[R-br] Res: Implementação em C

[Fernando Henrique Toledo]

Fábio, bom dia.

Para melhor localiza-lo, estou realizando um estudo de genética e
melhoramento via simulação computacional. Portanto fui contruindo funções
que mimetizam a situação que quero representar e em uma dessas função a
necessidade de realizar cruzamentos entre vários indivíduos (também
simulados).

Para isso construí a função abaixo em que se constroem uma matriz com as
combinações de cruzamentos a serem realizados, através de um for() a função
corre por essa matriz e procura o respectivo indivíduo em um data.frame que
foi o resultado de outra função anterior.

Nas outras função quando possivel (no meu entendimento) utilizei apply()
para otimizar o tempo, mas nesse caso específico não consegur visualizar
como.

Nas condições que pretendo usar essa função, haverá a realização de cerca de
45 cruzamentos e no programa "main" da simulação isso irá ser empregado
cerca de 600000 vezes! Por isso a minha preocupação, pois a implementação do
jeito que está pela função system.time() dura em torno de 45 segundos, o que
acho um pouco impeditivo. Veja a implementação específica dessa função, note
que nela a emprego de outras função que eu criei que não vem ao caso.

att,
Fernando H

# _____________________________________________________________________
#
#_ Função para fazer um dialelo
#_ Parâmetros:  pais = indivíduos selecionados na população anterior
#          população = população dos pais
#              prole = tamanho das progênies
#                 h2 = herdabilidade do caráter
#                gmd = grau médio de dominância
#______________________________________________________________________
dialelo <- function(pais, populacao, prole, h2, gmd) { # argumentos da
função
  combinacoes <- combinations(length(pais), 2, v = pais) # cria todas as
combinações híbridas
  progenies <- vector('list', length = nrow(combinacoes)) # cria a estrutura
das progênies
  id <- cbind(rep(c(1:nrow(combinacoes)), each = prole),
              rep(combinacoes[,1], each = prole),
              rep(combinacoes[,2], each = prole)) # cria a estrutura de
identificação das progênies
  g <- ncol(populacao) - 5 # verifica o número de genes envolvidos
  for(i in 1:nrow(combinacoes)) { # 'laço' -  para executar todos
cruzamentos
    cruz.i <- cruz(populacao[combinacoes[i,1],4:(3 + g)],
                   populacao[combinacoes[i,2],4:(3 + g)],prole) # aplica a
função 'cruz'
    progenies[[i]] <- cruz.i # armazena a prole de cada cruzamento
  }
  dialelo <- as.data.frame(do.call(rbind, progenies)) # monta a planilha com
o dialelo
  vg <- apply(dialelo, 1, soma.vg, gmd = gmd) # calcula os valores
genotípicos totais por indivíduo
  varg <- var(vg) # calcula a variância genética
  fen <- vg + rnorm(nrow(dialelo), mean = 0, sqrt(varg * (1 - h2) / h2)) #
atribui o desvio fenotípico
  resp <- cbind(id, dialelo, vg, fen) # monta a planilha com os resultados
do dialelo
  names(resp) <- c('fami', 'pai', 'mae', 1:g, 'vg', 'fen') # atribui os
nomes as colunas da planilha
  return(resp) # retorna o dialelo
}

2011/3/21 Fabio Mathias Corrêa <fabio.ufla em yahoo.com.br>

> Se vc falar melhor sobre o que vc está querendo implementar e postar o
> código, muita coisa pode ser otimizada no próprio R sem o uso de funções em
> C ou fortran!.
>
> Valeu!!!
>
>             Fábio Mathias Corrêa
>         Departamento de Estatística
>    Universidade Estadual de Santa Cruz
>
>
>
> Tel.: 73-3680-5076
>
>
>
> ------------------------------
> *De:* Fernando Henrique Toledo <fernandohtoledo em gmail.com>
> *Para:* r-br em listas.c3sl.ufpr.br
> *Enviadas:* Domingo, 20 de Março de 2011 21:30:55
> *Assunto:* Re: [R-br] Implementação em C
>
> Pedro,
>
> Obrigado pela dica, o material vai dar alguma noção sobre a coisa toda.
>
> att,
> Fernando H
>
> 2011/3/20 Pedro Henrique <pedro.sobralxv em gmail.com>
>
>> Acredito que o seguinte site resolverá o teu problema:
>> http://leg.ufpr.br/doku.php/seminarios:minicursorc
>>
>> *Pedro Henrique Araújo Sobral*
>> *Estudante Eng. de Computação*
>>
>> Em 20 de março de 2011 19:11, Fernando Henrique Toledo <
>> fernandohtoledo em gmail.com> escreveu:
>>
>>> Lista, boa noite.
>>>
>>> Gostaria de pedir a quem possa algumas dicas e tutoriais que me
>>> posibilitem um maior entendimento do processo de implementação de funções em
>>> C e uso dessas mesmas no ambiente R! Na verdade não programo em C, mas estou
>>> enfrentando certos problemas com algumas funções que crio no R, pois o tempo
>>> de processamento delasestá um pouco impeditivo. Li alguns tutoriais do R e
>>> do GCC, mas ainda não tenho conhecimento suficiente para enveredar por esse
>>> lado. Assim gostaria de saber da experiencia de vocês quanto a isso.
>>>
>>> fico no aguardo, att,
>>> Fernando H
>>>
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