[R-br] Erro: pacote não encontrado
Pedro Emmanuel Alvarenga Americano do Brasil
emmanuel.brasil em gmail.com
Terça Setembro 27 10:28:41 BRT 2011
Benilton,
COmo eu imaginava, o que voce diz é que provavelmente sou eu que estou
inserindo o erro. Basta saber aonde.
Segue a saida da função... não há especificação do pacote.
> library('epicalc')>
followup.plot(c$prontuario,c$dias,c$CD,by=c$iris)Erro em
get(search()[2]) : objeto 'package:rms' não encontrado>
followup.plotfunction (id, time, outcome, by = NULL, n.of.lines =
NULL, legend = TRUE,
legend.site = "topright", lty = "auto", line.col = "auto",
stress = NULL, stress.labels = FALSE, label.col = 1, stress.col = NULL,
stress.width = NULL, stress.type = NULL, lwd = 1, xlab, ylab,
...)
{
if (missing(xlab)) {
xlab <- as.character(substitute(time))
if (any(class(get(search()[2])) == "data.frame")) {
if (any(attr(get(search()[2]), "names") ==
as.character(substitute(xlab)))) {
if (!is.null(attr(get(search()[2]),
"var.labels")[attr(get(search()[2]),
"names") == as.character(substitute(xlab))])) {
if (attr(get(search()[2]),
"var.labels")[attr(get(search()[2]),
"names") == as.character(substitute(xlab))] !=
"") {
xlab <- attr(get(search()[2]),
"var.labels")[attr(get(search()[2]),
"names") == as.character(substitute(xlab))]
}
}
}
}
}
if (missing(ylab)) {
ylab <- as.character(substitute(outcome))
if (any(class(get(search()[2])) == "data.frame")) {
if (any(attr(get(search()[2]), "names") ==
as.character(substitute(ylab)))) {
if (!is.null(attr(get(search()[2]),
"var.labels")[attr(get(search()[2]),
"names") == as.character(substitute(ylab))])) {
if (attr(get(search()[2]),
"var.labels")[attr(get(search()[2]),
"names") == as.character(substitute(ylab))] !=
"") {
ylab <- attr(get(search()[2]),
"var.labels")[attr(get(search()[2]),
"names") == as.character(substitute(ylab))]
}
}
}
}
}
plot(time, outcome, xlab = xlab, ylab = ylab, type = "n",
lwd = lwd, ...)
if (any(lty == "auto"))
lty <- rep(1, length(id))
id1 <- id
time1 <- time
by1 <- by
outcome1 <- outcome
if (is.null(n.of.lines)) {
if (!is.null(by)) {
id <- id[order(id1, time1, by1)]
id.factor <- factor(id)
time <- time[order(id1, time1, by1)]
outcome <- outcome[order(id1, time1, by1)]
by <- by[order(id1, time1, by1)]
by.factor <- factor(by)
if (any(line.col == "auto")) {
line.col <- 1:length(levels(by.factor))
}
for (i in 1:length(levels(by.factor))) {
for (j in 1:length(levels(id.factor))) {
lines(time[id.factor == levels(id.factor)[j] &
by.factor == levels(by.factor)[i]], outcome[id.factor ==
levels(id.factor)[j] & by.factor == levels(by.factor)[i]],
col = line.col[i], lty = i, lwd = lwd)
}
}
if (legend) {
legend(x = legend.site, legend = levels(factor(by)),
col = line.col, bg = "white", lty =
1:length(levels(factor(by))),
lwd = lwd)
}
}
else {
id <- id[order(id1, time1)]
id.factor <- factor(id)
time <- time[order(id1, time1)]
outcome <- outcome[order(id1, time1)]
if (length(levels(factor(id))) < 8) {
if (any(line.col == "auto"))
line.col <- 1:length(levels(id.factor))
for (j in 1:length(levels(id.factor))) {
lines(time[id.factor == levels(id.factor)[j]],
outcome[id.factor == levels(id.factor)[j]],
col = line.col[j], lwd = lwd, lty = lty[j])
}
if (legend) {
legend(x = legend.site, legend =
levels(factor(id[order(id1)])),
col = line.col[1:length(levels(factor(id)))],
bg = "white", lty = lty, lwd = lwd)
}
}
else {
for (j in 1:length(levels(id.factor))) {
if (any(line.col == "multicolor")) {
lines(time[id.factor == levels(id.factor)[j]],
outcome[id.factor == levels(id.factor)[j]],
col = j, lwd = lwd)
}
else {
if (any(line.col == "auto"))
line.col <- "blue"
lines(time[id.factor == levels(id.factor)[j]],
outcome[id.factor == levels(id.factor)[j]],
col = line.col, lwd = lwd)
}
}
}
}
}
else {
order.id.selected <- sample(c(rep(TRUE, n.of.lines),
rep(FALSE, length(levels(factor(id))) - n.of.lines)))
if (!is.null(by)) {
id <- id[order(id1, time1, by1)]
time <- time[order(id1, time1, by1)]
outcome <- outcome[order(id1, time1, by1)]
by <- by[order(id1, time1, by1)]
id.factor <- factor(id)
by.factor <- factor(by)
if (any(line.col == "auto"))
line.col <- 1:length(levels(by.factor))
for (i in 1:length(levels(by.factor))) {
for (j in 1:length(levels(id.factor))) {
lines(time[id.factor == levels(id.factor)[j] &
by.factor == levels(by.factor)[i]] * order.id.selected[j],
outcome[id.factor == levels(id.factor)[j] &
by.factor == levels(by.factor)[i]] *
order.id.selected[j],
col = line.col[i], lty = i, lwd = lwd)
}
}
if (legend) {
legend(x = legend.site, legend = levels(factor(by)),
col = line.col[1:length(levels(factor(by)))],
lty = 1:length(levels(factor(by))), bg = "white",
lwd = lwd)
}
}
else {
id <- id[order(id1, time1)]
id.factor <- factor(id)
time <- time[order(id1, time1)]
outcome <- outcome[order(id1, time1)]
for (j in 1:length(levels(id.factor))) {
if (any(line.col == "multicolor")) {
lines(time[id.factor == levels(id.factor)[j]] *
order.id.selected[j], outcome[id.factor ==
levels(id.factor)[j]] * order.id.selected[j],
col = j, lwd = lwd)
}
else {
if (any(line.col == "auto")) {
line.col <- "blue"
}
lines(time[id.factor == levels(id.factor)[j]] *
order.id.selected[j], outcome[id.factor ==
levels(id.factor)[j]] * order.id.selected[j],
col = line.col, lwd = lwd)
}
}
}
}
for (j in 1:length(levels(id.factor))) {
text(time[id.factor == levels(id.factor)[j]], outcome[id.factor ==
levels(id.factor)[j]], labels = j, col = any(stress.labels *
stress %in% j) * label.col)
}
for (j in 1:length(levels(id.factor))) {
lines(time[id.factor == levels(id.factor)[j]], outcome[id.factor ==
levels(id.factor)[j]], col = any(stress %in% j) *
stress.col, lwd = stress.width, lty = stress.type)
}
}
,
Abraço forte e que a força esteja com você,
Dr. Pedro Emmanuel A. A. do Brasil
Instituto de Pesquisa Clínica Evandro Chagas
Fundação Oswaldo Cruz
Rio de Janeiro - Brasil
Av. Brasil 4365,
CEP 21040-360,
Tel 55 21 3865-9648
email: pedro.brasil em ipec.fiocruz.br
email: emmanuel.brasil em gmail.com
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www.zotero.org - gerenciamento de referências bibliográficas.
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apresentações.
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www.r-project.org - análise de dados.
www.ubuntu.com - sistema operacional
Em 27 de setembro de 2011 10:17, Benilton Carvalho <
beniltoncarvalho em gmail.com> escreveu:
> R --vanilla
>
> iniciara' o R ignorando qq configuracao personalizada (.Rprofile) ou
> arquivos de inicializacao (.RData).
>
> Dificil dizer, sem ver os dados e sua estrutura, o que pode estar
> acontecendo.
>
> Uma sugestao (pouco provavel de ser associada a esse problema) e' usar
> outro nome para o conjunto de dados... Usar 'c' eh ligeiramente
> arriscado, ja' que existe um comando com o mesmo nome (eu sei, o R vai
> tentar diferenciar um do outro, mas nessas horas vc quer minimizar as
> possibilidades de problema).
>
> Um chute: vc tem algum objecto ou outro comando chamado followup??? Se
> sim, e' bem provavel ser um clash em S3 causado por desenvolvedores
> que insistem em nao usar NAMESPACE e/ou o autor do epicalc q escolheu
> um nome muito ruim pra funcao (a gente sempre pede: "nao crie funcoes
> com um ponto no nome"... e existe uma razao para isso).... Digite
> 'followup' e veja o q acontece (ideal seria retornar um erro dizendo q
> o obj nao foi encontrado). Se retornar o corpo de uma funcao, ele
> dira' no final que pacote esta' definindo essa funcao... dai' use:
>
> detach("package:nome_do_pacote")
>
> e tente de novo.
>
>
> b
> _______________________________________________
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> R-br em listas.c3sl.ufpr.br
> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
> código mínimo reproduzível.
>
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