[R-br] Digest R-br, volume 8, assunto 33

Danilo Scorzoni Ré danilo.scorzoni em gmail.com
Quarta Outubro 26 12:09:35 BRST 2011 

Obrigado pelas respostas, vocês são muitos solícitos.
Já tinha usado a função glht() para dados com distribuição normal, usarei
então junto com a função glm().

Um abraço à todos,

Danilo Scorzoni Ré

2011/10/26 <r-br-request em listas.c3sl.ufpr.br>

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>   1. Re: Gráficos no R ou Gnu Plot (Fernando Colugnati)
>   2. Comparações Múltiplas em GLM (Danilo Scorzoni Ré)
>   3. Re: Comparações Múltiplas em GLM (Edson Lira)
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> Message: 1
> Date: Tue, 25 Oct 2011 23:09:25 -0200
> From: Fernando Colugnati <fernando em ipti.org.br>
> To: r-br em listas.c3sl.ufpr.br
> Subject: Re: [R-br] Gráficos no R ou Gnu Plot
> Message-ID:
>        <CAOLzYt28ZB+K4we38999v_62mXJkK08inXdptTYX1SFzere+aA em mail.gmail.com
> >
> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"
>
> Não devemos perpetuar práticas mesmo, e na estatística temos muitas
> práticas
> ruins sendo perpetuadas que não dizem respeito a como editar ou fazer um
> gráfico para que mais pessoas utilizem. Temos a horrível prática do uso do
> p-valor como oráculo, de testes de hipótese que testam hipóteses erradas,
> modelos enviesados, etc, etc...com isso perco o sono, fico angustiado
> etc...(e revistas de áreas usuárias da estatística pedem essas coisas,
> assim
> como pedem arquivos em xls...isso sim é o fim da picada). Com os gráficos
> em
> excel eu já realmente relaxei e passei a ter mais tempo pra estas outras
> questões! Há pouco tempo um cara morreu de cancer tentando mudar o
> mercado...e não conseguiu um grande sucesso neste quesito (mas em outros,
> temos de concordar)!
> Abs
>
>
> Em 25 de outubro de 2011 21:29, Eder David Borges da Silva <
> eder em leg.ufpr.br
> > escreveu:
>
> > Pessoal,
> > Este tópico é interessante é assim como o Pedro sei como é difícil
> > utilizar um software que só você usar (R) dentro de uma empresa que só
> > utilizar pacote office (E na maioria das vezes não desfrutando das
> > poucas facilidades que eles te ajudam), tenho seguido a seguinte
> > filosofia, não gostou do gráfico faça você!! com seu pacote preferido.
> > Em minha análise eu creio que as pessoas de modo geral perder 50% do
> > seu tempo "enfrufruzando" tabelas, gráficos  e mapas de um relatório,
> > acho isso um desperdício de vida, mas fazer oque né....
> > ate mais
> >
> >
> >
> > Em 25 de outubro de 2011 19:38, Paulo Justiniano
> > <paulojus em leg.ufpr.br> escreveu:
> > > perpetuar a pratica nao ajuda muito....
> > >
> > >
> > > On Tue, 25 Oct 2011, Pedro Rafael wrote:
> > >
> > >> Não Benilton é usar gráficos mais atraentes para ser colocado em um
> > >> Power Point, não gráficos cegos e apagados para não dar sono no
> > >> pessoal rsrsrsrs. Eu particularmente acho frescura. Sofro quando passo
> > >> os gráficos feito no R porque tem algum fulano que quer editar tais
> > >> gráficos. Criei várias funções que leem arquivos DBF que é formato que
> > >> eu tenho aqui para calcular indicadores para estados, municípios,
> > >> regionais de saúde mas os gráficos o pessoal reclama porque não sabem
> > >> de R. Aí eu fico no dilema do que usar. Mas o Lema não é esse que você
> > >> citou! Fazer um gráfico com um efeito em 3D a depender do gráfico não
> > >> complica a cabeça de ninguém.
> > >>
> > >> 2011/10/25 beniltoncarvalho [via R-br]
> > >> <ml-node+s2285057n3936773h40 em n4.nabble.com>:
> > >>>
> > >>> Bem interessante a atitude da instituição: "para falar com leigos,
> > >>> precisamos usar gráficos que complicam o entendimento da nossa
> > mensagem".
> > >>>
> > >>>
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> > better
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>
>
> --
> Fernando A.B. Colugnati
> Pesquisador Associado
>
> Instituto de Pesquisas em Tecnologia e Inovação - IPTI
> Tel. 55 11 8704-9812
> www.ipti.org.br
> fernando em ipti.org.br
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> Um anexo em HTML foi limpo...
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> >
>
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>
> Message: 2
> Date: Wed, 26 Oct 2011 10:11:06 -0200
> From: Danilo Scorzoni Ré <danilo.scorzoni em gmail.com>
> To: r-br em listas.c3sl.ufpr.br
> Subject: [R-br] Comparações Múltiplas em GLM
> Message-ID:
>        <CA+bJVreC=uKJ_XJs4495NcK_tUuJ8FyQ+sWG5ruKhD77H+Mo3g em mail.gmail.com
> >
> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"
>
> Bom dia a todos,
>
> É a primeira vez que envio para essa lista e, ainda por cima, é um assunto
> que eu já vi comentarem por aqui, mas não tenho mais o e-mail (e não
> encontrei nenhum local na web que dê pra acessar as mensagens já
> enviadas...), mas meu problema é o seguinte.
>
> Estou analisando um conjunto de dados de um delineamento casualizado em
> blocos em duas áreas distintas. A primeira questão é que esse experimento
> está instalado com o mesmo delineamento em duas áreas distintas e gostaria
> de avaliar o efeito da área. Segundo o livro do Pimentel-Gomes, eu preciso
> checar a homogeneidade de variâncias antes de proceder a análise usual,
> usei
> então um teste de Bartlett e um de Levenne. Em ambos, a hipótese nula não
> foi rejeitada, ou seja, não tenho evidência de que as variâncias sejam
> heterogêneas. Porém, dada a natureza dos dados, não acho que seja isso
> (proporções de variâncias entre a menor e a maior estão acima de 7). Dessa
> forma, procedi a análise através do GLM com resposta com distribuição Gama.
> Consegui um bom ajuste com boa análise de resíduos. A minha dúvida agora é:
> como fazer comparações múltiplas usando o GLM? Sei que o Tukey pressupõe
> modelos paramétricos, mas não me recordo se ele precisa pressupor
> distribuição normal.
>
> Desde já agradeço a atenção de todos e desculpe pelo texto extenso.
>
> Um abraço,
>
> --
> Danilo Scorzoni Ré
> Engenheiro Florestal
> Mestrando em Ciência Florestal
> FCA / UNESP - Botucatu
> (14) 8180-2494
> -------------- Próxima Parte ----------
> Um anexo em HTML foi limpo...
> URL: <
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> >
>
> ------------------------------
>
> Message: 3
> Date: Wed, 26 Oct 2011 05:33:17 -0700 (PDT)
> From: Edson Lira <edinhoestat em yahoo.com.br>
> To: "r-br em listas.c3sl.ufpr.br" <r-br em listas.c3sl.ufpr.br>
> Subject: Re: [R-br] Comparações Múltiplas em GLM
> Message-ID:
>        <1319632397.14122.YahooMailNeo em web160707.mail.bf1.yahoo.com>
> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"
>
> Danilo, caso o seus dados não atenda as pressuposições,tem um teste não
> paramétrico que faz teste de médias. Veja o exemplo abaixo do pacote
> agricolae.
>
> Não esqueça de instalar o pacote agricolae
>
> library(agricolae)
>
> ?kruskal
>
> data(corn)
> attach(corn)
> str(corn)
> comparison<-kruskal(observation,method,group=TRUE, main="corn")
> detach(corn)
>
> No caso da homogeneidade da variância no pacote MASS tem a transformação de
> BOXCOX que é muito usada.
>
> #Examples
> ?boxcox
> require(MASS)
> boxcox(Volume ~ log(Height) + log(Girth), data = trees,
>       lambda = seq(-0.25, 0.25, length = 10))
>
> boxcox(Days+1 ~ Eth*Sex*Age*Lrn, data = quine,
>       lambda = seq(-0.05, 0.45, len = 20))
>
>
>  []'s.
> Edson Lira
> Estatístico
> Manaus-Amazonas
>
>
> ________________________________
> De: Danilo Scorzoni Ré <danilo.scorzoni em gmail.com>
> Para: r-br em listas.c3sl.ufpr.br
> Enviadas: Quarta-feira, 26 de Outubro de 2011 8:11
> Assunto: [R-br] Comparações Múltiplas em GLM
>
>
> Bom dia a todos,
>
> É a primeira vez que envio para essa lista e, ainda por cima, é um assunto
> que eu já vi comentarem por aqui, mas não tenho mais o e-mail (e não
> encontrei nenhum local na web que dê pra acessar as mensagens já
> enviadas...), mas meu problema é o seguinte.
>
> Estou analisando um conjunto de dados de um delineamento casualizado em
> blocos em duas áreas distintas. A primeira questão é que esse experimento
> está instalado com o mesmo delineamento em duas áreas distintas e gostaria
> de avaliar o efeito da área. Segundo o livro do Pimentel-Gomes, eu preciso
> checar a homogeneidade de variâncias antes de proceder a análise usual, usei
> então um teste de Bartlett e um de Levenne. Em ambos, a hipótese nula não
> foi rejeitada, ou seja, não tenho evidência de que as variâncias sejam
> heterogêneas. Porém, dada a natureza dos dados, não acho que seja isso
> (proporções de variâncias entre a menor e a maior estão acima de 7). Dessa
> forma, procedi a análise através do GLM com resposta com distribuição Gama.
> Consegui um bom ajuste com boa análise de resíduos. A minha dúvida agora é:
> como fazer comparações múltiplas usando o GLM? Sei que o Tukey pressupõe
> modelos paramétricos, mas não me recordo se
>  ele precisa pressupor distribuição normal.
>
> Desde já agradeço a atenção de todos e desculpe pelo texto extenso.
>
> Um abraço,
>
> --
> Danilo Scorzoni Ré
> Engenheiro Florestal
> Mestrando em Ciência Florestal
> FCA / UNESP - Botucatu
> (14) 8180-2494
>
>
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> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
> código mínimo reproduzível.
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> >
>
> ------------------------------
>
> Message: 4
> Date: Wed, 26 Oct 2011 13:38:20 +0100
> From: Benilton Carvalho <beniltoncarvalho em gmail.com>
> To: r-br em listas.c3sl.ufpr.br, Edson Lira <edinhoestat em yahoo.com.br>
> Subject: Re: [R-br] Comparações Múltiplas em GLM
> Message-ID:
>        <CAO-arWNG_7VnipqftsexdORqGrG0ZWjtt_FnKcqEgiwXZA5O5A em mail.gmail.com
> >
> Content-Type: text/plain; charset=ISO-8859-1
>
> Hipoteses de distribuicao para casos assim referem-se `a distribuicao
> dos **estimadores**, nao dos dados... E minha (fraca) memoria nao se
> recorda de nenhuma hipotese de distribuicao no teste de Tukey, mas
> posso estar enganado....
>
>
> ------------------------------
>
> Message: 5
> Date: Wed, 26 Oct 2011 10:45:07 -0200
> From: Walmes Zeviani <walmeszeviani em gmail.com>
> To: r-br em listas.c3sl.ufpr.br
> Subject: Re: [R-br] Comparações Múltiplas em GLM
> Message-ID:
>        <CAFU=EkYkW5EsmUR8aKG5KTsQHa+eVLsW4wkNmc_9LkyScO2taw em mail.gmail.com
> >
> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"
>
> Tukey supõe distribuição normal para os estimadores (como Benilton
> assinalou) pois é baseado da distribuição da amplitude total studentizada.
> Assintóticamente os estimadores nos GLMs terão distribuição normal. Então é
> possível usar o procedimento. Detalhe é que como nos GLMs a variância não é
> constante e é em geral dependente da média, as estimativas terão diferentes
> erros padrões, e por isso assim também serão os contrastes entre elas. A
> multcomp::glht() oferece recursos para isso, mas não aplica teste de Tukey,
> faz os contrastes de Tukey (2 a 2) e corrige p-valor por diversos métodos
> (opções da função).
>
> À disposição.
> Walmes.
>
> ==========================================================================
> Walmes Marques Zeviani
> LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W)
> Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná
> fone: (+55) 41 3361 3573
> VoIP: (3361 3600) 1053 1173
> e-mail: walmes em ufpr.br
> twitter: @walmeszeviani
> homepage: http://www.leg.ufpr.br/~walmes
> linux user number: 531218
> ==========================================================================
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>
> ------------------------------
>
> _______________________________________________
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> R-br em listas.c3sl.ufpr.br
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>
> Fim da Digest R-br, volume 8, assunto 33
> ****************************************
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