
> twitter: @walmeszeviani
> homepage: http://www.leg.ufpr.br/~walmes
> linux user number: 531218
> ==========================================================================
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> URL: <
> http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20120402/20f5e4cd/attachment-0001.html
> >
>
> ------------------------------
>
> Message: 6
> Date: Mon, 2 Apr 2012 22:08:08 -0300
> From: "Mauro Sznelwar" <sznelwar em uol.com.br>
> To: <r-br em listas.c3sl.ufpr.br>
> Subject: Re: [R-br] Problemas com fixed breaks
> Message-ID: <C90D1BEEB10647F8A610AB827EBF250D em ACER4520>
> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"
>
>
> Tentei rodar de novo, mas deu dois problemas:
>
> library(maptools)
> Carregando pacotes exigidos: foreign
> Carregando pacotes exigidos: lattice
> Checking rgeos availability: FALSE
> Note: when rgeos is not available, polygon geometry
> computations in maptools depend on gpclib,
> which has a restricted licence. It is disabled by default;
> to enable gpclib, type gpclibPermit()
>
> e depois
>
>
> mapa = readShapePoly("saudemapa.shp")
> Erro em getinfo.shape(filen) : Error opening SHP file
>
> E ainda faltou disponibilizar o arquivo
> logo_pb.png
>
>
> Em 1 de abril de 2012 21:05, Mauro Sznelwar <sznelwar em uol.com.br>
> escreveuo:
>
> Estava tentando rodar este código, e vi que falta este
> arquivoc:/users/Julianna/Documents/SecSaude/saudemapa.shp
> Daria para enviar?.
>
> Mensagem abaixo em nome da Julianna... (dados disponiveis via
> datafilehost)
>
>
> ====
>
>
> E quando fui conferir os breaks, os intervalos estavam certos,mas o
> mapa resultante estava errado.
> Porque quando eu não importo o csv e uso o dataframe resultante da
> função, os breaks ficam ok(da maneira que eu especifico em FixedBreaks) e,
> do contrario, não???
>
>
> segue o código:
>
>
> #######################################################
> # CONSTRUINDO MAPAS
> #######################################################
> ##Code (Comments are preceded by ##)
> ## Load required packages
>
>
> # Limpando memoria.
> rm(list=ls(all=TRUE))
>
>
> library(maps)
> library(sp)
> library(maptools)
> library(spdep)
> library(classInt)
> library(RColorBrewer)
> library(shape)
> library(SDMTools)
> library(latticeExtra)
> library(ReadImages)
> library(png)
>
>
> rosa_dos_ventos = function(loc=c(-34.5, -8), size = 0.15, bearing=0,
> cols=1, cex=0.6,...)
> {
> cols <- rep(c("white","black"),8)
> radii <- rep(size/c(1,4,2,4),4)
> x <- radii[(0:15)+1]*cos((0:15)*pi/8+bearing)+loc[1]
> y <- radii[(0:15)+1]*sin((0:15)*pi/8+bearing)+loc[2]
> for (i in 1:15)
> {
> x1 <- c(x[i],x[i+1],loc[1])
> y1 <- c(y[i],y[i+1],loc[2])
> polygon(x1,y1,col=cols[i])
> }
> polygon(c(x[16],x[1],loc[1]),c(y[16],y[1],loc[2]),col=cols[16])
> b <- c("O","S","L","N")
> for (i in 0:3)
> text((size+par("cxy")[1]-0.40)*cos(bearing+i*pi/2)+loc[1],
>
> (size+par("cxy")[2]-0.42)*sin(bearing+i*pi/2)+loc[2],b[i+1],cex=cex)
> }
>
>
> ## Lendo dados
> ## http://www.datafilehost.com/download-e5cb7e86.html
> dados = read.table("dadosJulianna.csv", sep = ",", header = TRUE)
>
>
> # Lendo mapa.
> mapa =
> readShapePoly("c:/users/Julianna/Documents/SecSaude/saudemapa.shp")
> proj4string(mapa) <- CRS("+init=epsg:4291")
> scaleXY(mapa, 1836656)
>
>
>
>
> # arquivo png
> #img <- readPNG("c:/users/Julianna/Documents/SecSaude/logo_pb.png") #
> seu arquivo png aqui
> #set.seed(123)
> #par(xpd = TRUE)
>
>
>
>
> colors <- brewer.pal(7, "Reds")
> brks <- classIntervals(dados$ano_2006, n = 7,style="fixed",
> intervalClosure="right",
> fixedBreaks=c(-2, -0.5, 0, 20, 40, 60, 80,
> 10000), main="Fixed")
> brks<- brks$brks
>
>
> ID =
> match(substr(mapa$CODIGO,1,6),dados$t_indicadores_municipio.f_municipio)
> dados = dados[ID,]
>
>
> png(filename="c:/mif2006.png", height=750, width=1500)
>
>
>
>
> plot(mapa, col = colors[findInterval(dados$ano_2006,
> brks,all.inside=TRUE)], axes = TRUE, cex = 1.5, mar=5)
> ##, xlim=c(-39.7, -34.7), ylim=c(-8.5, -6)
>
>
> ##invisible(text(getSpPPolygonsLabptSlots(mapa),
> labels=as.character(mapa$NOMEMUN_1), cex=0.65))
>
>
> title(main = "PORCENTAGEM DE Ã BITOS INVESTIGADOS\ntipo: mulheres em
> idade fértil",
> font.main = 2, cex.main = 1.8)
>
>
> text(-35.7, -6.2, "ANO: 2006", cex = 1.8)
>
>
> legend(-39.6,-7.6, c("Sem informação", "0", "]0,20]", "]20,40]",
> "]40,60]", "]60,80]","Acima de 80"),
> fill = colors, bty="n", x.intersp = 1.1, y.intersp = 1.1, cex
> = 1.6)
>
>
> rosa_dos_ventos(loc=c(-34.5,-8),size=0.17,cex=1.20, bearing=0, cols=1)
>
>
> SpatialPolygonsRescale(layout.scale.bar(), offset = c(-35,-8.30),
> scale = 1, fill = c("transparent", "black"),
> plot.grid= FALSE)
>
>
> text(-34.5, -8.35, "110.3 KM", cex= 1.3)
>
>
> #rasterImage(img, xleft = -39.5, ybottom = -6.25, xright = -38.9 ,
> ytop = -6)
>
>
> dev.off()
>
>
>
>
>
>
> -------------- Próxima Parte ----------
> Um anexo em HTML foi limpo...
> URL: <
> http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20120402/e7f0095e/attachment-0001.html
> >
>
> ------------------------------
>
> Message: 7
> Date: Tue, 3 Apr 2012 11:42:26 -0300
> From: Wagner bonat <wbonat em gmail.com>
> To: r-br em listas.c3sl.ufpr.br
> Subject: Re: [R-br] Tobit espacial
> Message-ID:
> <CANt=4MietnxFQRVKX2FWTXnvNFVRt4NXrjtnBMLkPFMDFKb4=w em mail.gmail.com
> >
> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"
>
> Que tipo de dependência espacial vc quer modelar ? Onde encontrou este
> modelo ? Pode não ter programado, mas com certeza pode ser programado.
>
>
>
> --
> Wagner Hugo Bonat
> LEG - Laboratório de Estatística e Geoinformação
> UFPR - Universidade Federal do Paraná
> -------------- Próxima Parte ----------
> Um anexo em HTML foi limpo...
> URL: <
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> >
>
> ------------------------------
>
> Message: 8
> Date: Tue, 3 Apr 2012 11:43:55 -0300
> From: Wagner bonat <wbonat em gmail.com>
> To: r-br em listas.c3sl.ufpr.br, Gilbert Queiroz
> <gilbert_queiroz em yahoo.com.br>
> Subject: Re: [R-br] Matriz de proximidade
> Message-ID:
> <CANt=4MhG4Gug6tLEJLX-7PKb+_VP0SsQsYDi4B6iP_SjPK0JiA em mail.gmail.com
> >
> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"
>
> Sim, o pacote spdep tem várias funções para montar matrizes de vizinhança
> seguinte diveros critérios e de acordo com o tipo de dados que vc lê.
> --
> Wagner Hugo Bonat
> LEG - Laboratório de Estatística e Geoinformação
> UFPR - Universidade Federal do Paraná
> -------------- Próxima Parte ----------
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> URL: <
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> >
>
> ------------------------------
>
> _______________________________________________
> R-br mailing list
> R-br em listas.c3sl.ufpr.br
> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
>
>
> Fim da Digest R-br, volume 14, assunto 3
> ****************************************
>
--
Danilo Scorzoni Ré
Engenheiro Florestal
Mestre em Ciência Florestal
(14) 8180-2494
http://about.me/dscorzoni
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