[R-br] sugestao de melhorias em codigo?

[Benilton Carvalho]

sei que eh OT (mas deixo aqui para futura ref), o teste de igualdade p
multiplos objectos que uso eh:

check = function(...){
   dots = list(...)
   all(sapply(dots[-1], identical, dots[[1]]))
}

b

2011/3/29 Gustavo Henrique de Carvalho <gustavo.bio em gmail.com>:
> R2-R4 são data frames e os atributos não batem. Os resultados me
> parecem iguais. Ainda:
>
>> a <- matrix(1:6,2)
>> Reduce(identical, list(a,a,a,a,a))
> [1] FALSE
>
> Passando mais de dois valores, na terceira vai comparar um elemento
> lógico com o próximo da lista, já que identical retorna TRUE ou FALSE.
>
> Abraços,
>
> Gustavo.
>
>
> 2011/3/29 Benilton Carvalho <beniltoncarvalho em gmail.com>:
>> parece-me so' um problema com a nomenclatura das dimensoes...
>>
>> obrigado pela ajuda,
>>
>> b
>>
>> 2011/3/29 Henrique Dallazuanna <wwwhsd em gmail.com>:
>>> Gustavo,
>>>
>>> A saida de alguma funçao não é igual a outra:
>>>
>>> Reduce(identical, list(R1, R2, R3, R4, R5))
>>>
>>> 2011/3/29 Gustavo Henrique de Carvalho <gustavo.bio em gmail.com>:
>>>> Mudei a chamada da função mean no código acima e adicionei loops
>>>> aninhados para comparar. Prestem atenção ao tamanho das matrizes de
>>>> entrada, pode ser que demore pra rodar:
>>>>
>>>> set.seed(1)
>>>> X <- matrix(rnorm(30000), nc=5)
>>>> Y <- matrix(rnorm(15000), nc=5)
>>>>
>>>> f = function(i, x, y){
>>>>  n = ncol(x)
>>>>  sapply(1:n, function(j, v, ref) .Internal(mean(ref[,j] > v[j])), x[i,], y)
>>>> }
>>>>
>>>> t1 <- system.time(
>>>>  R1 <- t(sapply(1:nrow(X), f, X, Y))
>>>> )
>>>>
>>>> t2 <- system.time(
>>>>  R2 <- mapply(function(x, y)colMeans(sapply(x, function(.x).x < y)),
>>>>    as.data.frame(X), as.data.frame(Y))
>>>> )
>>>>
>>>> t3 <- system.time(
>>>>  R3 <- mapply(function(x, y) sapply(x, function(.x) mean(.x <
>>>>          y)),
>>>>    as.data.frame(X), as.data.frame(Y))
>>>> )
>>>>
>>>> t4 <- system.time(
>>>>  R3 <- mapply(function(x, y) sapply(x, function(.x) .Internal(mean(.x <
>>>>          y))),
>>>>    as.data.frame(X), as.data.frame(Y))
>>>> )
>>>>
>>>> blah <- function(X, Y) {
>>>>  R <- X
>>>>  for (j in 1:NCOL(X)) {
>>>>    bleh <- Y[, j]
>>>>    for (i in 1:NROW(X)) {
>>>>      R[i,j] <- .Internal(mean(X[i,j] < bleh))
>>>>    }
>>>>  }
>>>>  R
>>>> }
>>>>
>>>> t5 <- system.time(R5 <- blah(X, Y))
>>>>
>>>> t1
>>>> t2
>>>> t3
>>>> t4
>>>> t5
>>>>
>>>> Abraços,
>>>>
>>>> Gustavo
>>>>
>>>> 2011/3/29 Benilton Carvalho <beniltoncarvalho em gmail.com>
>>>>>
>>>>> aha! sou mestre em esquecer do mapply... obrigado...
>>>>>
>>>>> FYI: eu tenho um ganho significativo com:
>>>>>
>>>>> mapply(function(x, y) sapply(x, function(.x) mean(.x < y)),
>>>>>                   as.data.frame(X), as.data.frame(Y))
>>>>>
>>>>> obrigado, b
>>>>>
>>>>> 2011/3/29 Henrique Dallazuanna <wwwhsd em gmail.com>:
>>>>> > Benilton,
>>>>> >
>>>>> > Tente com essa, aparenta ser 30% mais rapida:
>>>>> >
>>>>> > mapply(function(x, y)colMeans(sapply(x, function(.x).x < y)),
>>>>> > as.data.frame(X), as.data.frame(Y))
>>>>> >
>>>>> > #benchmark
>>>>> > t1 <- system.time(replicate(100, t(sapply(1:nrow(X), f, X, Y))))
>>>>> > t2 <- system.time(replicate(100, mapply(function(x,
>>>>> > y)colMeans(sapply(x, function(.x).x < y)), as.data.frame(X),
>>>>> > as.data.frame(Y))))
>>>>> >
>>>>> > t2 / t1
>>>>> >
>>>>> > 2011/3/29 Benilton Carvalho <beniltoncarvalho em gmail.com>:
>>>>> >> Prezados,
>>>>> >>
>>>>> >> existe algo obvio (em termos de R, visto que gostaria de evitar o uso
>>>>> >> de codigo compilado) que eu esteja esquecendo em termos de otimizacao
>>>>> >> para a seguinte operacao?
>>>>> >>
>>>>> >> Ela se resume a:
>>>>> >>
>>>>> >> R[i,j] = mean( X[i,j] < Y[,j])
>>>>> >>
>>>>> >> O CMR segue:
>>>>> >>
>>>>> >> set.seed(1)
>>>>> >> X <- matrix(rnorm(100), nc=5)
>>>>> >> Y <- matrix(rnorm(50), nc=5)
>>>>> >>
>>>>> >> f = function(i, x, y){
>>>>> >>  n = ncol(x)
>>>>> >>  sapply(1:n, function(j, v, ref) mean(ref[,j] > v[j]), x[i,], y)
>>>>> >> }
>>>>> >> R = t(sapply(1:nrow(X), f, X, Y)
>>>>> >>
>>>>> >>
>>>>> >> O problema que surge para mim refere-se ao tempo de execucao quando
>>>>> >> tenho q lidar com X com dimensoes 5e6 x 1e3.... pois, naturalmente, a
>>>>> >> solucao acima levara' um bom tempo para finalizar...
>>>>> >>
>>>>> >> obrigado,
>>>>> >> benilton
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>>>>> >> R-br em listas.c3sl.ufpr.br
>>>>> >> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
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>>>>> > --
>>>>> > Henrique Dallazuanna
>>>>> > Curitiba-Paraná-Brasil
>>>>> > 25° 25' 40" S 49° 16' 22" O
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