[R-br] Desdobramento da interação via glht:multcomp

[Emmanuel Arnhold]

# Colegas ... no exemplo abaixo tento realizar uma análise do desdobramento (via glht:multcomp) do fator Proteína dentro do nível L1 e L2 do fator Linhagens.
 
#Quem tiver um tempo e interesse gostaria que desse uma olhada e me desse uma opinião ou uma forma mais fácil de fazer o desdobramento
 





Proteína

Linhagens

Peso


p1

L1

1.6


p1

L1

1.7


p1

L2

2.3


p1

L2

2.2


p2

L1

1.9


p2

L1

2


p2

L2

2.2


p2

L2

2.3


p3

L1

2.3


p3

L1

2.4


p3

L2

2.3


p3

L2

2.3

y=read.table("clipboard", h=T)
 
attach(y)
 
m=aov(Peso~Proteína+Linhagens+Proteína*Linhagens )
anova(m)
 
 # análise via agricolae
 
require(agricolae)
df<-df.residual(m)MSError<-deviance(m)/ df.residual(m)
 
 
#Melhor teor de proteína dentro da linhagem 1

with(subset(y, Linhagens == "L1"), HSD.test(Peso,Proteína, df,  MSError, group=F))

#Melhor teor de proteína dentro da linhagem 2

with(subset(y, Linhagens == "L2"), HSD.test(Peso,Proteína, df,  MSError, group=F))
 
 
 
 
 
 
 
 
# análise via multcomp
 
require(multcomp)
 
a=subset(y, Linhagens == "L1")
b=subset(y, Linhagens == "L2")
 
##Melhor teor de proteína dentro da linhagem 1, OK!!!!
 
y1=with(a, glht (m,  linfct = mcp(Proteína = "Tukey" )))
summary(y1)
 
#Melhor teor de proteína dentro da linhagem 2, RODA DENTRO DA LINHAGEM 1?????

y2=with(b, glht (m,  linfct = mcp(Proteína ="Tukey")))
summary(y2)
 
 
 
#Criei um sistema que segue abaixo. Consiste em trocar os códigos dos níveis do fator Linhagens
 
Linhagens=c('L2', 'L2', 'L1', 'L1', 'L2', 'L2', 'L1', 'L1', 'L2', 'L2', 'L1', 'L1')
Linhagens=as.factor(Linhagens)
y=data.frame(Proteína, Linhagens, Peso)
 
a=subset(y, Linhagens == "L1")
m2=aov(Peso~Proteína+Linhagens+Proteína*Linhagens)
 
 
#Melhor teor de proteína dentro da linhagem 2, OK!!! Agora temos o resultado correto!!!
y1=with(a, glht (m2,  linfct = mcp(Proteína = "Tukey" )))
summary(y1)
 
 
Perguntas.
 
Alguém tem uma solução mais fácil? Prática?
 
Como trocar o código dos níveis dos fatores de maneira mais fácil?
 
 
 
Obrigado desde já por qualquer colaboração.
 
Emmanuel Arnhold
 
 
 
 
 
 
 
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